Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc57-204ENSMUST00000102499 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ccdc3Q9D6Y1 Crebbp-201ENSMUST00000023165 10820 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem62-201ENSMUST00000067582 2921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ccdc3Q9D6Y1 Rapgef3-207ENSMUST00000134885 1422 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ccdc3Q9D6Y1 Khdc3-204ENSMUST00000173734 1228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ccdc3Q9D6Y1 Tcta-202ENSMUST00000192886 1094 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ccdc3Q9D6Y1 Calml4-206ENSMUST00000215870 803 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ccdc3Q9D6Y1 Hebp1-201ENSMUST00000045855 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ccdc3Q9D6Y1 Mirt1-201ENSMUST00000180489 5292 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgap35-201ENSMUST00000075845 9147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ccdc3Q9D6Y1 Ptges3-202ENSMUST00000084771 1559 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ccdc3Q9D6Y1 Cyb5a-204ENSMUST00000160180 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ccdc3Q9D6Y1 Dock9-202ENSMUST00000100299 6476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Ccdc3Q9D6Y1 Gm44544-201ENSMUST00000207052 1844 ntBASIC17.14■□□□□ 0.34
Ccdc3Q9D6Y1 Cdkl3-203ENSMUST00000109076 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Farp1-201ENSMUST00000026635 4885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 4933428G20Rik-201ENSMUST00000056955 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Anks1b-217ENSMUST00000182550 1868 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2k-201ENSMUST00000142407 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Rpl18-ps2-201ENSMUST00000118863 567 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11539-201ENSMUST00000119837 557 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13436-201ENSMUST00000120418 567 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13559-201ENSMUST00000120476 863 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 4930554G22Rik-201ENSMUST00000196102 686 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Fstl3-201ENSMUST00000020575 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Schip1-201ENSMUST00000029346 2201 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Ptprf-201ENSMUST00000049074 7656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Dus1l-202ENSMUST00000106133 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Lcorl-202ENSMUST00000045586 5708 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Pgrmc1-201ENSMUST00000073339 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Zc3h15-201ENSMUST00000081591 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Mboat1-201ENSMUST00000047311 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Larp4b-201ENSMUST00000091829 5720 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Cdca4-201ENSMUST00000062092 2425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp2r1b-206ENSMUST00000175645 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Nkd1-201ENSMUST00000034086 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43182-201ENSMUST00000199476 2528 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11549-201ENSMUST00000124606 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Map7-201ENSMUST00000020173 4252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Tmod1-201ENSMUST00000107773 3158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp428-203ENSMUST00000177205 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Cenps-201ENSMUST00000030813 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Ly6g6d-201ENSMUST00000007259 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gzmd-201ENSMUST00000082093 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Paox-202ENSMUST00000097967 1024 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Snap91-201ENSMUST00000036347 4237 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Mpst-203ENSMUST00000169133 1309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Ism1-201ENSMUST00000099307 2944 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Coq5-201ENSMUST00000040421 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Arfrp1-209ENSMUST00000170190 2483 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Atp8b2-201ENSMUST00000069805 5559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Prkra-201ENSMUST00000002808 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Hilpda-202ENSMUST00000115289 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Lmbrd1-202ENSMUST00000186096 688 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Qdpr-208ENSMUST00000197946 1206 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Fkbp3-201ENSMUST00000021332 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Fgf8-201ENSMUST00000026240 1117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Tm2d1-201ENSMUST00000030292 952 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Atp11a-201ENSMUST00000033818 7549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 B3galnt2-207ENSMUST00000221974 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Nsmf-204ENSMUST00000102931 2830 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Tpd52l1-201ENSMUST00000000305 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Adpgk-205ENSMUST00000217570 2484 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Npepl1-201ENSMUST00000044415 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Snx16-202ENSMUST00000099223 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Tmf1-201ENSMUST00000095664 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Trim14-201ENSMUST00000046897 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Ciz1-205ENSMUST00000113338 2666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Rhod-202ENSMUST00000117462 1495 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Wtap-205ENSMUST00000160781 2442 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Map3k1-201ENSMUST00000109267 6978 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Med14-201ENSMUST00000076016 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 B3gnt2-202ENSMUST00000062844 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Ppm1j-201ENSMUST00000002298 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Adcy2-201ENSMUST00000022013 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Bad-202ENSMUST00000113423 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Mir6349-201ENSMUST00000184059 97 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7889-201ENSMUST00000185591 958 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 4930579K19Rik-202ENSMUST00000190541 632 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gm32151-201ENSMUST00000223521 915 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Eif3h-201ENSMUST00000022925 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Klhl25-202ENSMUST00000171155 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb5-204ENSMUST00000180217 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Orai3-201ENSMUST00000061587 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Rbbp7-202ENSMUST00000112326 1430 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26860-201ENSMUST00000181674 1489 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Atp2c1-201ENSMUST00000038118 4876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Sdcbp-201ENSMUST00000029912 2745 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Dach1-202ENSMUST00000071533 5219 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem80-202ENSMUST00000126510 959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 A730060N03Rik-201ENSMUST00000174277 2124 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 E030044B06Rik-201ENSMUST00000181195 1266 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Ssr2-207ENSMUST00000195014 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Gm3375-201ENSMUST00000203929 796 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Ewsr1-204ENSMUST00000093365 1290 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Slc47a2-201ENSMUST00000093029 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Ccdc3Q9D6Y1 Shisa7-203ENSMUST00000119433 3481 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.3 ms