Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Chd3os-201ENSMUST00000129321 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Dio3-202ENSMUST00000173014 2030 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Pqlc3-201ENSMUST00000054536 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Pcyt2-201ENSMUST00000026129 1881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Ube2h-202ENSMUST00000102993 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Traf1P39428 B3gnt9-201ENSMUST00000093217 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Ssu72-202ENSMUST00000105595 874 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Dohh-206ENSMUST00000131968 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Nnat-205ENSMUST00000153739 1146 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Nnat-206ENSMUST00000172487 404 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Eloc-203ENSMUST00000185771 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Elof1-204ENSMUST00000214394 567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Atp5c1-201ENSMUST00000026887 1060 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Gabbr1-201ENSMUST00000025338 5248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Txnrd2-203ENSMUST00000115606 1905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Tmem44-204ENSMUST00000140402 2405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Acp4-203ENSMUST00000118216 1454 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
Traf1P39428 1700028E10Rik-201ENSMUST00000181114 2034 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Traf1P39428 Ccdc59-201ENSMUST00000020049 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Pigp-203ENSMUST00000113910 966 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Traf1P39428 2700033N17Rik-201ENSMUST00000140185 721 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Cck-201ENSMUST00000035120 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Tmem11-203ENSMUST00000168218 1511 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Clic1-201ENSMUST00000007257 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Fmnl2-204ENSMUST00000127122 5508 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Gatad2a-202ENSMUST00000116463 3363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Dynll2-204ENSMUST00000178105 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Traf1P39428 St3gal3-201ENSMUST00000030263 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Dnajc19-204ENSMUST00000120805 551 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Gm21863-201ENSMUST00000179133 336 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Gm44899-201ENSMUST00000207451 391 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Thoc3-201ENSMUST00000026990 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Espn-208ENSMUST00000105654 1566 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Tcf7l1-202ENSMUST00000114053 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Clint1-202ENSMUST00000109261 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Slc39a5-202ENSMUST00000167859 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Cnih3-202ENSMUST00000161880 1995 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Speg-203ENSMUST00000113588 1078 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Gm13158-201ENSMUST00000122007 736 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
Traf1P39428 AC107452.1-201ENSMUST00000227963 481 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Gxylt1-201ENSMUST00000049484 6611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Lrg1-201ENSMUST00000041357 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Slc25a16-201ENSMUST00000044977 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Cbx6-203ENSMUST00000109627 5806 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Wnt10b-205ENSMUST00000226846 1204 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Hs3st5-202ENSMUST00000167191 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Foxf1-201ENSMUST00000181504 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Sh2b3-203ENSMUST00000118580 2393 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Maml1-201ENSMUST00000059458 5528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Zbtb7c-202ENSMUST00000167921 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Polr3gl-201ENSMUST00000091924 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Cers1-202ENSMUST00000140239 2711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Arhgap44-202ENSMUST00000093001 2256 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Depdc7-201ENSMUST00000028595 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Lrrc43-203ENSMUST00000196809 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Snx4-201ENSMUST00000023502 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Echs1-201ENSMUST00000026538 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Fzd2-201ENSMUST00000057893 3663 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Lpcat2-205ENSMUST00000210099 2179 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Atf6b-201ENSMUST00000015605 2566 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Prdm8-201ENSMUST00000112959 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Gart-202ENSMUST00000120450 1865 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Unc50-203ENSMUST00000118059 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Tpgs1-201ENSMUST00000020552 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Gm10252-201ENSMUST00000209541 832 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Lingo1-203ENSMUST00000114256 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Spire1-203ENSMUST00000115050 5405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Nrn1-203ENSMUST00000223611 1443 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Alg1-202ENSMUST00000100196 1755 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Lin7a-203ENSMUST00000218031 1769 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Plekhh1-201ENSMUST00000039928 6439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Ankrd17-214ENSMUST00000218526 4938 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Zfp691-202ENSMUST00000106355 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Iscu-202ENSMUST00000112311 1395 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Hdgfl3-202ENSMUST00000107305 5887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Sae1-204ENSMUST00000211741 1663 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Tmbim1-201ENSMUST00000016309 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Mprip-201ENSMUST00000066330 7765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Wnk2-204ENSMUST00000110096 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Gm44965-201ENSMUST00000204121 360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Cfap20-201ENSMUST00000034249 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Cox8a-201ENSMUST00000039758 545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Mmp15-201ENSMUST00000034243 5135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Klhdc4-205ENSMUST00000174192 1584 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Fbxl5-201ENSMUST00000047857 2858 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Pno1-201ENSMUST00000020317 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Traf1P39428 A530010L16Rik-201ENSMUST00000212007 2336 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Sstr1-202ENSMUST00000110671 1752 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Gm15378-201ENSMUST00000121894 207 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
Traf1P39428 C230037L18Rik-201ENSMUST00000136218 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Fgfr1-215ENSMUST00000179592 5041 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Cyp2u1-203ENSMUST00000200236 1716 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Exosc3-201ENSMUST00000030003 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Hsbp1-201ENSMUST00000034300 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Zfp623-201ENSMUST00000037260 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Traf1P39428 Gfi1-201ENSMUST00000031205 2860 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Traf1P39428 Ubp1-201ENSMUST00000009885 3742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
Traf1P39428 Krt87-201ENSMUST00000081945 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Traf1P39428 Mycl-202ENSMUST00000106252 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.6 ms