Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Ache-202ENSMUST00000085934 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 1700096K18Rik-201ENSMUST00000188465 1454 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Mmp11-201ENSMUST00000000924 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Zfas1-205ENSMUST00000189909 738 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Dcxr-201ENSMUST00000026144 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Cenps-201ENSMUST00000030813 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Gng11-201ENSMUST00000031670 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Hjurp-202ENSMUST00000065420 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Mfsd14a-201ENSMUST00000029570 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Gpr180-201ENSMUST00000022728 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 4930426L09Rik-201ENSMUST00000028069 1459 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Tmem263-201ENSMUST00000095383 3616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Galk2-202ENSMUST00000094604 1928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Camsap3-207ENSMUST00000207712 2539 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 4833413E03Rik-201ENSMUST00000013706 1091 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 0610012G03Rik-201ENSMUST00000202722 1445 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 AC124601.2-201ENSMUST00000222888 759 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Thoc3-201ENSMUST00000026990 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Gpr84-201ENSMUST00000079824 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Nsun2-202ENSMUST00000109699 2834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Tra2a-204ENSMUST00000204189 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Ankle1-201ENSMUST00000119976 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Srsf1-201ENSMUST00000079866 2948 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Shc3-201ENSMUST00000021898 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Cpsf4-207ENSMUST00000162244 1387 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Rogdi-207ENSMUST00000202281 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Ccdc3-201ENSMUST00000027988 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Lrch4-204ENSMUST00000176667 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Tmem164-206ENSMUST00000112896 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Gm16105-201ENSMUST00000156926 697 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Stk11-210ENSMUST00000213772 1239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Gadd45b-203ENSMUST00000220246 732 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Pomgnt2-201ENSMUST00000084743 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Polr3d-201ENSMUST00000000793 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Tspan9-201ENSMUST00000032503 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 3110043O21Rik-203ENSMUST00000108127 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Slc25a41-202ENSMUST00000169012 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Anapc13-203ENSMUST00000188398 727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Snx12-201ENSMUST00000077876 1002 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Alg5-201ENSMUST00000044567 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Kcnc3-207ENSMUST00000209177 2960 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Dhh-201ENSMUST00000023737 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Atp6v1b1-206ENSMUST00000206911 1591 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Trim28Q62318 Cnot6-203ENSMUST00000145353 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Pigu-201ENSMUST00000077626 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Adat2-201ENSMUST00000019944 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Gpr137-201ENSMUST00000025909 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Gm26938-201ENSMUST00000182839 744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Hbs1l-202ENSMUST00000061324 1998 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Fam107a-202ENSMUST00000120411 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 1700003E16Rik-202ENSMUST00000203203 2070 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Fam126a-202ENSMUST00000101513 1679 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Gm26885-201ENSMUST00000181920 1688 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Csf3-201ENSMUST00000038886 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Shq1-204ENSMUST00000170667 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Orai3-201ENSMUST00000061587 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Gm27463-201ENSMUST00000183569 57 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 4930579K19Rik-202ENSMUST00000190541 632 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Sae1-203ENSMUST00000210999 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Fitm1-201ENSMUST00000022826 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Ripply2-201ENSMUST00000058846 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 3110070M22Rik-201ENSMUST00000099148 1123 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Thegl-202ENSMUST00000117880 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Gm6093-201ENSMUST00000221792 1623 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Sept4-205ENSMUST00000107962 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Eif3b-201ENSMUST00000100507 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Cxxc1-201ENSMUST00000025444 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Lpcat2-205ENSMUST00000210099 2179 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Scarb1-201ENSMUST00000086075 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Adgrb1-201ENSMUST00000042035 6228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Znhit6-201ENSMUST00000098534 2339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Ccl27a-219ENSMUST00000173865 657 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Krt88-201ENSMUST00000023781 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Mrpl21-201ENSMUST00000025743 802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 AW011738-201ENSMUST00000105140 1848 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Gm27029-202ENSMUST00000107259 1855 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Pacsin1-203ENSMUST00000114872 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Hgsnat-201ENSMUST00000037609 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Mef2d-202ENSMUST00000107558 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Ctnnal1-202ENSMUST00000107612 850 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 1810062O18Rik-202ENSMUST00000128848 745 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Serf1-205ENSMUST00000152286 465 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Chmp2a-203ENSMUST00000210587 930 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Scamp4-201ENSMUST00000079883 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Lgr4-202ENSMUST00000111037 4988 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Klc3-202ENSMUST00000108457 1632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Rnf111-204ENSMUST00000213647 4961 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Agbl5-209ENSMUST00000201225 2646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Mtmr14-201ENSMUST00000113146 2676 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Dbnl-203ENSMUST00000109845 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Gm7638-201ENSMUST00000121348 967 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Gm4217-201ENSMUST00000182243 1002 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Mir8112-201ENSMUST00000184382 131 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Ets1-206ENSMUST00000184887 2107 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Trim28Q62318 Olfr464-201ENSMUST00000074874 1084 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.4 ms