Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Rhobtb3-201ENSMUST00000022078 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Tfpt-202ENSMUST00000108641 1166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gm14859-201ENSMUST00000117752 357 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Ccnd2-204ENSMUST00000201637 1006 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gm18025-201ENSMUST00000221733 862 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Odf3b-204ENSMUST00000227834 930 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Bag5-201ENSMUST00000054636 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Lce1i-201ENSMUST00000090866 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Kcnd3-202ENSMUST00000098761 7169 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gse1-202ENSMUST00000118136 4492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Rragd-203ENSMUST00000098190 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Noc2l-201ENSMUST00000179543 2785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Foxp1-225ENSMUST00000177229 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Nus1-201ENSMUST00000023830 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Smox-209ENSMUST00000110189 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Col4a3bp-202ENSMUST00000109444 5285 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Zbed3-201ENSMUST00000045909 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Ppm1b-201ENSMUST00000080217 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Arnt-204ENSMUST00000107160 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Epo-203ENSMUST00000111039 706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gm9745-201ENSMUST00000021573 684 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 AC130711.1-201ENSMUST00000224277 906 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Timm23-208ENSMUST00000226683 750 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Prss40-201ENSMUST00000047840 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Spsb2-202ENSMUST00000052727 1219 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 2310039H08Rik-201ENSMUST00000071430 773 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gm10273-201ENSMUST00000092511 1126 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Pkp4-210ENSMUST00000168631 4484 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Crocc-201ENSMUST00000040222 6248 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Pllp-201ENSMUST00000034227 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Slit3-201ENSMUST00000069837 5228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Crebbp-201ENSMUST00000023165 10820 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Abhd11-206ENSMUST00000154469 1473 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Rasgrp2-206ENSMUST00000113472 2124 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Efna4-201ENSMUST00000029674 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Cd47-201ENSMUST00000084838 5277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Bspry-202ENSMUST00000107449 2167 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Anks3-201ENSMUST00000023157 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Snx15-201ENSMUST00000025702 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Slain2-202ENSMUST00000144843 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Tlcd2-202ENSMUST00000108435 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Pgam1-ps2-201ENSMUST00000117129 765 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gm12781-201ENSMUST00000146269 395 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Grtp1-204ENSMUST00000209691 1030 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 AC159205.3-201ENSMUST00000224614 874 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Lmbr1-207ENSMUST00000200564 1598 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Ahr-202ENSMUST00000116436 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Ppp3ca-201ENSMUST00000056758 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Hras-207ENSMUST00000168550 2272 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Golph3-202ENSMUST00000226517 2359 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Nin-203ENSMUST00000095666 7183 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 1810062O18Rik-202ENSMUST00000128848 745 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Diaph1-205ENSMUST00000115634 5666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Bend4-204ENSMUST00000201972 8268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Ptgfrn-201ENSMUST00000102694 5902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Naa30-205ENSMUST00000153488 4446 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Ccng2-201ENSMUST00000031331 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Map4k5-203ENSMUST00000110570 4498 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Camsap2-201ENSMUST00000048309 7823 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Tmem131-201ENSMUST00000027290 6546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Zfp653-201ENSMUST00000043922 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Trak1-209ENSMUST00000210798 5363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Iscu-202ENSMUST00000112311 1395 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Wnt8a-201ENSMUST00000012426 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Ppm1j-201ENSMUST00000002298 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Ccdc34-201ENSMUST00000028580 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gm12382-201ENSMUST00000122005 922 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Impa1-204ENSMUST00000191670 1100 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gm37292-201ENSMUST00000192062 758 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gzmm-201ENSMUST00000020549 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Stx3-208ENSMUST00000211641 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Pih1d1-201ENSMUST00000085375 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Esx1-201ENSMUST00000074698 1600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Paip1-201ENSMUST00000026520 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Dlk2-202ENSMUST00000166280 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gm45560-201ENSMUST00000211492 1472 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gnas-208ENSMUST00000109087 1716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gm13830-204ENSMUST00000149609 1851 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Trmt61a-202ENSMUST00000168338 2131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Ltbr-201ENSMUST00000032489 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Mafg-202ENSMUST00000106180 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Mafg-204ENSMUST00000106182 1104 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 AC133598.3-202ENSMUST00000224219 531 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Fkbp11-201ENSMUST00000003445 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Timm8a2-201ENSMUST00000045976 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Manbal-201ENSMUST00000081202 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gm15441-202ENSMUST00000107095 1653 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Vgll2-202ENSMUST00000163017 1650 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Nit1-202ENSMUST00000111295 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gramd1a-202ENSMUST00000085636 2543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Gm10489-201ENSMUST00000180511 1466 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col8a1Q00780 Slc35d2-201ENSMUST00000099441 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.1 ms