Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Gm7213-201ENSMUST00000215977 950 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Scamp4-201ENSMUST00000079883 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Gm37352-201ENSMUST00000193908 2181 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Fam53a-202ENSMUST00000065119 2009 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Lmo4-207ENSMUST00000196264 1263 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Slc39a5-201ENSMUST00000042666 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Cd82-201ENSMUST00000028644 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Ntng1-207ENSMUST00000131027 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Ntng1-209ENSMUST00000138344 1452 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Mir770-201ENSMUST00000103252 94 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Gm11355-201ENSMUST00000121120 306 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Angptl6-201ENSMUST00000043726 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Sox6os-201ENSMUST00000032900 420 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Ndufv3-201ENSMUST00000046288 1537 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Slc25a31-201ENSMUST00000091184 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Mcub-204ENSMUST00000153506 1005 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Gm16105-201ENSMUST00000156926 697 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Sirpa-213ENSMUST00000163034 677 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Ppdpf-201ENSMUST00000016488 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Tmem255b-201ENSMUST00000167071 1138 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Gm27217-201ENSMUST00000183438 882 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Dennd6a-202ENSMUST00000203874 2677 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Slc35b3-209ENSMUST00000225432 2216 ntAPPRIS P3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Mkln1os-202ENSMUST00000144232 964 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Odf3b-201ENSMUST00000049968 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Ppil3-204ENSMUST00000117069 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Kndc1-202ENSMUST00000121839 2210 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Eefsec-206ENSMUST00000205179 2208 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Gas2l1-202ENSMUST00000056649 2847 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Anks1b-225ENSMUST00000182966 1625 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Serbp1-203ENSMUST00000203077 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Actr3-201ENSMUST00000027579 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Speg-202ENSMUST00000113587 1254 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Hmces-201ENSMUST00000032141 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Fev-201ENSMUST00000068631 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Tnnt1-203ENSMUST00000108587 1059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Srpx-202ENSMUST00000115543 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Gm11594-201ENSMUST00000122313 162 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Spdya-202ENSMUST00000124001 1247 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Nabp2-204ENSMUST00000166608 979 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Cenps-207ENSMUST00000177408 689 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Gm4974-201ENSMUST00000209974 875 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Cldn19-201ENSMUST00000084309 924 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 1700095J03Rik-201ENSMUST00000143715 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Ccdc149-202ENSMUST00000198008 2470 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Slc9a2-203ENSMUST00000192345 2507 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Eml2-202ENSMUST00000117338 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Pcbp4-201ENSMUST00000024260 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 A230065H16Rik-201ENSMUST00000150384 670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Gm43347-201ENSMUST00000200226 580 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 1700025J12Rik-201ENSMUST00000205586 630 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Ppib-201ENSMUST00000034947 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Bola3-207ENSMUST00000136501 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Rapgef3os1-201ENSMUST00000149373 483 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Iscu-201ENSMUST00000026937 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Bicdl1-203ENSMUST00000118576 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 E530011L22Rik-202ENSMUST00000216791 2007 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Olfr129-201ENSMUST00000122318 993 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Pabpc1l2b-ps-201ENSMUST00000124538 690 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Alkal1-201ENSMUST00000133144 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Platr15-201ENSMUST00000147128 768 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Gm6623-201ENSMUST00000173570 544 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Il15ra-201ENSMUST00000078834 1600 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Bnipl-201ENSMUST00000098871 1414 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Nfs1-202ENSMUST00000109600 709 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Ikzf5-203ENSMUST00000128432 714 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Gfod2-203ENSMUST00000155038 951 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Gm3272-201ENSMUST00000181181 1229 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Arhgap33-206ENSMUST00000208522 781 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Gm10566-201ENSMUST00000086739 996 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 E4f1-201ENSMUST00000056032 2574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Gm10125-201ENSMUST00000074702 2286 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 AC152827.1-201ENSMUST00000221143 2189 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Aig1-201ENSMUST00000019942 1439 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Gm7638-201ENSMUST00000121348 967 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 4932702P03Rik-201ENSMUST00000138447 1482 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Pigt-202ENSMUST00000117066 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Gm26775-201ENSMUST00000180684 2197 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Hnrnpa1l2-ps-201ENSMUST00000129154 964 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Lce1a1-201ENSMUST00000074142 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Plin1-201ENSMUST00000032762 1916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Gas2l1-203ENSMUST00000109895 2530 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Oraov1-203ENSMUST00000105895 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Tmem33-206ENSMUST00000162543 664 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Zfp747-202ENSMUST00000205832 618 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 D11Wsu47e-201ENSMUST00000042227 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Uba2-201ENSMUST00000102746 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.5 ms