Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Fmn1-202ENSMUST00000099576 11817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.9□□□□□ -1.3
Rnf40Q3U319 Zc3h12c-202ENSMUST00000213645 6764 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.9□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Gm5512-201ENSMUST00000218013 1353 ntBASIC6.9□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Hlcs-209ENSMUST00000228910 4150 ntAPPRIS ALT2 BASIC6.9□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Fkbp15-202ENSMUST00000084528 3329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.9□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Olfr1377-202ENSMUST00000213291 2441 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.9□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Abcd2-201ENSMUST00000069511 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.9□□□□□ -1.31
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Rnf40Q3U319 Slc9a4-201ENSMUST00000027233 3962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.9□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 2610044O15Rik8-205ENSMUST00000190157 1776 ntTSL 1 (best) BASIC6.9□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Gm18796-201ENSMUST00000190440 1767 ntBASIC6.9□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Dcun1d1-212ENSMUST00000198389 3020 ntTSL 1 (best) BASIC6.9□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Rfx3-201ENSMUST00000046898 4274 ntTSL 1 (best) BASIC6.9□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 F830045P16Rik-201ENSMUST00000050309 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.89□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Rbm31y-201ENSMUST00000179408 1955 ntAPPRIS P1 BASIC6.89□□□□□ -1.31
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Rnf40Q3U319 Mat2a-202ENSMUST00000205335 3387 ntTSL 1 (best) BASIC6.89□□□□□ -1.31
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Rnf40Q3U319 1700071M16Rik-203ENSMUST00000169733 2504 ntTSL 1 (best) BASIC6.89□□□□□ -1.31
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Rnf40Q3U319 Prkag2os1-201ENSMUST00000134633 991 ntTSL 1 (best) BASIC6.89□□□□□ -1.31
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Rnf40Q3U319 Eif2s2-205ENSMUST00000166171 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.89□□□□□ -1.31
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Rnf40Q3U319 Vmn2r87-201ENSMUST00000164227 3036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.88□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Serpinb5-203ENSMUST00000112730 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.88□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Olfr60-203ENSMUST00000211031 2650 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC6.88□□□□□ -1.31
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Rnf40Q3U319 Gm24462-201ENSMUST00000102430 106 ntBASIC6.88□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Ighv1-53-201ENSMUST00000103523 351 ntAPPRIS P1 BASIC6.88□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Ighv1-69-201ENSMUST00000103539 348 ntAPPRIS ALT2 BASIC6.88□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Gm25915-201ENSMUST00000104265 126 ntBASIC6.88□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Gm14406-201ENSMUST00000108943 531 ntTSL 2 BASIC6.88□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Gm15526-201ENSMUST00000112504 204 ntBASIC6.88□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Rhox4g-201ENSMUST00000115166 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.88□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Defa-ps7-201ENSMUST00000117139 168 ntBASIC6.88□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Gm4234-201ENSMUST00000119747 714 ntBASIC6.88□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Gm15986-201ENSMUST00000122153 400 ntBASIC6.88□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Rpl39-ps-201ENSMUST00000142604 355 ntBASIC6.88□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Gm22811-201ENSMUST00000157468 154 ntBASIC6.88□□□□□ -1.31
Rnf40Q3U319 Ggact-204ENSMUST00000161322 524 ntTSL 2 BASIC6.88□□□□□ -1.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 79.1 ms