Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Faap20-201ENSMUST00000097747 1479 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Cobll1-202ENSMUST00000102726 5031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Cobll1-203ENSMUST00000112429 5045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Cfl1-201ENSMUST00000116560 1148 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Gm19094-201ENSMUST00000209791 1246 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Odf3b-204ENSMUST00000227834 930 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Pknox2-201ENSMUST00000039674 3632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Lmo4-203ENSMUST00000121796 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Mtmr9-201ENSMUST00000058679 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Ptar1-201ENSMUST00000099560 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Auh-203ENSMUST00000119311 2627 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 AU022751-201ENSMUST00000101698 1838 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 C430049E01Rik-201ENSMUST00000207913 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 9130221H12Rik-201ENSMUST00000169914 1465 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Lefty1-201ENSMUST00000037361 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Txnrd2-203ENSMUST00000115606 1905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Cdpf1-204ENSMUST00000144067 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Samd8-201ENSMUST00000022292 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 AC107452.1-201ENSMUST00000227963 481 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Cwh43-202ENSMUST00000065543 2316 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Cfap206-202ENSMUST00000108136 1688 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Rin3-202ENSMUST00000101114 2394 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Zmynd10-201ENSMUST00000010188 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Gm26657-201ENSMUST00000181745 1308 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Gm15751-201ENSMUST00000134552 1862 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Rcor3-203ENSMUST00000192128 1578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Fbxo45-201ENSMUST00000042732 4179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Cd37-209ENSMUST00000211373 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Gm20033-201ENSMUST00000180470 572 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Chmp2a-203ENSMUST00000210587 930 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 AC160393.1-201ENSMUST00000218378 1279 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Olfr718-ps1-204ENSMUST00000218872 963 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 4930465K10Rik-201ENSMUST00000056675 1238 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Gfra4-202ENSMUST00000066958 783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Naglu-201ENSMUST00000001802 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Fndc11-201ENSMUST00000050026 1387 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Adat2-201ENSMUST00000019944 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Siglecf-202ENSMUST00000121494 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Tspan9-201ENSMUST00000032503 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Srsf4-202ENSMUST00000053819 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Gm29430-202ENSMUST00000191453 2015 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Baz1a-201ENSMUST00000038926 6188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 4930405A21Rik-202ENSMUST00000139042 994 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Spata25-201ENSMUST00000017911 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 AC156016.1-201ENSMUST00000227190 1035 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Banf1-201ENSMUST00000025762 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Tollip-202ENSMUST00000055819 1100 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Foxj2-201ENSMUST00000003238 5283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Cyp2r1-207ENSMUST00000211506 1887 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Lamp1-201ENSMUST00000033824 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Sumf1-201ENSMUST00000032191 2593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Cnr1-201ENSMUST00000057188 5807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Rab5a-201ENSMUST00000017975 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Lrrc36-204ENSMUST00000213547 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Plekhh1-201ENSMUST00000039928 6439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Rhbdf1-201ENSMUST00000020524 2946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Fgf3-201ENSMUST00000105898 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Gm12356-201ENSMUST00000122854 353 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Stx2-201ENSMUST00000031378 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Nanp-201ENSMUST00000066640 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Hgsnat-201ENSMUST00000037609 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Guca1b-202ENSMUST00000145462 1556 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Rab34-202ENSMUST00000056241 1558 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Sdf4-204ENSMUST00000105579 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Clk3-201ENSMUST00000065330 2496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Dact3-201ENSMUST00000108493 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Golph3-205ENSMUST00000228671 2842 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 H2-Q6-201ENSMUST00000113879 981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Prss16-204ENSMUST00000150547 1159 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Moap1-202ENSMUST00000178384 1284 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Fkbp11-201ENSMUST00000003445 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Znrf4-201ENSMUST00000052211 1236 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Cldn24-201ENSMUST00000079639 663 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Gabarap-201ENSMUST00000018711 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Atf1-201ENSMUST00000023769 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Lgmn-202ENSMUST00000110020 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Fam105a-202ENSMUST00000226145 2950 ntAPPRIS P1 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Lhx8-201ENSMUST00000177846 2076 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Hnrnpd-211ENSMUST00000172361 6811 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Paics-203ENSMUST00000120912 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 AC124581.1-201ENSMUST00000225416 1399 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Bad-202ENSMUST00000113423 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 1810012K08Rik-201ENSMUST00000155199 574 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Khdc3-204ENSMUST00000173734 1228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Stard3nl-208ENSMUST00000200323 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Josd2-218ENSMUST00000206887 693 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Fam57a-201ENSMUST00000094014 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 AW047730-202ENSMUST00000181406 2579 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Gas2-203ENSMUST00000107591 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 5031439G07Rik-201ENSMUST00000047144 6845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Iars2-203ENSMUST00000110975 2801 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Rnf146-203ENSMUST00000160372 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Ptf1aos-201ENSMUST00000122978 916 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Gm23634-201ENSMUST00000175071 91 ntBASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Ssr2-207ENSMUST00000195014 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Gm19391-201ENSMUST00000196653 999 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Gm3375-201ENSMUST00000203929 796 ntBASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Mrpl21-201ENSMUST00000025743 802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.6 ms