Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Vps53-203ENSMUST00000108419 2209 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 1700030C12Rik-201ENSMUST00000101462 858 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Smim27-201ENSMUST00000129758 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Prmt1-205ENSMUST00000207659 945 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 AC175538.2-202ENSMUST00000224997 1057 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Prmt1-201ENSMUST00000045325 1071 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Zswim8-208ENSMUST00000224751 5951 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Gtpbp3-208ENSMUST00000168847 2803 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Dao-201ENSMUST00000086599 1525 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Cwh43-201ENSMUST00000031040 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Obsl1-202ENSMUST00000113567 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Txnl1-201ENSMUST00000025476 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Rnpc3-203ENSMUST00000106536 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Ntn1-201ENSMUST00000021284 5738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Gpn2-201ENSMUST00000030661 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Tecr-203ENSMUST00000165740 1120 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Usp4P35123 2310068J16Rik-201ENSMUST00000188271 1124 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Vgll2-201ENSMUST00000058347 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Mfap2-201ENSMUST00000071977 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Rbbp7-203ENSMUST00000112327 1862 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Slc22a3-201ENSMUST00000024595 3501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Lrrc43-202ENSMUST00000121444 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Acss2-202ENSMUST00000065973 2876 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Hoxb6-201ENSMUST00000000704 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Smarcc1-207ENSMUST00000199896 5773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Gbe1-206ENSMUST00000170464 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Pitx3-201ENSMUST00000026259 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Slc6a8-204ENSMUST00000114467 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Hmx2-202ENSMUST00000183219 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Gm6209-202ENSMUST00000194629 1506 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Fdx1l-201ENSMUST00000010348 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 A830035A12Rik-201ENSMUST00000147445 861 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Boll-203ENSMUST00000159398 658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Snrpc-201ENSMUST00000071006 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Rpl21-203ENSMUST00000099272 1067 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 A730089K16Rik-201ENSMUST00000194526 2427 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Piezo2-201ENSMUST00000046860 2849 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Prcc-201ENSMUST00000005015 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Amigo2-201ENSMUST00000053106 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Meox1-201ENSMUST00000057054 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Rmdn3-201ENSMUST00000094695 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 4930447C04Rik-202ENSMUST00000110489 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Usp4P35123 Dok7-202ENSMUST00000101298 2443 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Acsl3-205ENSMUST00000142704 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Lonp1-201ENSMUST00000047226 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Zdhhc24-201ENSMUST00000006632 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Arl4d-201ENSMUST00000039388 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Ddx19a-201ENSMUST00000040416 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Rala-201ENSMUST00000009003 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Gm7290-201ENSMUST00000104990 617 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Gm12918-201ENSMUST00000120234 636 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Gm15710-201ENSMUST00000121821 636 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Nespas-201ENSMUST00000143738 1083 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Gm5075-201ENSMUST00000196916 622 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 AC160393.1-201ENSMUST00000218378 1279 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Rpl13-ps6-201ENSMUST00000079761 636 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Rpl13-ps3-201ENSMUST00000079960 624 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Gm44618-201ENSMUST00000208431 2262 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Dleu2-208ENSMUST00000182768 1442 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Acp5-204ENSMUST00000213815 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Acp5-206ENSMUST00000217643 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Eepd1-201ENSMUST00000040677 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Ppt2-204ENSMUST00000168391 1342 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Fam57b-207ENSMUST00000207020 1777 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Dip2c-203ENSMUST00000174552 8023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Acbd4-203ENSMUST00000107040 1959 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Eps8-201ENSMUST00000058210 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 B4galnt4-201ENSMUST00000048002 3556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Camta1-204ENSMUST00000105670 4961 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 C230012O17Rik-201ENSMUST00000130085 2999 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Dhx32-201ENSMUST00000033290 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Rusc2-202ENSMUST00000098106 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 H2-Q7-201ENSMUST00000071951 1406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Tfam-203ENSMUST00000121685 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Map1lc3b-203ENSMUST00000181521 775 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Fkbp11-201ENSMUST00000003445 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Fbxl3-201ENSMUST00000022720 4309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Klhdc8b-210ENSMUST00000193895 2718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Card10-203ENSMUST00000170584 3220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Aspscr1-204ENSMUST00000106159 1615 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Mtss1l-201ENSMUST00000052457 4717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Vstm2b-203ENSMUST00000205845 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Lgmn-201ENSMUST00000021607 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Gm37563-201ENSMUST00000192580 1513 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Gm26774-201ENSMUST00000181534 2401 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Arntl-204ENSMUST00000210238 2976 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Chst3-202ENSMUST00000135158 6108 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Foxp4-204ENSMUST00000113265 3999 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Rgl2-201ENSMUST00000047503 3252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Clta-201ENSMUST00000107845 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Gm13146-201ENSMUST00000118508 780 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Gm22325-201ENSMUST00000158904 308 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Rxra-201ENSMUST00000077257 4905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Col13a1-204ENSMUST00000105453 2935 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Ppp1r1b-201ENSMUST00000078694 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Nkd1-203ENSMUST00000211113 1474 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Cfap36-201ENSMUST00000020754 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Usp4P35123 2210016L21Rik-201ENSMUST00000031538 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Usp4P35123 Atp2a2-201ENSMUST00000031423 4486 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.6 ms