Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Acot7-203ENSMUST00000105652 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Gm7791-201ENSMUST00000219066 539 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 B4gat1-201ENSMUST00000053705 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Car2-201ENSMUST00000029078 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Cenpa-205ENSMUST00000144742 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Gm35154-202ENSMUST00000217008 1093 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Vrk1-202ENSMUST00000072040 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Babam1-201ENSMUST00000002473 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Gm44544-201ENSMUST00000207052 1844 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Slc39a7-203ENSMUST00000169397 2107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Mansc4-201ENSMUST00000100780 1125 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Gm15890-201ENSMUST00000161024 770 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Birc2-201ENSMUST00000054878 378 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Cacnb1-203ENSMUST00000103144 2236 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Magix-201ENSMUST00000115695 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Syt17-203ENSMUST00000203485 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Blcap-202ENSMUST00000109528 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Gm13474-201ENSMUST00000122466 815 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Npr3-205ENSMUST00000228603 2437 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Gpd1-203ENSMUST00000162194 1515 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Espn-209ENSMUST00000105655 1350 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Ankrd23-204ENSMUST00000194853 1073 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Cdk2ap2-201ENSMUST00000025779 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Gm10518-201ENSMUST00000097454 1301 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Pigw-202ENSMUST00000108080 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Nudt10-201ENSMUST00000103006 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Tnfsf13-201ENSMUST00000018896 1407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Lbx2-201ENSMUST00000041265 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 D5Ertd579e-204ENSMUST00000140653 2014 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 6030445D17Rik-201ENSMUST00000084593 1728 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Chchd7-205ENSMUST00000120732 711 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Utp23-204ENSMUST00000161651 582 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Pts-206ENSMUST00000214873 511 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Timm13-204ENSMUST00000219896 542 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Rae1-201ENSMUST00000029013 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Arrb2-204ENSMUST00000102564 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Dnajc24-201ENSMUST00000102555 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Gm27742-201ENSMUST00000184667 60 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Nudt1-201ENSMUST00000050205 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Lsm10-201ENSMUST00000055575 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Nudt1-202ENSMUST00000071881 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Gpr160-202ENSMUST00000108258 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Nudt16-201ENSMUST00000035179 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Scn4aQ9ER60 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Commd6-201ENSMUST00000100339 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Npb-202ENSMUST00000106194 530 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Npb-203ENSMUST00000106195 542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Tm6sf2-201ENSMUST00000049197 1418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Tcp1-201ENSMUST00000089024 1902 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Slc18a3-201ENSMUST00000191501 2413 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Nmnat3-203ENSMUST00000112938 848 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Eid2b-201ENSMUST00000094651 1751 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Olfm1-201ENSMUST00000028177 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Slbp-201ENSMUST00000057551 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Spsb2-203ENSMUST00000112473 1322 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Ets1-206ENSMUST00000184887 2107 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Cldn7-204ENSMUST00000108597 913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Mrpl37-201ENSMUST00000030365 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Lsr-205ENSMUST00000205961 2021 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Rrs1-201ENSMUST00000072079 2048 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Kctd14-202ENSMUST00000121987 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Depdc7-201ENSMUST00000028595 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Gm11860-201ENSMUST00000122346 1010 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Gm15545-203ENSMUST00000150613 1059 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Smim4-204ENSMUST00000203261 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Sae1-203ENSMUST00000210999 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Gga1-201ENSMUST00000041587 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Tyk2-205ENSMUST00000214864 1662 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Derl3-202ENSMUST00000217811 1316 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Galr2-201ENSMUST00000055872 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Aldoa-ps3-201ENSMUST00000217558 306 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Coq10b-202ENSMUST00000087617 834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Snx20-201ENSMUST00000034087 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Cldn7-201ENSMUST00000018713 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Bag2-203ENSMUST00000187602 378 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Rpsa-ps1-201ENSMUST00000191040 886 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 1700037H04Rik-201ENSMUST00000028800 832 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 BC049762-201ENSMUST00000054226 760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Gm6093-201ENSMUST00000221792 1623 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Btbd2-202ENSMUST00000126980 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Scn4aQ9ER60 3110040N11Rik-201ENSMUST00000026092 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Imp3-201ENSMUST00000034827 924 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Hist1h4j-201ENSMUST00000087714 774 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 C530025M09Rik-201ENSMUST00000099264 690 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Mtg2-202ENSMUST00000108901 1444 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Scn4aQ9ER60 Gm28876-201ENSMUST00000188137 703 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.9 ms