Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Nr1h2-201ENSMUST00000073488 1999 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Echdc2-204ENSMUST00000116309 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Tmem80-202ENSMUST00000126510 959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Traf1P39428 4732471J01Rik-202ENSMUST00000205787 991 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Mtmr1-202ENSMUST00000114601 4640 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Abcd4-210ENSMUST00000223107 2410 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Ets1-206ENSMUST00000184887 2107 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Aig1-201ENSMUST00000019942 1439 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Itgb5-202ENSMUST00000115028 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Smarcc1-207ENSMUST00000199896 5773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Notch4-201ENSMUST00000015612 6591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Bcs1l-202ENSMUST00000113732 1679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Tmem260-209ENSMUST00000226422 6333 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Krt80-201ENSMUST00000077196 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Gm13401-201ENSMUST00000117074 291 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Gm16105-201ENSMUST00000156926 697 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Gm2274-201ENSMUST00000184539 609 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 1700025A08Rik-201ENSMUST00000200753 609 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Sae1-203ENSMUST00000210999 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Cenps-201ENSMUST00000030813 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Olfr464-201ENSMUST00000074874 1084 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Fndc4-202ENSMUST00000172435 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Fmnl2-203ENSMUST00000090952 5414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Mettl4-ps1-202ENSMUST00000130218 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Derl3-201ENSMUST00000009236 1321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Gaa-202ENSMUST00000106258 1369 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 2810408A11Rik-201ENSMUST00000018714 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Gm37820-201ENSMUST00000194021 2147 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Zc3h15-201ENSMUST00000081591 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Nxn-201ENSMUST00000021204 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Wisp2-201ENSMUST00000029188 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Sirt7-201ENSMUST00000080202 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Epc2-201ENSMUST00000092123 4697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Nptxr-201ENSMUST00000023057 5004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Zfp622-201ENSMUST00000061875 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Gm24841-201ENSMUST00000158676 357 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Gm43353-201ENSMUST00000199224 1295 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Fkbp3-201ENSMUST00000021332 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Stk11-210ENSMUST00000213772 1239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Calml4-206ENSMUST00000215870 803 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Fgf8-201ENSMUST00000026240 1117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Osbpl1a-207ENSMUST00000121808 3030 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Alg5-201ENSMUST00000044567 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Cdh4-201ENSMUST00000000314 6388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Tnk1-202ENSMUST00000108626 1798 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Pgrmc1-201ENSMUST00000073339 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Fez2-201ENSMUST00000070039 1939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Cspg5-205ENSMUST00000199736 2107 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Arhgef9-208ENSMUST00000128565 2285 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Zscan12-201ENSMUST00000053293 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Pitx1-201ENSMUST00000021968 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Mtrf1l-201ENSMUST00000019908 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Slc30a5-205ENSMUST00000225922 2722 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Trim44-201ENSMUST00000102573 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Dpy19l1-203ENSMUST00000142064 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Izumo1r-204ENSMUST00000121116 726 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Snrnp48-202ENSMUST00000178564 847 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Spata25-201ENSMUST00000017911 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Zfas1-205ENSMUST00000189909 738 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Lsm1-203ENSMUST00000211168 343 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Gm45623-201ENSMUST00000210744 1457 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 4930426L09Rik-201ENSMUST00000028069 1459 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Larp1b-206ENSMUST00000191872 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Pacsin1-203ENSMUST00000114872 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Aire-204ENSMUST00000128241 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Aire-205ENSMUST00000130972 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Aire-212ENSMUST00000145975 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Aire-201ENSMUST00000019257 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Gm45844-202ENSMUST00000209325 2450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Ptpra-201ENSMUST00000028769 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Dlgap2-209ENSMUST00000152652 3842 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Ythdf3-201ENSMUST00000108345 5102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Hhipl1-201ENSMUST00000021685 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Ccser1-203ENSMUST00000126214 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Lrrc75b-201ENSMUST00000051129 4601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Traf1P39428 Smim1-205ENSMUST00000131325 842 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Cnih3-204ENSMUST00000209607 564 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Gadd45b-203ENSMUST00000220246 732 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Traf1P39428 A730060N03Rik-201ENSMUST00000174277 2124 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Ano10-206ENSMUST00000216670 2108 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Pex14-201ENSMUST00000103217 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Adgra2-201ENSMUST00000033876 5760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Klc3-202ENSMUST00000108457 1632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Ctsh-201ENSMUST00000034915 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Noxa1-201ENSMUST00000044018 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Rtkn-203ENSMUST00000121093 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Tmem198-201ENSMUST00000050899 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Pdia6-201ENSMUST00000057288 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Cutc-202ENSMUST00000112047 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Traf1P39428 4930579K19Rik-202ENSMUST00000190541 632 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Gm45058-201ENSMUST00000205810 766 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Cyp26c1-201ENSMUST00000073391 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Tspan10-201ENSMUST00000044105 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Traf1P39428 4732440D04Rik-203ENSMUST00000191825 5428 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
Traf1P39428 U2af2-201ENSMUST00000005041 2183 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Pkp4-210ENSMUST00000168631 4484 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Ints8-202ENSMUST00000108318 3169 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Traf1P39428 Abhd5-202ENSMUST00000111497 2576 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28 ms