Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Ctsf-201ENSMUST00000119694 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Pced1a-202ENSMUST00000110277 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Lzts2-203ENSMUST00000179108 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Gm10655-201ENSMUST00000098658 1397 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Tle2-213ENSMUST00000146358 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Ola1-201ENSMUST00000028517 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Clasrp-201ENSMUST00000086041 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Erlin1-201ENSMUST00000071698 3228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Coro1a-209ENSMUST00000173108 1170 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Rian-206ENSMUST00000182119 329 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Cck-204ENSMUST00000216138 799 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 1110004E09Rik-201ENSMUST00000023694 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Crb3-202ENSMUST00000097299 1206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Ldb1-205ENSMUST00000137771 2014 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Cnpy1-202ENSMUST00000118882 1984 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Tm2d3-202ENSMUST00000065574 1478 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Cdk19-201ENSMUST00000044672 5807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Npdc1-201ENSMUST00000055921 1412 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Itgb1bp1-201ENSMUST00000076260 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Aipl1-201ENSMUST00000048207 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Rbmxl1-202ENSMUST00000211719 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Letm1-201ENSMUST00000005431 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Crk-203ENSMUST00000108425 4290 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Guca1b-202ENSMUST00000145462 1556 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Usp4P35123 St3gal3-203ENSMUST00000106410 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Ntrk1-201ENSMUST00000029712 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Gm13148-201ENSMUST00000118892 745 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
Usp4P35123 C430014B12Rik-202ENSMUST00000186858 657 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Usp4P35123 1700018M17Rik-201ENSMUST00000052502 456 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Tspan5-201ENSMUST00000029800 6653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Serinc2-201ENSMUST00000105996 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Zc3hav1l-201ENSMUST00000058524 6536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Slc7a5-201ENSMUST00000045557 3517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Atf6b-202ENSMUST00000173984 2315 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Galk2-202ENSMUST00000094604 1928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Rara-204ENSMUST00000107475 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Ifrd2-201ENSMUST00000010192 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Zdhhc16-201ENSMUST00000026154 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Csnk1g3-201ENSMUST00000069597 4394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Gm15155-201ENSMUST00000112542 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Gm6211-202ENSMUST00000167849 925 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Ndufa12-204ENSMUST00000179990 566 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Zfp324-204ENSMUST00000210619 447 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Tcap-201ENSMUST00000008021 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 BC107364-201ENSMUST00000093126 1159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Ubxn1-201ENSMUST00000096255 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 BC107364-202ENSMUST00000098841 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 A930003O13Rik-203ENSMUST00000199056 1955 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Nek9-201ENSMUST00000040992 5386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Atg4c-201ENSMUST00000030279 3178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Tmx1-201ENSMUST00000021471 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Nfib-205ENSMUST00000107247 3267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Usp36-202ENSMUST00000106296 5655 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Lonrf1-201ENSMUST00000065297 3930 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Usp4P35123 AC131586.2-201ENSMUST00000228370 1512 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Ankra2-203ENSMUST00000123924 2328 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Myrip-201ENSMUST00000048121 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Aatk-203ENSMUST00000103020 5687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Setdb2-202ENSMUST00000111253 1774 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Tomm6-201ENSMUST00000113301 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Ndufa5-201ENSMUST00000023851 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Tmem54-201ENSMUST00000030575 1064 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Gm10065-201ENSMUST00000076238 345 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Dhx32-203ENSMUST00000106139 2233 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Trabd-206ENSMUST00000169891 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Stk32c-202ENSMUST00000165870 1883 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Nmnat3-201ENSMUST00000112935 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Spc25-202ENSMUST00000112320 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 9930012K11Rik-205ENSMUST00000153871 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Ift74-201ENSMUST00000030311 2139 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Il17rb-202ENSMUST00000122205 2094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Idnk-202ENSMUST00000109868 1462 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Zbtb7a-201ENSMUST00000048128 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Smurf2-201ENSMUST00000092517 3125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Ube2b-202ENSMUST00000109086 585 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Dsg2-203ENSMUST00000121837 953 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Mcl1-202ENSMUST00000178686 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Gm11769-201ENSMUST00000140273 1657 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Nup85-201ENSMUST00000021085 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Usp4P35123 Ago4-201ENSMUST00000084289 6537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Snap91-202ENSMUST00000074468 4336 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Phtf1-201ENSMUST00000055425 3060 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Dbn1-202ENSMUST00000109921 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Fiz1-203ENSMUST00000167804 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Rasgrp2-201ENSMUST00000035716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Ostf1-201ENSMUST00000025631 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Akr1a1-201ENSMUST00000030455 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Tmem196-201ENSMUST00000058644 1678 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gbx1-201ENSMUST00000088311 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Zfp697-202ENSMUST00000178372 4703 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gm12473-201ENSMUST00000137535 579 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 2610035F20Rik-202ENSMUST00000177306 1149 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Gm44965-201ENSMUST00000204121 360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Slc7a6os-201ENSMUST00000035925 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Selenom-201ENSMUST00000094469 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Atad2b-201ENSMUST00000045664 8035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Adgrl1-207ENSMUST00000141158 8181 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Slain2-201ENSMUST00000143829 4828 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Usp4P35123 Plekhh3-201ENSMUST00000043397 3056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.7 ms