Protein–RNA interactions for Protein: P28357

Hoxd9, Homeobox protein Hox-D9, mousemouse

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Length 339 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd9P28357 4930471E19Rik-201ENSMUST00000219022 1514 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Snx21-201ENSMUST00000056181 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 BC017158-201ENSMUST00000033044 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Tmem39b-201ENSMUST00000102588 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Bmp8a-202ENSMUST00000102641 1917 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Ppp1r3f-201ENSMUST00000115742 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Klhl25-201ENSMUST00000092073 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Atad3a-201ENSMUST00000030903 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Tpgs1-201ENSMUST00000020552 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Rps2-ps3-201ENSMUST00000213102 832 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Map7-205ENSMUST00000214231 675 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Jag1-201ENSMUST00000028735 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Pik3r2-201ENSMUST00000034296 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Podxl-201ENSMUST00000026698 5379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Aldh7a1-206ENSMUST00000172734 1880 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Tmem198-201ENSMUST00000050899 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Cnpy1-201ENSMUST00000117098 2661 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 A730056A06Rik-201ENSMUST00000181299 2689 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Whrn-205ENSMUST00000095038 2665 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Map3k9-201ENSMUST00000035987 4564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
Hoxd9P28357 Cdkl3-203ENSMUST00000109076 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Gusb-202ENSMUST00000111307 932 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Speg-203ENSMUST00000113588 1078 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Dixdc1-207ENSMUST00000121634 2420 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Cenpa-205ENSMUST00000144742 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Gm16475-201ENSMUST00000207306 512 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Plppr3-207ENSMUST00000167250 3063 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
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Hoxd9P28357 Ctbp2-201ENSMUST00000033269 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Blcap-201ENSMUST00000088494 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Gls-204ENSMUST00000114513 4966 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Pon1-201ENSMUST00000002663 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Fmnl2-204ENSMUST00000127122 5508 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Csrp2-201ENSMUST00000020403 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Ghrhr-202ENSMUST00000203241 1328 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Dlx3-201ENSMUST00000092768 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Gm15556-201ENSMUST00000122904 663 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
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Hoxd9P28357 Nnat-205ENSMUST00000153739 1146 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
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Hoxd9P28357 Zfp277-201ENSMUST00000069637 2188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Fstl3-201ENSMUST00000020575 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Hnrnpd-211ENSMUST00000172361 6811 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Vav3-201ENSMUST00000046864 5019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Gm19531-201ENSMUST00000216737 1377 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Lrrc43-201ENSMUST00000094327 2046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
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Hoxd9P28357 Tmem239-201ENSMUST00000055421 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
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Hoxd9P28357 Crb3-202ENSMUST00000097299 1206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
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Hoxd9P28357 Fam213a-202ENSMUST00000118466 1567 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
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Hoxd9P28357 Timm29-201ENSMUST00000062125 3170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Sh2b2-204ENSMUST00000196447 1783 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
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Hoxd9P28357 Cacna2d1-207ENSMUST00000196750 1272 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Kcnn4-203ENSMUST00000205626 461 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Cfap20-201ENSMUST00000034249 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Cck-201ENSMUST00000035120 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Hebp1-201ENSMUST00000045855 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 F8a-201ENSMUST00000105111 2505 ntAPPRIS P1 BASIC16.8■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Rhobtb3-201ENSMUST00000022078 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Fam46a-202ENSMUST00000187711 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Gm16054-201ENSMUST00000139469 1819 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Stard3-201ENSMUST00000018311 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Rae1-201ENSMUST00000029013 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Espn-211ENSMUST00000105657 1375 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Prkaca-201ENSMUST00000005606 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Atrn-201ENSMUST00000028781 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Deaf1-209ENSMUST00000211537 2882 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 2900072N19Rik-201ENSMUST00000123840 806 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Fev-202ENSMUST00000159232 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 1600012H06Rik-202ENSMUST00000164837 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Tgfb1-201ENSMUST00000002678 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Sdcbp-201ENSMUST00000029912 2745 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Snap91-201ENSMUST00000036347 4237 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 AC121961.1-201ENSMUST00000218594 1779 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Rhod-202ENSMUST00000117462 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Atp5d-203ENSMUST00000105367 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Aqp2-201ENSMUST00000023752 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Cdca4-202ENSMUST00000220899 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Ciz1-201ENSMUST00000048964 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Hoxd9P28357 Anks1b-208ENSMUST00000182053 1649 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.7 ms