Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Mis18a-201ENSMUST00000099554 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 A930001A20Rik-201ENSMUST00000182586 1366 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Klk12-202ENSMUST00000107970 1115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Sumo3-204ENSMUST00000129492 487 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Gm20481-201ENSMUST00000173680 564 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Prm1-201ENSMUST00000023144 469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Zdhhc6-209ENSMUST00000225495 1711 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Ppp2r1b-205ENSMUST00000175640 1523 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Nfe2-201ENSMUST00000075192 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Ptgis-202ENSMUST00000088041 1711 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Gm16272-201ENSMUST00000128218 388 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Gm29456-201ENSMUST00000189894 768 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Cmtm3-204ENSMUST00000212081 850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Ptcra-201ENSMUST00000041012 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 F2rl3-201ENSMUST00000058099 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Clk4-201ENSMUST00000093132 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Gm7862-201ENSMUST00000121461 292 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 AC225888.1-201ENSMUST00000227184 728 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Pfn3-201ENSMUST00000054146 545 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Sftpb-201ENSMUST00000070437 1131 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Rab1b-201ENSMUST00000025804 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Enoph1-201ENSMUST00000031268 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Emd-201ENSMUST00000002029 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Mcfd2-201ENSMUST00000024963 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Best2-201ENSMUST00000059072 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Gm12260-201ENSMUST00000122447 411 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Ascl1-201ENSMUST00000020243 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Agtpbp1-222ENSMUST00000171606 3037 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Eif3j2-201ENSMUST00000057110 2379 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Bola3-202ENSMUST00000120040 583 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Gm43438-201ENSMUST00000198133 379 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 March3-201ENSMUST00000035278 860 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Hist2h3b-201ENSMUST00000098843 488 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Paics-203ENSMUST00000120912 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Tsks-202ENSMUST00000120929 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Ndufv2-203ENSMUST00000143987 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Scn4aQ9ER60 Gm24513-201ENSMUST00000174964 138 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Rilp-201ENSMUST00000042972 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Gp5-201ENSMUST00000061190 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Ubl4a-206ENSMUST00000155676 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Gm14057-201ENSMUST00000120631 482 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Gm26695-201ENSMUST00000180920 1251 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Pts-201ENSMUST00000034570 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Zfp105-201ENSMUST00000051667 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Eif6-202ENSMUST00000109638 1382 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Slc25a3-201ENSMUST00000076694 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Barx2-201ENSMUST00000116615 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Galnt14-202ENSMUST00000112591 1843 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Gm14494-201ENSMUST00000118786 435 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Gm6376-201ENSMUST00000209407 580 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Hist1h2ak-201ENSMUST00000074752 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Gm10175-201ENSMUST00000086013 645 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Nmnat3-202ENSMUST00000112937 1898 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 D10Jhu81e-201ENSMUST00000001242 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Krt76-201ENSMUST00000100179 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Tekt1-201ENSMUST00000021155 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Taz-202ENSMUST00000114180 1786 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Rdx-202ENSMUST00000061352 1502 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Bsg-202ENSMUST00000105381 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Etfrf1-204ENSMUST00000111723 842 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Gm8097-201ENSMUST00000117903 829 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 H2-Bl-204ENSMUST00000184502 862 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 6430573P05Rik-202ENSMUST00000192648 597 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Rpl13a-204ENSMUST00000209711 495 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 AC122351.1-201ENSMUST00000220467 126 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Rbm11-201ENSMUST00000046378 1400 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Gm44202-201ENSMUST00000203549 532 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Il3ra-205ENSMUST00000224877 1128 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Psmb5-202ENSMUST00000227257 622 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Prm2-201ENSMUST00000037996 621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Mpig6b-201ENSMUST00000097337 2252 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Dnajc2-202ENSMUST00000115192 1132 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Grtp1-201ENSMUST00000165605 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 1700028E10Rik-201ENSMUST00000181114 2034 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Dnajc2-201ENSMUST00000030771 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Dbi-207ENSMUST00000151708 491 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Gm27397-201ENSMUST00000184997 107 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 1810010D01Rik-204ENSMUST00000208788 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Prdm5-203ENSMUST00000081219 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Fnbp1-205ENSMUST00000113552 1910 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Gm13849-201ENSMUST00000153328 835 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Fam71e1-204ENSMUST00000205422 366 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Ndufb9-201ENSMUST00000022980 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Myd88-201ENSMUST00000035092 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Dok5-201ENSMUST00000029075 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Fcgrt-201ENSMUST00000003512 1770 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Gm17018-201ENSMUST00000047057 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Erp27-201ENSMUST00000032343 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Ncmap-205ENSMUST00000105860 2000 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Aldh7a1-201ENSMUST00000066208 1914 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Shd-201ENSMUST00000044216 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Eif5a-207ENSMUST00000108610 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Lpar3-201ENSMUST00000039164 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Scn4aQ9ER60 Rasd2-201ENSMUST00000132133 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Scn4aQ9ER60 9130024F11Rik-204ENSMUST00000187927 517 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.5 ms