Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 Urah-202ENSMUST00000106050 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Gm16191-201ENSMUST00000141445 520 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Rerg-204ENSMUST00000149100 635 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Mir2861-201ENSMUST00000175539 82 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Gnb5-201ENSMUST00000076889 1188 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Gm34030-202ENSMUST00000211434 1126 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 AC138767.1-201ENSMUST00000222661 415 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 AC159301.1-201ENSMUST00000225130 1182 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 AC124569.2-201ENSMUST00000225998 818 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Anks3-201ENSMUST00000023157 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Meg3-207ENSMUST00000143836 1896 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Wnt8a-201ENSMUST00000012426 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Gm11779-201ENSMUST00000118541 368 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Gm16181-201ENSMUST00000118793 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Has3-202ENSMUST00000175987 1154 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 1190007I07Rik-202ENSMUST00000176200 586 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 1190007I07Rik-203ENSMUST00000183363 406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Nme4-201ENSMUST00000025007 912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Slbp-202ENSMUST00000075670 1027 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 1190007I07Rik-201ENSMUST00000079648 716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Ube2cbp-201ENSMUST00000034986 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Gm8309-201ENSMUST00000206627 1448 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Foxa2-201ENSMUST00000047315 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 4933427E11Rik-201ENSMUST00000056711 1214 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Psmb4-201ENSMUST00000005923 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Ggt6-202ENSMUST00000100903 1387 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Vgll2-202ENSMUST00000163017 1650 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
Col17a1Q07563 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Rfx8-202ENSMUST00000151913 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Akt1-201ENSMUST00000001780 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Jkamp-202ENSMUST00000117449 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Ntng1-207ENSMUST00000131027 1485 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Ntng1-209ENSMUST00000138344 1452 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Wdr55-201ENSMUST00000049323 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Mir770-201ENSMUST00000103252 94 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Gm12895-201ENSMUST00000122214 226 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Gm10052-201ENSMUST00000168019 960 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Gm20324-201ENSMUST00000186291 1118 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Ssr2-205ENSMUST00000193934 569 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Gm45328-201ENSMUST00000210942 917 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Gm33054-201ENSMUST00000216588 313 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Rbpms-202ENSMUST00000033995 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Gm7729-201ENSMUST00000050143 801 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Pecr-202ENSMUST00000097698 932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Mau2-206ENSMUST00000212451 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Krt24-201ENSMUST00000017255 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Ilkap-201ENSMUST00000027534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Tmem116-203ENSMUST00000094357 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Gm13816-201ENSMUST00000152230 715 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Lce1k-201ENSMUST00000179917 663 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Sae1-203ENSMUST00000210999 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 AC161829.1-201ENSMUST00000220298 281 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Gorasp2-201ENSMUST00000028509 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Apcdd1-201ENSMUST00000096554 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Nat9-203ENSMUST00000103040 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Nat9-204ENSMUST00000103041 953 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Sardhos-201ENSMUST00000170435 265 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Bcat2-201ENSMUST00000033098 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Usf2-202ENSMUST00000108119 849 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Pabpc1l2b-ps-201ENSMUST00000124538 690 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Ndufab1-ps-201ENSMUST00000166096 468 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Mrpl36-203ENSMUST00000222030 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 1700021F07Rik-201ENSMUST00000029023 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Prima1-201ENSMUST00000074416 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Lat2-202ENSMUST00000077636 1717 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Spint1-201ENSMUST00000028783 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Ets1-206ENSMUST00000184887 2107 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Pick1-201ENSMUST00000018295 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Arpc5-202ENSMUST00000097536 1737 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Park7-203ENSMUST00000105674 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Tmsb4x-202ENSMUST00000112175 864 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Bex3-202ENSMUST00000113112 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Vegfc-203ENSMUST00000210831 555 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Nr2c2ap-202ENSMUST00000211898 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Msx1-201ENSMUST00000063116 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Ing2-201ENSMUST00000080353 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Acot7-201ENSMUST00000030779 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Dohh-202ENSMUST00000121047 946 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Fam213b-201ENSMUST00000030935 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Acvrl1-206ENSMUST00000121718 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Gm14057-201ENSMUST00000120631 482 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Syngr2-206ENSMUST00000177131 935 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Gm5264-201ENSMUST00000190584 848 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Cyba-202ENSMUST00000212600 638 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Sox6os-201ENSMUST00000032900 420 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Col17a1Q07563 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Mtg2-202ENSMUST00000108901 1444 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Dscc1-202ENSMUST00000110231 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 4930426L09Rik-201ENSMUST00000028069 1459 ntAPPRIS P1 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Gm6209-202ENSMUST00000194629 1506 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Ndufv3-201ENSMUST00000046288 1537 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.4 ms