Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Klhl31-201ENSMUST00000057781 6494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Lire1P11260 Ptpdc1-204ENSMUST00000222028 3164 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Lire1P11260 Ube2d3-202ENSMUST00000166033 2504 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Lire1P11260 Tmem198-202ENSMUST00000113575 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Lire1P11260 Tbp-202ENSMUST00000117593 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Lire1P11260 Frrs1l-201ENSMUST00000053681 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Tmem54-203ENSMUST00000106064 1066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Gm16192-201ENSMUST00000148357 937 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Psmb5-201ENSMUST00000022803 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Dtymk-201ENSMUST00000027503 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Rbks-201ENSMUST00000031018 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Lmo1-201ENSMUST00000036992 1282 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Gpx1-201ENSMUST00000082429 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Rtl8b-201ENSMUST00000088778 1232 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Clcc1-203ENSMUST00000106613 3064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Klf13-201ENSMUST00000063694 6396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Bean1-204ENSMUST00000171018 3386 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Nfil3-201ENSMUST00000071065 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Vegfa-207ENSMUST00000142351 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Ppp2r1b-206ENSMUST00000175645 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Hsdl1-201ENSMUST00000036049 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Meis3-201ENSMUST00000002495 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Nipsnap2-205ENSMUST00000186265 1600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Lire1P11260 B4galt5-201ENSMUST00000109221 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Ly6h-204ENSMUST00000127095 1336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Tssk6-201ENSMUST00000050373 1335 ntAPPRIS P1 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Rbm12b1-202ENSMUST00000069128 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Gpr162-204ENSMUST00000204667 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Eps8-203ENSMUST00000111878 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Galnt3-201ENSMUST00000028378 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Aatk-203ENSMUST00000103020 5687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Wac-207ENSMUST00000167020 5208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 St3gal4-201ENSMUST00000034537 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Rgs19-202ENSMUST00000108769 1460 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Cdca3-201ENSMUST00000024270 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Kctd9-205ENSMUST00000152243 2528 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Foxp1-230ENSMUST00000177437 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Serbp1-211ENSMUST00000204293 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Zfp444-202ENSMUST00000108565 849 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Sp3os-201ENSMUST00000123087 583 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Boll-203ENSMUST00000159398 658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Mir5133-201ENSMUST00000174955 77 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 AV026068-208ENSMUST00000189098 286 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Shisa4-201ENSMUST00000041240 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Flot2-203ENSMUST00000100784 2699 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Myrip-201ENSMUST00000048121 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Abl1-202ENSMUST00000075759 6327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 2410004B18Rik-201ENSMUST00000039571 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Lire1P11260 A930001C03Rik-204ENSMUST00000154407 1402 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Rtn3-201ENSMUST00000025667 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Lire1P11260 A230065N10Rik-201ENSMUST00000172178 1028 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
Lire1P11260 2310068J16Rik-201ENSMUST00000188271 1124 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Fxyd1-215ENSMUST00000206474 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Cetn3-201ENSMUST00000022009 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Ap3s1-204ENSMUST00000225520 957 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Cnih2-201ENSMUST00000025805 1237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Cant1-205ENSMUST00000106289 1600 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Ttyh3-202ENSMUST00000197452 4576 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Keap1-204ENSMUST00000193982 2163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Ecel1-204ENSMUST00000161002 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Glrx2-210ENSMUST00000185362 3337 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Rrs1-201ENSMUST00000072079 2048 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Fbxl5-201ENSMUST00000047857 2858 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Bhlhb9-201ENSMUST00000068755 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Spire1-203ENSMUST00000115050 5405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Pten-201ENSMUST00000013807 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Rab34-202ENSMUST00000056241 1558 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Acot8-202ENSMUST00000103094 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Acot8-201ENSMUST00000017451 1055 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Gm44210-201ENSMUST00000205253 713 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Gm39115-201ENSMUST00000211350 699 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Fam46c-201ENSMUST00000061455 5640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Sorcs3-201ENSMUST00000078880 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Palm-202ENSMUST00000105379 2519 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Dusp8-201ENSMUST00000039926 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Pnldc1-201ENSMUST00000163394 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Gm10575-201ENSMUST00000097947 1671 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Chst2-201ENSMUST00000036267 7328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Zfp710-204ENSMUST00000206039 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Rap2a-201ENSMUST00000062117 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Pex16-201ENSMUST00000028650 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Ptar1-201ENSMUST00000099560 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Diablo-203ENSMUST00000111587 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 C1qtnf12-201ENSMUST00000024338 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Fbxo22-204ENSMUST00000146201 2009 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Ndufa10-201ENSMUST00000027478 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Cers2-201ENSMUST00000015858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Gm9885-202ENSMUST00000186234 2209 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Crem-234ENSMUST00000154470 1996 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 E130307A14Rik-208ENSMUST00000145971 830 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Uncx-202ENSMUST00000174792 1196 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Cyyr1-204ENSMUST00000175700 1294 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Gm42555-201ENSMUST00000199304 1039 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 AC175538.2-202ENSMUST00000224997 1057 ntAPPRIS P1 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 2810459M11Rik-202ENSMUST00000165824 3331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Sdsl-201ENSMUST00000031594 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Sh3rf3-205ENSMUST00000153031 5682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Nrxn2-203ENSMUST00000113459 3285 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Lire1P11260 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.3 ms