Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Dnajb11-201ENSMUST00000004574 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Sap30-201ENSMUST00000034022 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Sds-201ENSMUST00000066540 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Slc30a5-205ENSMUST00000225922 2722 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Yipf2-201ENSMUST00000034700 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Fgf11-201ENSMUST00000011285 2534 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Braf-201ENSMUST00000002487 9728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Tmem132c-201ENSMUST00000119026 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Nploc4-202ENSMUST00000103017 4025 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Col27a1-201ENSMUST00000036300 7612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Fbxl5-204ENSMUST00000119523 2801 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Uri1-201ENSMUST00000085513 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Fxr2-201ENSMUST00000018909 2951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Msx1-201ENSMUST00000063116 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Tlk2-201ENSMUST00000015107 3212 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Ifrd2-201ENSMUST00000010192 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Clta-202ENSMUST00000107846 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Cacna1a-201ENSMUST00000121390 7926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 3110082J24Rik-201ENSMUST00000127749 327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Mettl26-205ENSMUST00000169308 1026 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Vkorc1l1-202ENSMUST00000073945 650 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Stac3-201ENSMUST00000035839 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Tesmin-204ENSMUST00000151341 2013 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Gpc6-204ENSMUST00000125435 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Nuak1-201ENSMUST00000020220 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Socs6-203ENSMUST00000125362 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Fam120c-201ENSMUST00000073364 5463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Nfib-206ENSMUST00000107248 3294 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Gm4969-202ENSMUST00000141380 1892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Gm43702-201ENSMUST00000198772 2546 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Gm38399-201ENSMUST00000112103 1645 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Sri-205ENSMUST00000148633 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Icam5-201ENSMUST00000019616 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Trim37-201ENSMUST00000041282 5632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Dtwd2-201ENSMUST00000025383 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Rbm39-202ENSMUST00000109584 667 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Mfap4-201ENSMUST00000040522 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Tmem53-201ENSMUST00000062824 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Dhx33-204ENSMUST00000124464 1835 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Trim67-202ENSMUST00000167588 8735 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Mfsd14a-201ENSMUST00000029570 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Cul4a-201ENSMUST00000016680 3728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Pomgnt2-201ENSMUST00000084743 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Slc35e1-202ENSMUST00000152080 4383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Usp6nl-202ENSMUST00000114937 7484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Acot2-201ENSMUST00000021649 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Nipa2-202ENSMUST00000117812 3039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Cpne2-201ENSMUST00000048653 2342 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Map1lc3b-204ENSMUST00000181826 2633 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Rbm7-201ENSMUST00000170000 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Itsn1-201ENSMUST00000056482 5364 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Impa2-201ENSMUST00000025403 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Adssl1-202ENSMUST00000180015 1819 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Zrsr2-202ENSMUST00000112289 2735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Gfra4-205ENSMUST00000110239 810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Ndufb2-202ENSMUST00000119379 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Ankrd9-203ENSMUST00000135131 1563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Zcrb1-208ENSMUST00000162160 850 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 1700018L02Rik-201ENSMUST00000187897 2485 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 A730056A06Rik-202ENSMUST00000206959 526 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Pts-208ENSMUST00000215416 439 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Neto2-205ENSMUST00000216286 2932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Cox7c-202ENSMUST00000078764 433 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Iqsec2-203ENSMUST00000112605 6017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Hook2-203ENSMUST00000209764 2516 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Slc39a5-201ENSMUST00000042666 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Apbb1-214ENSMUST00000189378 2878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Zfp384-208ENSMUST00000112428 3132 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Ctbp2-201ENSMUST00000033269 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Arhgap8-201ENSMUST00000006029 1527 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Mid1-203ENSMUST00000079443 2815 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Map2k2-207ENSMUST00000143517 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Gm10461-201ENSMUST00000202073 4786 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 AI507597-201ENSMUST00000140726 880 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Med30-201ENSMUST00000037115 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Sapcd2-203ENSMUST00000114293 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Ptprf-201ENSMUST00000049074 7656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Sept4-206ENSMUST00000122067 1303 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Ddah2-201ENSMUST00000007255 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Zbtb22-201ENSMUST00000053429 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Apba1-201ENSMUST00000025830 6632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Dtx2-204ENSMUST00000111145 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Zfp653-201ENSMUST00000043922 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Rnf32-204ENSMUST00000160246 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Zfp691-201ENSMUST00000052715 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Cdc14b-203ENSMUST00000109770 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 M5C1000I18Rik-202ENSMUST00000186205 1414 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Tmem179-201ENSMUST00000066791 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Phldb3-204ENSMUST00000206422 2564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Sart1-201ENSMUST00000044207 5091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Gm45244-201ENSMUST00000211328 2200 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Stum-202ENSMUST00000179826 601 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 AC167978.1-201ENSMUST00000182488 456 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Pkp4-202ENSMUST00000102754 4614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Nodal-201ENSMUST00000049339 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Klhl32-201ENSMUST00000084781 2287 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Lire1P11260 Dpy19l1-203ENSMUST00000142064 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.2 ms