Protein–RNA interactions for Protein: Q99LI9

Clp1, Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1, mousemouse

Predictions only

Length 425 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Clp1Q99LI9 Gm43545-201ENSMUST00000196765 2779 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Rusc2-201ENSMUST00000035645 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Atf1-201ENSMUST00000023769 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Rnf186-201ENSMUST00000116094 1249 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Rbm4-203ENSMUST00000178615 1018 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Hist1h2bc-201ENSMUST00000018246 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Hist1h2ba-201ENSMUST00000052776 384 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Anks1b-217ENSMUST00000182550 1868 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Pmpcb-201ENSMUST00000030882 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 B3gnt9-201ENSMUST00000093217 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Smad2-205ENSMUST00000168423 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Neil2-201ENSMUST00000038229 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Spata2l-201ENSMUST00000098327 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Kcnt1-203ENSMUST00000114172 5219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 9030624G23Rik-201ENSMUST00000101538 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Ankrd17-214ENSMUST00000218526 4938 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Slc25a3-201ENSMUST00000076694 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Supv3l1-201ENSMUST00000020273 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Prss16-201ENSMUST00000006341 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Fndc11-202ENSMUST00000108835 1154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Lamtor5-201ENSMUST00000145735 881 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Gm15890-201ENSMUST00000161024 770 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Gm6623-201ENSMUST00000173570 544 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Phox2b-202ENSMUST00000174251 1177 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Gm37722-201ENSMUST00000193757 208 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Gm44771-201ENSMUST00000206975 626 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Gm18115-201ENSMUST00000221209 621 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Phf14-202ENSMUST00000115510 3353 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Stard6-201ENSMUST00000114959 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Mchr1-201ENSMUST00000166855 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Fam71e1-202ENSMUST00000205359 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Fam117b-201ENSMUST00000036540 5532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Hmg20b-204ENSMUST00000122993 1502 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Pxdc1-202ENSMUST00000053459 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Chd5-205ENSMUST00000164662 9375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Lce1a2-201ENSMUST00000029530 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Irak1bp1-201ENSMUST00000034783 1159 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Dus1l-202ENSMUST00000106133 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Krt82-201ENSMUST00000023713 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Zfp800-203ENSMUST00000115321 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Itsn2-201ENSMUST00000062580 5987 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Magix-201ENSMUST00000115695 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Mmp11-201ENSMUST00000000924 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Sco1-202ENSMUST00000108690 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Tcf7l1-201ENSMUST00000069536 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Ankle2-201ENSMUST00000031474 5215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Sept4-205ENSMUST00000107962 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Clcn4-206ENSMUST00000210594 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Abhd13-202ENSMUST00000139793 5191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Hspb6-201ENSMUST00000044048 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Mir770-201ENSMUST00000103252 94 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Gm29103-201ENSMUST00000191034 598 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Jagn1-202ENSMUST00000204254 1147 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Fam213b-201ENSMUST00000030935 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 BC049762-201ENSMUST00000054226 760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Exosc5-201ENSMUST00000079634 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Chpt1-203ENSMUST00000117440 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Trim58-201ENSMUST00000075084 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Plekhm2-201ENSMUST00000030751 4154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Relb-202ENSMUST00000094762 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Relb-203ENSMUST00000098754 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Fam126a-202ENSMUST00000101513 1679 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Tyk2-205ENSMUST00000214864 1662 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Smap1-201ENSMUST00000027339 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Gpha2-202ENSMUST00000113526 762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Gm17112-201ENSMUST00000163194 432 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Gm45328-201ENSMUST00000210942 917 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Nudt21-204ENSMUST00000212981 1184 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 D830030K20Rik-204ENSMUST00000225885 1142 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Gpha2-201ENSMUST00000025698 609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Odf3b-201ENSMUST00000049968 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Fbxo36-201ENSMUST00000097672 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Tdrd12-201ENSMUST00000032701 1620 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Acot7-206ENSMUST00000167926 1505 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Aldh2-202ENSMUST00000129753 1799 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Tha1-201ENSMUST00000033230 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Krt13-201ENSMUST00000007275 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Hspbp1-201ENSMUST00000079970 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 AW011738-201ENSMUST00000105140 1848 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Tmem81-201ENSMUST00000058167 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 9530068E07Rik-202ENSMUST00000109057 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Sox10-201ENSMUST00000040019 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Il9r-204ENSMUST00000142396 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Fmnl2-201ENSMUST00000049483 5461 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Mprip-201ENSMUST00000066330 7765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Smim1-210ENSMUST00000146054 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Man1a-203ENSMUST00000105470 2847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Cd248-201ENSMUST00000070630 2560 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Bcl7b-203ENSMUST00000111188 1434 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Tmem164-201ENSMUST00000087333 5149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Ngrn-201ENSMUST00000117989 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Clp1Q99LI9 Sptbn4-207ENSMUST00000172269 8737 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.54
Clp1Q99LI9 4833445I07Rik-201ENSMUST00000193193 1642 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Clp1Q99LI9 Tia1-203ENSMUST00000095754 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Clp1Q99LI9 Traf3-203ENSMUST00000117269 6972 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Clp1Q99LI9 Htra3-202ENSMUST00000114233 1901 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Clp1Q99LI9 Lancl2-201ENSMUST00000050077 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.2 ms