Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Pou3f1-201ENSMUST00000053491 3849 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Hdgfl3-201ENSMUST00000026094 2865 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Prmt3-201ENSMUST00000032715 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Syt8-202ENSMUST00000105976 1289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Syt8-205ENSMUST00000122393 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Smim1-205ENSMUST00000131325 842 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Flg-203ENSMUST00000178695 777 ntAPPRIS P5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Gpc6-204ENSMUST00000125435 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Acvr1c-204ENSMUST00000112608 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Gm43042-201ENSMUST00000198676 1820 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Skap1-203ENSMUST00000100521 1539 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Skap1-204ENSMUST00000103154 1507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Ubald1-201ENSMUST00000037843 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Matk-201ENSMUST00000105328 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Mir5130-201ENSMUST00000175160 84 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Aga-203ENSMUST00000211424 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Rtkn-203ENSMUST00000121093 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Prpsap1-201ENSMUST00000106391 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Pfn2-201ENSMUST00000066882 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Tgds-201ENSMUST00000022727 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Ccdc177-201ENSMUST00000073251 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Mrm1-201ENSMUST00000018549 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Keap1-206ENSMUST00000216436 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 U2af2-201ENSMUST00000005041 2183 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Gmcl1-202ENSMUST00000113679 960 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Spdya-202ENSMUST00000124001 1247 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Rfesd-202ENSMUST00000167271 595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Wdr74-202ENSMUST00000210512 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 AC120002.2-201ENSMUST00000220205 773 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Hist1h2aj-201ENSMUST00000091710 352 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Tubb4b-ps1-201ENSMUST00000179460 1336 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Atp6v1g2-201ENSMUST00000068261 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Prps1l3-201ENSMUST00000139049 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Acbd4-203ENSMUST00000107040 1959 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Tmem44-204ENSMUST00000140402 2405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Gm16861-201ENSMUST00000181498 1647 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Sdcbp-201ENSMUST00000029912 2745 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Gm26781-201ENSMUST00000181385 1477 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Cenps-207ENSMUST00000177408 689 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Pdxk-ps-203ENSMUST00000183934 680 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Rpl18a-206ENSMUST00000212709 700 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Magi3-202ENSMUST00000121198 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Fkbp5-201ENSMUST00000079413 3542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Eno1-202ENSMUST00000080926 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Kdelr2-201ENSMUST00000110731 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Sh3yl1-202ENSMUST00000110880 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 A930029G22Rik-201ENSMUST00000181032 1710 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Meox1-201ENSMUST00000057054 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Frmd3-202ENSMUST00000098006 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Carmn-201ENSMUST00000181155 1778 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 AA467197-202ENSMUST00000110512 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Gm16061-201ENSMUST00000122167 857 ntBASIC23■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Psmd13-209ENSMUST00000164681 726 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 A430033K04Rik-204ENSMUST00000200521 1110 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 A430033K04Rik-201ENSMUST00000032590 1109 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Dnajb2-208ENSMUST00000188346 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Nptn-212ENSMUST00000177292 1390 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 C1ql3-201ENSMUST00000061545 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Lmtk3-201ENSMUST00000072580 4807 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 4933428G20Rik-201ENSMUST00000056955 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Tia1-203ENSMUST00000095754 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Isyna1-201ENSMUST00000019283 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Gm28876-201ENSMUST00000188137 703 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Arpc4-204ENSMUST00000204802 794 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Gm3488-202ENSMUST00000181562 1945 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Klhl33-201ENSMUST00000164415 1602 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Slc25a3-201ENSMUST00000076694 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Rsph6a-201ENSMUST00000035521 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Smarcd2-201ENSMUST00000021052 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Gm19721-201ENSMUST00000195284 1764 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Gm5112-201ENSMUST00000204407 2368 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Patz1-203ENSMUST00000094471 2930 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 1600012H06Rik-202ENSMUST00000164837 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Vkorc1-203ENSMUST00000206053 606 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Aldoa-ps3-201ENSMUST00000217558 306 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Birc5-201ENSMUST00000081387 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Pip5k1c-202ENSMUST00000105327 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Abhd5-202ENSMUST00000111497 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Gprc5c-203ENSMUST00000122967 1709 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Zscan25-201ENSMUST00000094116 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Pagr1a-202ENSMUST00000200948 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Gm42742-205ENSMUST00000202798 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Casp6-201ENSMUST00000029626 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Aurkb-201ENSMUST00000021277 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Adgrv1-207ENSMUST00000128585 2580 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Camsap3-212ENSMUST00000208240 2572 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 BC029722-201ENSMUST00000124586 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Cacnb3-201ENSMUST00000003442 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Gfi1-201ENSMUST00000031205 2860 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Nmnat3-202ENSMUST00000112937 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Gm1673-202ENSMUST00000114382 451 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 AC134329.2-201ENSMUST00000217897 428 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Pigf-201ENSMUST00000024957 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Trim28Q62318 Fam92a-201ENSMUST00000087052 1292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.1 ms