Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Tnk1-202ENSMUST00000108626 1798 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Acy3-201ENSMUST00000054030 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Prickle4-201ENSMUST00000113299 990 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Prickle4-202ENSMUST00000113300 1110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Dnajc19-204ENSMUST00000120805 551 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Stard3nl-208ENSMUST00000200323 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Zfpl1-201ENSMUST00000025707 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Prrg2-201ENSMUST00000007981 1295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Tmem131-208ENSMUST00000194563 6698 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Efnb2-201ENSMUST00000001319 4793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Gnas-222ENSMUST00000180362 1645 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Gm37711-201ENSMUST00000194907 1749 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Atxn7l2-202ENSMUST00000117409 2321 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Zbtb5-204ENSMUST00000180217 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Tmem145-202ENSMUST00000119703 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Herpud2-201ENSMUST00000008573 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Raver2-201ENSMUST00000038463 4045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Atp8b2-201ENSMUST00000069805 5559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Nmnat3-202ENSMUST00000112937 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Slc9a5-201ENSMUST00000073149 3499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 H2-Q6-201ENSMUST00000113879 981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Cdpf1-204ENSMUST00000144067 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Fev-202ENSMUST00000159232 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Gm10517-202ENSMUST00000192970 758 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Tsr3-201ENSMUST00000063574 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Laptm4b-201ENSMUST00000022867 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Sh3bp1-202ENSMUST00000061239 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Pacs2-207ENSMUST00000223502 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Gm10300-201ENSMUST00000094662 2296 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Atad2b-201ENSMUST00000045664 8035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Cisd2-202ENSMUST00000120988 1363 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Cdca4-201ENSMUST00000062092 2425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Eva1a-201ENSMUST00000042974 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 1600012H06Rik-202ENSMUST00000164837 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Lca5l-201ENSMUST00000054855 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
ShhQ62226 K230015D01Rik-201ENSMUST00000211969 1516 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Chmp6-201ENSMUST00000026434 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Trim37-201ENSMUST00000041282 5632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Anks1b-225ENSMUST00000182966 1625 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Rint1-204ENSMUST00000117783 560 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Atf7ip2-204ENSMUST00000119023 1048 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 D3Ertd751e-205ENSMUST00000120167 773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Tmem80-202ENSMUST00000126510 959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Wdr74-202ENSMUST00000210512 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Cnn1-203ENSMUST00000214601 1225 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Pdia6-201ENSMUST00000057288 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 4930461C15Rik-201ENSMUST00000133622 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Dscc1-201ENSMUST00000023059 1324 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Map6-206ENSMUST00000208605 2275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Tle4-201ENSMUST00000052011 4555 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Lmo4-203ENSMUST00000121796 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Wac-207ENSMUST00000167020 5208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Gm26674-201ENSMUST00000180770 1446 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Ube2k-201ENSMUST00000142407 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Ankib1-201ENSMUST00000043551 6426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Ncmap-205ENSMUST00000105860 2000 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Ppp1r3f-201ENSMUST00000115742 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Mtch2-205ENSMUST00000136872 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 3110043O21Rik-203ENSMUST00000108127 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Xrcc6-202ENSMUST00000100399 3296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Rbm11-202ENSMUST00000114249 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Cyp4f16-201ENSMUST00000003416 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Klhl25-201ENSMUST00000092073 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Fndc4-202ENSMUST00000172435 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Stard6-203ENSMUST00000168249 1167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Alkbh1-212ENSMUST00000185301 408 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 A430033K04Rik-204ENSMUST00000200521 1110 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Spata33-206ENSMUST00000212637 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Gm18101-201ENSMUST00000215769 548 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Nfu1-201ENSMUST00000032060 948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 A430033K04Rik-201ENSMUST00000032590 1109 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Aqp2-201ENSMUST00000023752 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Klhdc8a-201ENSMUST00000046071 4269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Apba1-201ENSMUST00000025830 6632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Vstm2b-203ENSMUST00000205845 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Mindy2-201ENSMUST00000049031 8081 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Usp48-201ENSMUST00000055131 5722 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Rbms1-209ENSMUST00000164147 2543 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Lonrf2-202ENSMUST00000147695 6932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Atp2c1-204ENSMUST00000112558 5642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
ShhQ62226 5330438I03Rik-201ENSMUST00000168347 2845 ntBASIC16.33■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Dbnl-203ENSMUST00000109845 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Rnf44-204ENSMUST00000125871 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Itsn1-201ENSMUST00000056482 5364 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Prdm8-202ENSMUST00000210477 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Mark3-202ENSMUST00000084953 3365 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Nr1d2-201ENSMUST00000090543 4663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Prob1-203ENSMUST00000190196 4888 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Camsap3-207ENSMUST00000207712 2539 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Snx15-207ENSMUST00000154601 767 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Utf1-201ENSMUST00000168457 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Gm32151-201ENSMUST00000223521 915 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
ShhQ62226 AC175538.1-201ENSMUST00000225343 1269 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Proca1-203ENSMUST00000108317 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Arih1-207ENSMUST00000171975 6971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Srsf1-201ENSMUST00000079866 2948 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Tspan4-201ENSMUST00000026585 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
ShhQ62226 Wnt10b-202ENSMUST00000166022 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.3 ms