Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Tor2a-201ENSMUST00000009707 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Npepl1-201ENSMUST00000044415 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 4930518J20Rik-201ENSMUST00000195064 1478 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Fam46a-202ENSMUST00000187711 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Frrs1l-201ENSMUST00000053681 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Gm8309-201ENSMUST00000206627 1448 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Csnk2a2-203ENSMUST00000212214 6779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Snrnp70-201ENSMUST00000074575 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Ndel1-203ENSMUST00000108672 1653 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Krcc1-203ENSMUST00000204436 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Pcdhac2-201ENSMUST00000047479 5888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Fgf11-201ENSMUST00000011285 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Ccnd3-ps-201ENSMUST00000117963 881 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Gm37805-201ENSMUST00000192612 1094 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Cst3-201ENSMUST00000028938 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Nme2-202ENSMUST00000072566 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Ewsr1-204ENSMUST00000093365 1290 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Tmem80-206ENSMUST00000133012 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 4930471E19Rik-201ENSMUST00000219022 1514 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Sbf1-201ENSMUST00000123791 6190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 St3gal2-201ENSMUST00000034197 4396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Nudt11-201ENSMUST00000103007 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Adpgk-205ENSMUST00000217570 2484 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Smap2-201ENSMUST00000043200 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Nsfl1c-203ENSMUST00000103160 1369 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Scrib-201ENSMUST00000002603 5599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Lifr-202ENSMUST00000164529 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Rtkn-203ENSMUST00000121093 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 F8a-201ENSMUST00000105111 2505 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Cdkl3-207ENSMUST00000109080 2749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Ppp2ca-201ENSMUST00000020608 7102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Gm28374-201ENSMUST00000162374 728 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Gm27741-201ENSMUST00000185060 237 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 1700025A08Rik-201ENSMUST00000200753 609 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 AC160393.1-201ENSMUST00000218378 1279 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Dcxr-201ENSMUST00000026144 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Bax-201ENSMUST00000033093 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Limd2-202ENSMUST00000064545 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Npw-201ENSMUST00000095544 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Smarca4-202ENSMUST00000098948 6376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
ShhQ62226 Trpc4ap-202ENSMUST00000103140 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Sart1-201ENSMUST00000044207 5091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Atg16l2-202ENSMUST00000122116 2083 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Irx5-201ENSMUST00000034184 2450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Nfix-204ENSMUST00000109764 5476 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Psme3-201ENSMUST00000019470 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Chd5-202ENSMUST00000030775 9486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Mgme1-203ENSMUST00000110028 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Rnf26-201ENSMUST00000056328 2724 ntAPPRIS P2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Ppm1a-201ENSMUST00000021514 7668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Ccdc149-201ENSMUST00000059428 3295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Gm13441-201ENSMUST00000140104 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Cox7a2l-202ENSMUST00000167741 1147 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
ShhQ62226 1810026B05Rik-205ENSMUST00000184855 409 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Elof1-204ENSMUST00000214394 567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Rpl21-202ENSMUST00000075453 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Rrs1-201ENSMUST00000072079 2048 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Mfsd4a-203ENSMUST00000112370 2565 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Aup1-201ENSMUST00000092618 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Lrrc73-201ENSMUST00000095262 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Ache-202ENSMUST00000085934 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
ShhQ62226 1810043G02Rik-201ENSMUST00000105397 1818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Gm16054-201ENSMUST00000139469 1819 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Acvr2b-205ENSMUST00000215746 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
ShhQ62226 AU019823-202ENSMUST00000145139 2805 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Foxp1-230ENSMUST00000177437 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
ShhQ62226 AI480526-205ENSMUST00000160255 1095 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
ShhQ62226 AC107452.1-201ENSMUST00000227963 481 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Gm26798-201ENSMUST00000181384 2837 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Gm38308-201ENSMUST00000194934 1809 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Rarb-207ENSMUST00000225921 2756 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Fam222a-201ENSMUST00000043650 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Gfra1-208ENSMUST00000152507 1937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Gm35558-201ENSMUST00000222675 2219 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Grk6-206ENSMUST00000224995 2971 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Capg-202ENSMUST00000114071 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Gm15847-201ENSMUST00000121417 1065 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Arl4aos-201ENSMUST00000135883 748 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Dmrta2os-202ENSMUST00000141893 691 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Smim12-201ENSMUST00000142029 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Cpeb2-204ENSMUST00000166713 6846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Gm20390-201ENSMUST00000170303 991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Stac2-201ENSMUST00000017544 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Cenps-201ENSMUST00000030813 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Il4i1-201ENSMUST00000033015 2048 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Rbm24-201ENSMUST00000037923 3086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Elac2-201ENSMUST00000071891 2771 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Cacul1-201ENSMUST00000081790 5790 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Scrib-203ENSMUST00000109946 5545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Zfp382-201ENSMUST00000098596 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Exoc3l2-202ENSMUST00000137613 4016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Aebp2-202ENSMUST00000087614 3727 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Pqlc1-201ENSMUST00000070135 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Maff-201ENSMUST00000096350 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Sept9-201ENSMUST00000019038 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Gm43213-201ENSMUST00000151866 1790 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Iqsec2-207ENSMUST00000168786 5993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Keap1-204ENSMUST00000193982 2163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
ShhQ62226 Lrrc43-201ENSMUST00000094327 2046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.3 ms