Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Krt86-201ENSMUST00000088049 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Six3os1-206ENSMUST00000175921 2737 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 4430402I18Rik-205ENSMUST00000162110 1559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Krt19-201ENSMUST00000007317 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Mthfd2-201ENSMUST00000005810 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Foxj1-201ENSMUST00000036215 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Gm16731-201ENSMUST00000132432 922 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Gm43353-201ENSMUST00000199224 1295 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Pthlh-202ENSMUST00000204197 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Mrpl9-201ENSMUST00000029786 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Hpn-202ENSMUST00000108102 1830 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Pacsin1-203ENSMUST00000114872 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Ubtf-213ENSMUST00000178839 4580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Pdcd5-202ENSMUST00000120714 767 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Pih1d1-201ENSMUST00000085375 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Eif3b-201ENSMUST00000100507 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Dolk-201ENSMUST00000100219 2104 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Sapcd2-202ENSMUST00000100323 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Rbm18-201ENSMUST00000028251 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 0610012G03Rik-201ENSMUST00000202722 1445 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Mfsd14a-201ENSMUST00000029570 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Gpr162-204ENSMUST00000204667 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Smim1-205ENSMUST00000131325 842 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Rfesd-202ENSMUST00000167271 595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 AC159205.6-201ENSMUST00000224935 887 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Eif4g3-201ENSMUST00000058133 2663 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Wnt10b-203ENSMUST00000226610 2217 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 F2rl3-201ENSMUST00000058099 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Efcab11-201ENSMUST00000046485 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Cacnb1-204ENSMUST00000107561 1778 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Fcgrt-201ENSMUST00000003512 1770 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Npw-201ENSMUST00000095544 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Lancl2-201ENSMUST00000050077 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Erc1-202ENSMUST00000079582 2304 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Cyp26c1-201ENSMUST00000073391 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Gtf3a-201ENSMUST00000132102 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Pdia6-201ENSMUST00000057288 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Nup85-201ENSMUST00000021085 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Gm35558-201ENSMUST00000222675 2219 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Lrp8-204ENSMUST00000106733 3332 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Anks1b-208ENSMUST00000182053 1649 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 4930405A21Rik-202ENSMUST00000139042 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Gm45058-201ENSMUST00000205810 766 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 A230050P20Rik-201ENSMUST00000043911 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Tspan10-201ENSMUST00000044105 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Ppp1r1b-204ENSMUST00000137634 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Xkr6-201ENSMUST00000119973 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Taf9-205ENSMUST00000190594 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Zfp800-203ENSMUST00000115321 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Gm6659-201ENSMUST00000174752 547 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Sae1-203ENSMUST00000210999 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Olfr464-201ENSMUST00000074874 1084 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Vps37d-202ENSMUST00000076203 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Dbndd2-201ENSMUST00000017878 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Fbxl15-201ENSMUST00000026256 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Prmt6-201ENSMUST00000106567 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Lyrm4-201ENSMUST00000053265 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Tra2a-204ENSMUST00000204189 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Smurf2-202ENSMUST00000103067 5290 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Ets1-206ENSMUST00000184887 2107 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Gm9694-201ENSMUST00000193347 1189 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Cnih3-204ENSMUST00000209607 564 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Krt88-201ENSMUST00000023781 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Dctn3-201ENSMUST00000030158 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Birc5-201ENSMUST00000081387 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Mpig6b-201ENSMUST00000097337 2252 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Cpsf4-207ENSMUST00000162244 1387 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Col3a1P08121 Cops8-201ENSMUST00000036153 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Gm5112-201ENSMUST00000204407 2368 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 0610010K14Rik-207ENSMUST00000108577 659 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Ramp2-202ENSMUST00000122006 899 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 A430033K04Rik-204ENSMUST00000200521 1110 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 A430033K04Rik-201ENSMUST00000032590 1109 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Gfra1-208ENSMUST00000152507 1937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Pqlc1-201ENSMUST00000070135 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 St8sia5-202ENSMUST00000079618 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Txndc5-201ENSMUST00000035988 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Phox2b-201ENSMUST00000012664 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Patz1-203ENSMUST00000094471 2930 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Map6-202ENSMUST00000107100 2335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Cdk5-201ENSMUST00000030814 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Eml4-202ENSMUST00000096766 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Ggt6-202ENSMUST00000100903 1387 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Gm14453-201ENSMUST00000139677 553 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Banf1-201ENSMUST00000025762 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Nckap1-201ENSMUST00000028386 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Gm37374-201ENSMUST00000194954 1829 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Lrrc27-202ENSMUST00000106104 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Pigu-201ENSMUST00000077626 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Aig1-201ENSMUST00000019942 1439 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Gm26938-201ENSMUST00000182839 744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Calml4-206ENSMUST00000215870 803 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Sqor-201ENSMUST00000005953 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col3a1P08121 Anapc5-203ENSMUST00000196640 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36.3 ms