Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Wnt10b-203ENSMUST00000226610 2217 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Yipf3-201ENSMUST00000095263 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Ptges3l-202ENSMUST00000103102 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Pthlh-202ENSMUST00000204197 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Npw-201ENSMUST00000095544 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Csf1-203ENSMUST00000120243 2097 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Gm43272-201ENSMUST00000200599 1584 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Tial1-201ENSMUST00000033135 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Cyth2-202ENSMUST00000107729 2519 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 A930001A20Rik-201ENSMUST00000182586 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Aida-206ENSMUST00000193625 1810 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Plin5-202ENSMUST00000113072 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Abcd4-210ENSMUST00000223107 2410 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Arrdc4-202ENSMUST00000118110 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Hoxa1-202ENSMUST00000120363 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Uchl3-201ENSMUST00000002289 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Nipa2-202ENSMUST00000117812 3039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Arhgap23-202ENSMUST00000107601 5450 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Igfbpl1-201ENSMUST00000044297 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Six3os1-206ENSMUST00000175921 2737 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Suz12-201ENSMUST00000017692 4373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Tmc6-202ENSMUST00000103025 1279 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Prickle4-201ENSMUST00000113299 990 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Prickle4-202ENSMUST00000113300 1110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 4930405A21Rik-202ENSMUST00000139042 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Muc2-203ENSMUST00000179227 399 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Il3ra-202ENSMUST00000223589 738 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 0610009B22Rik-201ENSMUST00000007921 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Ispd-207ENSMUST00000223205 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Slc7a10-201ENSMUST00000001854 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Vangl2-203ENSMUST00000111264 2349 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Apbb1-219ENSMUST00000191601 2690 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Larp6-201ENSMUST00000038407 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Yipf2-201ENSMUST00000034700 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Bola2-203ENSMUST00000130498 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Gm2274-201ENSMUST00000184539 609 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Lamtor5-202ENSMUST00000199317 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Pldi-201ENSMUST00000036304 853 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Kctd15-201ENSMUST00000032709 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Med14-201ENSMUST00000076016 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Sec61a2-202ENSMUST00000102981 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Bhlhe22-201ENSMUST00000026120 3344 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Plac9a-201ENSMUST00000052286 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Cbx4-201ENSMUST00000026665 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Fbxl17-201ENSMUST00000024761 4925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Syde2-201ENSMUST00000039517 5495 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Dapk1-202ENSMUST00000077453 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Gapdh-202ENSMUST00000117757 1273 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 U2af1-201ENSMUST00000014684 907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 U2af1-202ENSMUST00000166526 907 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Tmem51os1-202ENSMUST00000141769 2131 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Epn1-207ENSMUST00000208634 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Map3k7cl-201ENSMUST00000026700 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Rasgrp2-224ENSMUST00000167240 2192 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Dbndd2-201ENSMUST00000017878 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Elac2-203ENSMUST00000108697 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Gm6659-201ENSMUST00000174752 547 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Gm9731-201ENSMUST00000209480 747 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Calml4-206ENSMUST00000215870 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 AC124392.1-201ENSMUST00000225172 5324 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Mfsd4a-203ENSMUST00000112370 2565 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Trim28Q62318 Bdkrb1-202ENSMUST00000182899 1313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Bdkrb1-201ENSMUST00000041229 1338 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Gm19554-201ENSMUST00000220934 2076 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Gm5828-201ENSMUST00000071842 1860 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 F8a-201ENSMUST00000105111 2505 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Rac1-202ENSMUST00000100489 2325 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Gm37025-201ENSMUST00000195159 829 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Gm45442-201ENSMUST00000210038 411 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Nectin2-202ENSMUST00000108450 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Serinc2-201ENSMUST00000105996 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Pced1a-202ENSMUST00000110277 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Ola1-201ENSMUST00000028517 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Krt82-201ENSMUST00000023713 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Nmnat3-203ENSMUST00000112938 848 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Gm7370-201ENSMUST00000219471 767 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 AC130671.1-201ENSMUST00000227384 1237 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Banf1-201ENSMUST00000025762 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Ing4-205ENSMUST00000140131 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Anapc5-208ENSMUST00000197719 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Mmp23-201ENSMUST00000030937 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Gspt1-201ENSMUST00000080030 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Fam166b-201ENSMUST00000052829 1349 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Ipp-202ENSMUST00000106479 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Ipp-201ENSMUST00000030461 2115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Prss54-205ENSMUST00000213096 1501 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Gm17661-201ENSMUST00000170317 270 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 4930544I03Rik-201ENSMUST00000181184 1276 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Gm9745-201ENSMUST00000021573 684 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Atp5l-201ENSMUST00000043675 544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Prss53-202ENSMUST00000205300 1662 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Ncoa5-203ENSMUST00000122070 3117 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Tmem47-203ENSMUST00000171953 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Sirt1-201ENSMUST00000020257 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trim28Q62318 Lrrc57-204ENSMUST00000102499 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.4 ms