Protein–RNA interactions for Protein: Q3TIX9

Usp39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, mousemouse

Predictions only

Length 564 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp39Q3TIX9 Gm15155-201ENSMUST00000112542 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Wac-207ENSMUST00000167020 5208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Fxyd1-215ENSMUST00000206474 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Htatip2-202ENSMUST00000207895 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Lysmd4-209ENSMUST00000208998 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Tsnax-202ENSMUST00000212603 2169 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Elof1-204ENSMUST00000214394 567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Cst3-201ENSMUST00000028938 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Tha1-201ENSMUST00000033230 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Epn1-202ENSMUST00000098845 2565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Shq1-202ENSMUST00000113312 6816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Galnt16-204ENSMUST00000218943 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Slc25a47-202ENSMUST00000221080 1890 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Anks1b-225ENSMUST00000182966 1625 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Rnaseh2a-202ENSMUST00000109736 2981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Usp39Q3TIX9 Dkk4-201ENSMUST00000033936 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Tmem203-201ENSMUST00000104998 854 ntAPPRIS P1 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Mir5133-201ENSMUST00000174955 77 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Tfdp2-209ENSMUST00000188750 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Gm43672-201ENSMUST00000199072 1731 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Lrrc27-202ENSMUST00000106104 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Cfap36-201ENSMUST00000020754 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Polr2c-201ENSMUST00000109521 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Cbx2-201ENSMUST00000026662 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Map7-201ENSMUST00000020173 4252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Hirip3-201ENSMUST00000037248 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Ncmap-205ENSMUST00000105860 2000 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Zfp800-203ENSMUST00000115321 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Gm12441-201ENSMUST00000121806 588 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Spr-202ENSMUST00000174286 775 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Gm6420-201ENSMUST00000193885 723 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Ap3s1-204ENSMUST00000225520 957 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Med30-201ENSMUST00000037115 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Inpp4a-201ENSMUST00000027287 5691 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 U2af2-202ENSMUST00000165399 1810 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Sqor-201ENSMUST00000005953 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Ddx59-201ENSMUST00000027655 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Noxa1-201ENSMUST00000044018 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Tfap4-201ENSMUST00000005862 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Dao-201ENSMUST00000086599 1525 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 1600012H06Rik-201ENSMUST00000052691 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Pcyt2-203ENSMUST00000106188 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 C1qtnf12-201ENSMUST00000024338 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Nfe2l3-203ENSMUST00000160133 1125 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 1700003N22Rik-201ENSMUST00000194834 808 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Cetn3-201ENSMUST00000022009 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Plekhf2-201ENSMUST00000054776 2977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Mfap2-201ENSMUST00000071977 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Sprtn-201ENSMUST00000034467 4464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Rasl10b-202ENSMUST00000108140 3156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Baiap2-202ENSMUST00000075180 3518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Gm6209-202ENSMUST00000194629 1506 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Tsc22d1-201ENSMUST00000022587 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Hspa1l-201ENSMUST00000007248 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Acvr2b-205ENSMUST00000215746 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Rassf1-201ENSMUST00000010211 1727 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Neo1-201ENSMUST00000068664 7379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Tpd52l1-201ENSMUST00000000305 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Tssk6-201ENSMUST00000050373 1335 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Ptpra-201ENSMUST00000028769 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Eomes-202ENSMUST00000111763 2869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Nespas-201ENSMUST00000143738 1083 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 E130307A14Rik-208ENSMUST00000145971 830 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 B230208B08Rik-201ENSMUST00000173049 404 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Gm3807-201ENSMUST00000193520 1168 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Nectin3-202ENSMUST00000023335 9116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Cers1-202ENSMUST00000140239 2711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Zfp768-201ENSMUST00000060783 2356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Clic1-201ENSMUST00000007257 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Stk3-201ENSMUST00000018476 2914 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Pick1-201ENSMUST00000018295 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Nrxn2-203ENSMUST00000113459 3285 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Gm42900-201ENSMUST00000197184 2167 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Lsm6-201ENSMUST00000051867 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Ly6h-204ENSMUST00000127095 1336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Dtnb-222ENSMUST00000174479 3689 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Car11-201ENSMUST00000003360 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 H2-DMa-201ENSMUST00000042121 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Agfg2-201ENSMUST00000031736 2893 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Slc25a35-202ENSMUST00000102606 1828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Slc35f4-204ENSMUST00000138884 1810 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Mtrf1l-201ENSMUST00000019908 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 5330438I03Rik-201ENSMUST00000168347 2845 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Acot8-202ENSMUST00000103094 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Zfp444-202ENSMUST00000108565 849 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Gm22325-201ENSMUST00000158904 308 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Acot8-201ENSMUST00000017451 1055 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 H2-Q7-202ENSMUST00000076256 1523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Sh2b2-204ENSMUST00000196447 1783 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 1700018L02Rik-201ENSMUST00000187897 2485 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Scrib-202ENSMUST00000063747 5440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Gm16897-201ENSMUST00000180780 2492 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Spc25-202ENSMUST00000112320 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Gm38345-201ENSMUST00000192635 1748 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 9330154J02Rik-202ENSMUST00000185960 2557 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Polr2m-202ENSMUST00000163972 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 A230065N10Rik-201ENSMUST00000172178 1028 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Prmt1-205ENSMUST00000207659 945 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Gm44732-201ENSMUST00000208055 635 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Usp39Q3TIX9 Rbks-201ENSMUST00000031018 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.3 ms