Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Ncmap-205ENSMUST00000105860 2000 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Il23a-201ENSMUST00000026449 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Rab1b-201ENSMUST00000025804 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Tcf7l2-203ENSMUST00000111646 2839 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Arl2bp-202ENSMUST00000109527 1133 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Snhg20-202ENSMUST00000149822 593 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 A230065N10Rik-201ENSMUST00000172178 1028 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Gm26971-201ENSMUST00000182423 1072 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Gm7514-201ENSMUST00000209475 934 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Ap3s1-204ENSMUST00000225520 957 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Zrsr2-202ENSMUST00000112289 2735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Cyp2u1-203ENSMUST00000200236 1716 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Ankle1-202ENSMUST00000120725 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Shq1-204ENSMUST00000170667 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 4921536K21Rik-201ENSMUST00000020712 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Mef2d-202ENSMUST00000107558 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Mapkapk3-201ENSMUST00000035194 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Aldh5a1-201ENSMUST00000037615 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Polr2c-201ENSMUST00000109521 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Cep68-204ENSMUST00000162811 2788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Snap91-202ENSMUST00000074468 4336 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Rcbtb2-226ENSMUST00000171767 2692 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Meg3-201ENSMUST00000124106 1988 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Espn-205ENSMUST00000084114 1645 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Tub-201ENSMUST00000033341 5997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Fxr1-201ENSMUST00000001620 2459 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Msi2-201ENSMUST00000092794 1855 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Ocel1-203ENSMUST00000110052 5285 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Acot8-202ENSMUST00000103094 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Spr-202ENSMUST00000174286 775 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Acot8-201ENSMUST00000017451 1055 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Gm38205-201ENSMUST00000192243 258 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 2810405F15Rik-201ENSMUST00000195368 932 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Sgsm1-204ENSMUST00000112325 2274 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Adam15-203ENSMUST00000107446 1686 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Lzts2-201ENSMUST00000039016 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Dhx36-201ENSMUST00000029336 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Ppp1r9b-201ENSMUST00000038696 4508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Prkar2a-201ENSMUST00000035220 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Ap2a2-201ENSMUST00000003038 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Eif4g3-202ENSMUST00000084214 6139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Keap1-204ENSMUST00000193982 2163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Ptp4a2-201ENSMUST00000030578 3646 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Bmp8a-202ENSMUST00000102641 1917 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Ypel3-204ENSMUST00000106359 469 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 2510002D24Rik-202ENSMUST00000123146 361 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 1700017B05Rik-204ENSMUST00000215298 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Atxn7l2-204ENSMUST00000119650 2274 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Sirt7-201ENSMUST00000080202 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Tpd52l1-201ENSMUST00000000305 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Axin1-203ENSMUST00000163421 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Psen2-202ENSMUST00000111104 1475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Sdsl-201ENSMUST00000031594 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Ntn1-202ENSMUST00000108674 5874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Ap2m1-202ENSMUST00000090023 2080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Retreg1-201ENSMUST00000022881 3248 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Mpped2-202ENSMUST00000111063 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Klhdc8a-201ENSMUST00000046071 4269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 2410002F23Rik-217ENSMUST00000188111 2131 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Zfp382-201ENSMUST00000098596 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Arih1-207ENSMUST00000171975 6971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Ncoa5-201ENSMUST00000040381 3179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Nin-203ENSMUST00000095666 7183 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Rassf1-201ENSMUST00000010211 1727 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Diablo-203ENSMUST00000111587 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 A530084C06Rik-201ENSMUST00000170573 3200 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Zfp697-202ENSMUST00000178372 4703 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Prmt1-210ENSMUST00000208829 621 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Psenen-201ENSMUST00000043898 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Cnn2-201ENSMUST00000004784 2460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Donson-201ENSMUST00000023682 2360 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Hjurp-202ENSMUST00000065420 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Krt80-201ENSMUST00000077196 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Cant1-205ENSMUST00000106289 1600 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 C1qtnf12-201ENSMUST00000024338 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Pcdh7-201ENSMUST00000068110 5611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 2410004B18Rik-201ENSMUST00000039571 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Fbxo33-201ENSMUST00000043204 3688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Hoxc6-201ENSMUST00000001711 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Zfp629-207ENSMUST00000134446 670 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Cyyr1-204ENSMUST00000175700 1294 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Cetn3-201ENSMUST00000022009 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Gnb2-204ENSMUST00000111027 1610 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Tbxas1-201ENSMUST00000003017 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Lzic-201ENSMUST00000030842 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Abtb1-201ENSMUST00000032169 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Gnao1-207ENSMUST00000138659 5526 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Gm16432-201ENSMUST00000094273 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Amacr-201ENSMUST00000070877 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Gjb3-201ENSMUST00000046532 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Gm16863-201ENSMUST00000181476 2431 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Arhgap35-201ENSMUST00000075845 9147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 AC165249.1-201ENSMUST00000220031 1599 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Gm21992-201ENSMUST00000172000 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Gm21992-206ENSMUST00000179909 1435 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Gm30003-201ENSMUST00000200700 1433 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Spsb3-203ENSMUST00000117890 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Taf6l-205ENSMUST00000176496 2224 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col28a1Q2UY11 Gm12441-201ENSMUST00000121806 588 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.6 ms