Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Golga5-202ENSMUST00000179218 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Pxk-201ENSMUST00000036682 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Dbndd1-202ENSMUST00000176286 1344 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Itsn1-206ENSMUST00000113999 5393 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Gusb-202ENSMUST00000111307 932 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Nrxn2-204ENSMUST00000113461 5505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Creb1-203ENSMUST00000171164 1287 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
ShhQ62226 CT010467.1-202ENSMUST00000205406 714 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Slc35d2-201ENSMUST00000099441 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Wdr37-203ENSMUST00000164183 1780 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Pdp1-206ENSMUST00000108302 2525 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
ShhQ62226 H2-Q7-203ENSMUST00000078205 1419 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Zfp644-204ENSMUST00000112696 5785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Zfp697-201ENSMUST00000056096 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Dll3-201ENSMUST00000108315 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Itsn2-215ENSMUST00000220311 6080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Hoxb3os-201ENSMUST00000131275 2315 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Kcnb1-201ENSMUST00000059826 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Cnih3-202ENSMUST00000161880 1995 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 2610528J11Rik-202ENSMUST00000106367 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Cdh4-203ENSMUST00000108911 1208 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Gp5-201ENSMUST00000061190 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Plin1-201ENSMUST00000032762 1916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Mtmr1-202ENSMUST00000114601 4640 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 A530010L16Rik-201ENSMUST00000212007 2336 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Zfp444-203ENSMUST00000108566 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Gabarapl1-201ENSMUST00000032264 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Asap2-202ENSMUST00000064595 5678 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Adgrv1-211ENSMUST00000146749 1592 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Vim-206ENSMUST00000193675 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Dynll2-204ENSMUST00000178105 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
ShhQ62226 4930519A11Rik-201ENSMUST00000181381 1523 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Slc25a16-201ENSMUST00000044977 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Gm4737-201ENSMUST00000059524 2093 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Khdc3-201ENSMUST00000034737 1681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Alcam-206ENSMUST00000168071 878 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Gm20403-201ENSMUST00000173803 372 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Lhx1-204ENSMUST00000184646 1201 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
ShhQ62226 6530437J22Rik-201ENSMUST00000207515 773 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Olfr322-201ENSMUST00000072030 984 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Pop5-201ENSMUST00000081497 1025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Lrrc43-203ENSMUST00000196809 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
ShhQ62226 Slc2a13-202ENSMUST00000109283 6536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Oxct2a-201ENSMUST00000102640 1760 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Sstr1-202ENSMUST00000110671 1752 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Atp6v1b1-206ENSMUST00000206911 1591 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Syt3-203ENSMUST00000120262 2096 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Tril-201ENSMUST00000127748 5363 ntAPPRIS P1 BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Tbkbp1-203ENSMUST00000107614 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Pqlc1-207ENSMUST00000140594 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Lgmn-202ENSMUST00000110020 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Cacng6-201ENSMUST00000108647 868 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Mgll-203ENSMUST00000113582 1034 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Gm13563-202ENSMUST00000150375 851 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Insig2-203ENSMUST00000159085 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Timp4-202ENSMUST00000205131 945 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Stmn1-201ENSMUST00000030636 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Mfsd14a-201ENSMUST00000029570 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Pwwp2b-201ENSMUST00000093993 3057 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Tmem79-203ENSMUST00000107553 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Shkbp1-201ENSMUST00000003857 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Atrnl1-201ENSMUST00000077282 6581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Papola-212ENSMUST00000168186 2436 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Hhipl1-201ENSMUST00000021685 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Eid2b-201ENSMUST00000094651 1751 ntAPPRIS P1 BASIC17■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Btnl9-202ENSMUST00000066531 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Palm-202ENSMUST00000105379 2519 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Serf1-204ENSMUST00000151821 570 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Cyb5r4-201ENSMUST00000168529 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Dip2c-203ENSMUST00000174552 8023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Smn1-201ENSMUST00000022147 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Rab3c-203ENSMUST00000224180 967 ntBASIC17■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Ndufa5-201ENSMUST00000023851 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Aifm2-204ENSMUST00000105455 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Rad1-201ENSMUST00000022856 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Sorcs2-201ENSMUST00000037370 5707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Stx18-201ENSMUST00000031008 1471 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Kiz-201ENSMUST00000099278 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Cox18-201ENSMUST00000048363 1333 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Smap1-201ENSMUST00000027339 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Dxo-211ENSMUST00000180043 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Nck2-201ENSMUST00000086421 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Ttc19-201ENSMUST00000050646 3410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Sap18-201ENSMUST00000111267 660 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Gas5-203ENSMUST00000159119 665 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Rps2-ps11-201ENSMUST00000195283 868 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Vkorc1-203ENSMUST00000206053 606 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Atp9a-211ENSMUST00000178504 3668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Golga7-201ENSMUST00000051094 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Prmt9-201ENSMUST00000056237 2781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 AI314180-201ENSMUST00000055822 1478 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Zfp579-206ENSMUST00000162731 2489 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Antxr1-201ENSMUST00000042025 5253 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Anks6-202ENSMUST00000107747 3980 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Sort1-201ENSMUST00000102632 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Rab5a-201ENSMUST00000017975 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Zfp64-202ENSMUST00000109161 1009 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
ShhQ62226 Gm13534-201ENSMUST00000121169 513 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.8 ms