Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Gm15635-204ENSMUST00000208024 2539 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Mael-201ENSMUST00000038782 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Ispd-201ENSMUST00000062041 2690 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Etnk1-203ENSMUST00000204947 1791 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Zfp804a-201ENSMUST00000047527 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Wscd2-201ENSMUST00000094452 4302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Nhsl1-209ENSMUST00000207038 4854 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Il4i1-202ENSMUST00000118125 2275 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Vgll2-202ENSMUST00000163017 1650 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Ing1-207ENSMUST00000211007 2241 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Mal-202ENSMUST00000028854 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Letm1-203ENSMUST00000148451 2478 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Ttc14-203ENSMUST00000117915 4913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Hs6st1-201ENSMUST00000088174 3719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Prkar2a-201ENSMUST00000035220 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Cux1-206ENSMUST00000176172 4882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Tgfbr3l-201ENSMUST00000110993 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Coro1a-209ENSMUST00000173108 1170 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 2900042K21Rik-201ENSMUST00000194444 653 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Areg-201ENSMUST00000031325 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 BC107364-201ENSMUST00000093126 1159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 BC107364-202ENSMUST00000098841 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 D5Ertd579e-204ENSMUST00000140653 2014 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Dgkz-202ENSMUST00000099709 3512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Slc25a4-201ENSMUST00000034049 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Trabd-206ENSMUST00000169891 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Aifm2-201ENSMUST00000067857 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Donson-202ENSMUST00000114031 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Hoxc4-202ENSMUST00000165375 2121 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Nsmf-202ENSMUST00000074422 2824 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Synpo-201ENSMUST00000097566 5060 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Eif4g3-205ENSMUST00000105831 6235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Eps8-201ENSMUST00000058210 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 1700123O20Rik-201ENSMUST00000038539 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Ascl4-202ENSMUST00000170396 2016 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Podxl2-202ENSMUST00000061262 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Stk35-202ENSMUST00000166282 5445 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Gopc-202ENSMUST00000105475 4317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Gm16764-202ENSMUST00000148931 433 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Camkk2-202ENSMUST00000196742 1084 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Gm40460-201ENSMUST00000211591 735 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Gm45894-202ENSMUST00000212728 1097 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Rps2-ps3-201ENSMUST00000213102 832 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Slc7a6os-201ENSMUST00000035925 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 1700018M17Rik-201ENSMUST00000052502 456 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Selenom-201ENSMUST00000094469 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Ttbk1-201ENSMUST00000047034 6959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
Lire1P11260 Scrib-202ENSMUST00000063747 5440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Galnt9-201ENSMUST00000040001 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Mrps23-203ENSMUST00000118784 1404 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Kank3-201ENSMUST00000048560 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Mark3-202ENSMUST00000084953 3365 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Vamp4-203ENSMUST00000132158 2752 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Xiap-203ENSMUST00000115094 6542 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Gm32699-201ENSMUST00000221728 1988 ntBASIC16.77■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Znfx1-201ENSMUST00000048988 7218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Atp8b2-210ENSMUST00000168276 4265 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Kat2b-ps-201ENSMUST00000128468 2490 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Evx2-201ENSMUST00000001867 4191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Gm45640-201ENSMUST00000210665 1896 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Mpp6-201ENSMUST00000036225 1896 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Bmt2-201ENSMUST00000045235 4143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Slc6a17-208ENSMUST00000169449 6322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Slc6a17-201ENSMUST00000029499 6308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Vegfa-201ENSMUST00000024747 2765 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Gm6211-202ENSMUST00000167849 925 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Gm20049-201ENSMUST00000219950 730 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Nudt14-202ENSMUST00000221397 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Cmc1-201ENSMUST00000044220 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Ngb-203ENSMUST00000110177 1611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Klhdc3-202ENSMUST00000165007 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Fiz1-208ENSMUST00000208944 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Ano10-206ENSMUST00000216670 2108 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Fgf3-201ENSMUST00000105898 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 9330160F10Rik-201ENSMUST00000101007 2766 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Lpgat1-202ENSMUST00000110856 2792 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Lhx8-201ENSMUST00000177846 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Fubp3-202ENSMUST00000113482 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Rasip1-201ENSMUST00000057927 3202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Kcnq2-203ENSMUST00000081528 2382 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Zmym3-206ENSMUST00000120107 5882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Pard3-226ENSMUST00000162907 4682 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Gabarapl1-201ENSMUST00000032264 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Ralgapa1-202ENSMUST00000110687 7874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Myo5b-201ENSMUST00000074157 6745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Spsb3-203ENSMUST00000117890 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Sec61a2-202ENSMUST00000102981 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Fbxw2-206ENSMUST00000113080 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Cacna1h-202ENSMUST00000159048 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Ndufa12-204ENSMUST00000179990 566 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Rian-206ENSMUST00000182119 329 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Tcap-201ENSMUST00000008021 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Ubxn1-201ENSMUST00000096255 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Trip10-201ENSMUST00000019631 2224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Cldn5-201ENSMUST00000043577 1414 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Ctnnbip1-201ENSMUST00000030839 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Pigt-202ENSMUST00000117066 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Gm11762-201ENSMUST00000135630 1705 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Lire1P11260 Srf-201ENSMUST00000015749 4093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.3 ms