Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 C030014I23Rik-201ENSMUST00000080911 1810 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Mtcp1-201ENSMUST00000033542 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Ubxn2a-201ENSMUST00000020962 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Fbxo7-202ENSMUST00000117597 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Kirrel3-202ENSMUST00000115148 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Fbxl15-201ENSMUST00000026256 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Uba5-201ENSMUST00000035166 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Txndc15-201ENSMUST00000021959 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Gm26837-201ENSMUST00000180821 2110 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Pdcd2l-201ENSMUST00000002710 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Csnk2a2-203ENSMUST00000212214 6779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Rimklb-201ENSMUST00000068242 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Ntng1-204ENSMUST00000106571 1446 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Ntng1-210ENSMUST00000138953 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Hs3st4-201ENSMUST00000106437 3189 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Ttc34-203ENSMUST00000207854 4733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Enpp1-202ENSMUST00000105520 6777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Neurl1b-201ENSMUST00000053020 6195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Pcnx-204ENSMUST00000221721 8318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 1700096K18Rik-201ENSMUST00000188465 1454 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Psmd13-209ENSMUST00000164681 726 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Arpc4-204ENSMUST00000204802 794 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Cds2-202ENSMUST00000103181 8396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 D11Wsu47e-201ENSMUST00000042227 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Stoml1-201ENSMUST00000034883 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Abhd8-201ENSMUST00000008094 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Ppp1r16a-201ENSMUST00000037551 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Syt5-201ENSMUST00000065957 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Pus1-201ENSMUST00000031481 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 D11Wsu47e-202ENSMUST00000106621 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Spc24-205ENSMUST00000217382 1696 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 BC034090-204ENSMUST00000186156 4873 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Nt5dc3-201ENSMUST00000099396 5952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Gm28033-201ENSMUST00000184224 96 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Guca1a-201ENSMUST00000059348 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Gm5867-201ENSMUST00000063197 592 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Klhl15-205ENSMUST00000113916 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Dpf1-203ENSMUST00000108230 1553 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 2900052L18Rik-201ENSMUST00000139014 1588 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Fam98b-201ENSMUST00000028825 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Cnn3-201ENSMUST00000029773 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Zfp213-201ENSMUST00000095606 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Kndc1-202ENSMUST00000121839 2210 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Fam159b-201ENSMUST00000043061 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 AB124611-202ENSMUST00000086361 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Grip1-201ENSMUST00000041962 5343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 D16Ertd472e-202ENSMUST00000114219 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Fgfr2-217ENSMUST00000124096 2425 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Fam181a-201ENSMUST00000179363 1406 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Fam181a-203ENSMUST00000191218 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Zfp629-206ENSMUST00000132524 215 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Gm27463-201ENSMUST00000183569 57 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Gm43353-201ENSMUST00000199224 1295 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Uqcrc1-201ENSMUST00000026743 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 A230050P20Rik-201ENSMUST00000043911 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Stx2-202ENSMUST00000100680 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Col8a1Q00780 Nsfl1c-201ENSMUST00000028949 1364 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Acvr1c-204ENSMUST00000112608 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Gas2l1-203ENSMUST00000109895 2530 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Ptpmt1-203ENSMUST00000125001 3183 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Scrib-203ENSMUST00000109946 5545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Tmem127-201ENSMUST00000035871 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Ap2m1-202ENSMUST00000090023 2080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Zfp689-202ENSMUST00000106299 1417 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Gm8258-201ENSMUST00000055593 1449 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Plekhg3-207ENSMUST00000219063 4535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Btnl9-201ENSMUST00000046522 5273 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Echdc2-204ENSMUST00000116309 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Gm26829-201ENSMUST00000180581 934 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 AC166341.7-201ENSMUST00000221698 126 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Lce1h-201ENSMUST00000051521 706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Siah1b-201ENSMUST00000037928 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Pacsin2-201ENSMUST00000056177 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Gaa-202ENSMUST00000106258 1369 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Mink1-201ENSMUST00000072237 4994 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Runx1t1-201ENSMUST00000006761 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Cd82-201ENSMUST00000028644 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Brsk2-205ENSMUST00000172652 2501 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Ntn1-202ENSMUST00000108674 5874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Gls-204ENSMUST00000114513 4966 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Rad1-201ENSMUST00000022856 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Pcyt2-201ENSMUST00000026129 1881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Sae1-201ENSMUST00000094815 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Mrps16-201ENSMUST00000061444 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 2700046G09Rik-201ENSMUST00000181612 1641 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Rps14-202ENSMUST00000118551 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Pym1-202ENSMUST00000163377 1158 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Flg-203ENSMUST00000178695 777 ntAPPRIS P5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Gm2274-201ENSMUST00000184539 609 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Gm27704-201ENSMUST00000185094 107 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Smarca4-201ENSMUST00000034707 6354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Rpl39l-201ENSMUST00000044103 805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Atp11a-201ENSMUST00000033818 7549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Man2c1os-201ENSMUST00000125333 1910 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Tmie-201ENSMUST00000050958 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Daxx-202ENSMUST00000170075 2673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Col8a1Q00780 Ak2-202ENSMUST00000102604 1781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.6 ms