Protein–RNA interactions for Protein: O88207

Col5a1, Collagen alpha-1(V) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,838 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col5a1O88207 Fgf8-205ENSMUST00000111927 843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Aicda-202ENSMUST00000160685 1292 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Gm45442-201ENSMUST00000210038 411 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Krtap1-5-201ENSMUST00000054532 1041 ntAPPRIS P1 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Gm8258-201ENSMUST00000055593 1449 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Map6-202ENSMUST00000107100 2335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Paics-201ENSMUST00000031160 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Fam166b-201ENSMUST00000052829 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Gm26781-201ENSMUST00000181385 1477 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Dus1l-202ENSMUST00000106133 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Eif4g3-201ENSMUST00000058133 2663 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Alas2-201ENSMUST00000066337 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Gm13420-201ENSMUST00000129574 1091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Gm12963-201ENSMUST00000131846 783 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Rasl2-9-201ENSMUST00000147835 1013 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Ttpal-202ENSMUST00000109408 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Dtwd2-201ENSMUST00000025383 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Erc1-202ENSMUST00000079582 2304 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 En2-201ENSMUST00000036177 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Fam118a-201ENSMUST00000023069 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Lhx8-205ENSMUST00000205251 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Aig1-205ENSMUST00000162610 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Gm17182-201ENSMUST00000163795 860 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Ttc32-203ENSMUST00000219488 768 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Thoc7-201ENSMUST00000065865 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col5a1O88207 Gpsm3-201ENSMUST00000038244 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
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Col5a1O88207 Slc25a16-201ENSMUST00000044977 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Stx2-201ENSMUST00000031378 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Zfp385b-204ENSMUST00000111831 2734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Hrh3-204ENSMUST00000165248 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
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Col5a1O88207 Lce1a2-201ENSMUST00000029530 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
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Col5a1O88207 Nagk-203ENSMUST00000113851 1323 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Gnptg-202ENSMUST00000115154 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
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Col5a1O88207 Arf1-202ENSMUST00000163300 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Echdc2-204ENSMUST00000116309 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 4930544D05Rik-204ENSMUST00000180052 755 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
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Col5a1O88207 Ccnd3-215ENSMUST00000183044 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Hpn-202ENSMUST00000108102 1830 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
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Col5a1O88207 Tnk1-202ENSMUST00000108626 1798 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
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Col5a1O88207 Npepl1-201ENSMUST00000044415 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
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Col5a1O88207 Ppp1r2-202ENSMUST00000115233 958 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Tmed5-204ENSMUST00000118036 1045 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
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Col5a1O88207 Krt88-201ENSMUST00000023781 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Mrpl43-201ENSMUST00000097715 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Ncoa5-203ENSMUST00000122070 3117 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 AC123834.2-201ENSMUST00000224038 2340 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Anapc5-208ENSMUST00000197719 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Dmtn-210ENSMUST00000228824 2377 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Coq5-201ENSMUST00000040421 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Mtmr9-201ENSMUST00000058679 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Josd2-206ENSMUST00000121922 684 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Gm16061-201ENSMUST00000122167 857 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Muc2-203ENSMUST00000179227 399 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 0610025J13Rik-203ENSMUST00000180374 713 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 A830052D11Rik-201ENSMUST00000181729 1130 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Mthfsl-204ENSMUST00000186863 725 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Kiss1r-202ENSMUST00000219745 979 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Bpifa3-201ENSMUST00000028984 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Irak1bp1-201ENSMUST00000034783 1159 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Tctex1d4-201ENSMUST00000062206 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Ahnak-201ENSMUST00000092955 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Irx3-202ENSMUST00000175795 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col5a1O88207 Dolk-201ENSMUST00000100219 2104 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
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Col5a1O88207 U2af2-202ENSMUST00000165399 1810 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.6 ms