Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Eva1c-202ENSMUST00000099543 1554 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Anks1b-208ENSMUST00000182053 1649 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Tnk1-202ENSMUST00000108626 1798 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Sqor-201ENSMUST00000005953 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Cdk5-201ENSMUST00000030814 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Mtch2-205ENSMUST00000136872 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Lrrc27-202ENSMUST00000106104 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Ino80e-202ENSMUST00000106342 1840 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Josd2-206ENSMUST00000121922 684 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Ddah2-204ENSMUST00000174493 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 4930519A11Rik-201ENSMUST00000181381 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 2810408A11Rik-201ENSMUST00000018714 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Iqck-206ENSMUST00000208658 2891 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Tpsg1-201ENSMUST00000024999 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Psmd4-201ENSMUST00000071664 1276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Paics-203ENSMUST00000120912 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Aire-204ENSMUST00000128241 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Aire-205ENSMUST00000130972 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Aire-212ENSMUST00000145975 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Aire-201ENSMUST00000019257 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Trim28Q62318 Gm37374-201ENSMUST00000194954 1829 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Tspan10-201ENSMUST00000044105 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Fndc11-201ENSMUST00000050026 1387 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Mpst-203ENSMUST00000169133 1309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Pdxdc1-203ENSMUST00000115803 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Fkbp3-201ENSMUST00000021332 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Mrpl21-202ENSMUST00000025745 1138 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 4930505A04Rik-201ENSMUST00000041763 904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Phox2b-201ENSMUST00000012664 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Nr1h2-201ENSMUST00000073488 1999 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Gfra1-208ENSMUST00000152507 1937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Krt19-201ENSMUST00000007317 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Ripk2-201ENSMUST00000037035 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Gm10418-201ENSMUST00000100943 576 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Echdc2-204ENSMUST00000116309 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Gm28914-201ENSMUST00000188115 667 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Dyrk2-201ENSMUST00000004281 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 St8sia5-202ENSMUST00000079618 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Cdc123-201ENSMUST00000043864 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Nup85-201ENSMUST00000021085 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 F2rl3-201ENSMUST00000058099 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Gm5464-201ENSMUST00000100453 2156 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Wisp2-201ENSMUST00000029188 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Gm12085-201ENSMUST00000119263 940 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Gm38027-201ENSMUST00000192315 235 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Rab28-205ENSMUST00000202913 863 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Il17re-205ENSMUST00000203661 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Gm29791-202ENSMUST00000207888 369 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Gm45618-201ENSMUST00000209890 660 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Casp3-203ENSMUST00000210534 583 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Mpc2-201ENSMUST00000027853 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Xpa-201ENSMUST00000030013 955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Coa6-201ENSMUST00000059093 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Bcs1l-202ENSMUST00000113732 1679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Krt86-201ENSMUST00000088049 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Pxk-201ENSMUST00000036682 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Chst8-203ENSMUST00000154629 2079 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Gm16759-201ENSMUST00000126238 1393 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 A230050P20Rik-201ENSMUST00000043911 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 2700081O15Rik-202ENSMUST00000159348 4989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Taf9-205ENSMUST00000190594 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Rps5-202ENSMUST00000108539 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Comtd1-204ENSMUST00000177527 714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Gm10231-201ENSMUST00000181584 441 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Atp5g2-202ENSMUST00000185641 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Gm10175-202ENSMUST00000208752 441 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Atp5g2-201ENSMUST00000075630 441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Gzmd-201ENSMUST00000082093 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Hsdl1-201ENSMUST00000036049 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Ppp2r1b-205ENSMUST00000175640 1523 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Grin2c-202ENSMUST00000106554 4895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Fxyd6-203ENSMUST00000217381 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Ythdc1-202ENSMUST00000119339 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Jak2-201ENSMUST00000025705 4947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Gm17182-201ENSMUST00000163795 860 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Fuz-209ENSMUST00000208179 1164 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Bax-201ENSMUST00000033093 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Rprml-201ENSMUST00000057870 1010 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Fcgrt-201ENSMUST00000003512 1770 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Rd3-201ENSMUST00000175680 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Fst-202ENSMUST00000223640 2612 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 A730060N03Rik-201ENSMUST00000174277 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Mpig6b-201ENSMUST00000097337 2252 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Pdia6-201ENSMUST00000057288 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Bad-202ENSMUST00000113423 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Hilpda-202ENSMUST00000115289 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Utf1-201ENSMUST00000168457 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 4732471J01Rik-202ENSMUST00000205787 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Gm26709-202ENSMUST00000223049 819 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Fam167b-201ENSMUST00000052835 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Dtwd2-201ENSMUST00000025383 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Paics-201ENSMUST00000031160 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Ctsh-201ENSMUST00000034915 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim28Q62318 Creg1-202ENSMUST00000111432 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.6 ms