Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

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Length 396 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 Krt77-201ENSMUST00000087996 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Sox12-202ENSMUST00000182625 4453 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Mag-207ENSMUST00000191081 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Khdrbs2-201ENSMUST00000027226 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Park7-201ENSMUST00000030805 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Dio3-201ENSMUST00000097228 1449 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Slc25a35-202ENSMUST00000102606 1828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Por-201ENSMUST00000005651 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Srsf1-201ENSMUST00000079866 2948 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 U2af2-201ENSMUST00000005041 2183 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Htra3-202ENSMUST00000114233 1901 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Gm19531-201ENSMUST00000216737 1377 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Shisa7-203ENSMUST00000119433 3481 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Speg-204ENSMUST00000113589 833 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Gm11927-201ENSMUST00000118472 759 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Gm16475-201ENSMUST00000207306 512 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Hebp1-201ENSMUST00000045855 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Fbxo45-201ENSMUST00000042732 4179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Espn-206ENSMUST00000103196 1323 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Atg4aQ8C9S8 Map3k9-201ENSMUST00000035987 4564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Naa30-205ENSMUST00000153488 4446 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Hs2st1-201ENSMUST00000043325 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Atp5d-203ENSMUST00000105367 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Tfam-203ENSMUST00000121685 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Rhod-202ENSMUST00000117462 1495 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Arhgap42-203ENSMUST00000183182 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Gm16897-201ENSMUST00000180780 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Tmem136-202ENSMUST00000213544 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 1810010K12Rik-201ENSMUST00000070378 1324 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Prdm6-203ENSMUST00000115399 2227 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Hjurp-202ENSMUST00000065420 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Hapln2-201ENSMUST00000005014 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Zscan12-201ENSMUST00000053293 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 1110004F10Rik-202ENSMUST00000106607 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Gm12441-201ENSMUST00000121806 588 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Gm11527-201ENSMUST00000153795 596 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Gm46218-201ENSMUST00000215448 801 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 1110004E09Rik-201ENSMUST00000023694 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Eif3j2-201ENSMUST00000057110 2379 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Flg-201ENSMUST00000050758 1488 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Espn-211ENSMUST00000105657 1375 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Mrpl15-205ENSMUST00000146665 1569 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Rcan3-201ENSMUST00000030606 5111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Hcn2-202ENSMUST00000099513 3195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Il17rb-201ENSMUST00000016110 2061 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Gm11769-201ENSMUST00000140273 1657 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Gm12896-201ENSMUST00000118430 226 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Gm15847-201ENSMUST00000121417 1065 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 3110082J24Rik-201ENSMUST00000127749 327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Fam98c-203ENSMUST00000134176 1189 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Gnb5-201ENSMUST00000076889 1188 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Eif6-201ENSMUST00000029142 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 H2-Q7-202ENSMUST00000076256 1523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Gm16386-201ENSMUST00000181397 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Znrf1-204ENSMUST00000171182 5466 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Shq1-204ENSMUST00000170667 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Arl2bp-202ENSMUST00000109527 1133 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Gm12527-201ENSMUST00000117967 564 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Cox16-207ENSMUST00000169124 685 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 2610035F20Rik-202ENSMUST00000177306 1149 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Gm2559-201ENSMUST00000201323 363 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
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Atg4aQ8C9S8 Mtag2-201ENSMUST00000058665 714 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Ssx2ip-204ENSMUST00000106153 3446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Gpr137-201ENSMUST00000025909 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
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Atg4aQ8C9S8 Dhx15-201ENSMUST00000031061 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Rab1b-201ENSMUST00000025804 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Dlgap1-209ENSMUST00000140728 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Xk-201ENSMUST00000015486 5076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Tomm6-202ENSMUST00000113302 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Crybb1-201ENSMUST00000031286 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 1700067K01Rik-201ENSMUST00000060357 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Cox18-201ENSMUST00000048363 1333 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Rac1-202ENSMUST00000100489 2325 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Smim15-205ENSMUST00000225972 2097 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Ddx39b-203ENSMUST00000173731 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Acp5-204ENSMUST00000213815 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Acp5-206ENSMUST00000217643 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Ints6-201ENSMUST00000053959 4993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Scamp4-202ENSMUST00000180350 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Tmem54-201ENSMUST00000030575 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Adgrv1-207ENSMUST00000128585 2580 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Insm1-201ENSMUST00000089257 3100 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Aqp5-201ENSMUST00000088200 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Zfp219-204ENSMUST00000226522 2804 ntAPPRIS P2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Smu1-201ENSMUST00000030117 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Lyrm4-201ENSMUST00000053265 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Lysmd4-209ENSMUST00000208998 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
Atg4aQ8C9S8 Ngb-201ENSMUST00000021420 1616 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Atg4aQ8C9S8 Esx1-202ENSMUST00000113066 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Atg4aQ8C9S8 Tmcc1-202ENSMUST00000088896 5838 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Atg4aQ8C9S8 Rnf112-203ENSMUST00000102661 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Atg4aQ8C9S8 Gm11249-201ENSMUST00000117071 859 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
Atg4aQ8C9S8 Spr-202ENSMUST00000174286 775 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Atg4aQ8C9S8 Moap1-202ENSMUST00000178384 1284 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Atg4aQ8C9S8 CT025689.6-201ENSMUST00000224991 1104 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.6 ms