Protein–RNA interactions for Protein: A2AX52

Col6a4, Collagen alpha-4(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 2,309 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a4A2AX52 Set-201ENSMUST00000067996 2834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Chd5-202ENSMUST00000030775 9486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Tmem14c-201ENSMUST00000021790 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 AC160393.1-201ENSMUST00000218378 1279 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Hs6st1-201ENSMUST00000088174 3719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Parp12-201ENSMUST00000038398 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Tpra1-223ENSMUST00000204765 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Dpf1-203ENSMUST00000108230 1553 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 4930432B10Rik-202ENSMUST00000181330 1612 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Prkra-201ENSMUST00000002808 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Fkbp11-201ENSMUST00000003445 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Zfp783-201ENSMUST00000095946 670 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Fam53a-202ENSMUST00000065119 2009 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Gm6277-202ENSMUST00000224036 2779 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Smox-209ENSMUST00000110189 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Lrfn4-201ENSMUST00000053597 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Ankrd40-203ENSMUST00000107818 3487 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 D11Wsu47e-202ENSMUST00000106621 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Riox1-201ENSMUST00000053744 2344 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Cnn1-203ENSMUST00000214601 1225 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 AC130711.1-201ENSMUST00000224277 906 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Unc5b-201ENSMUST00000077925 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Gm7712-202ENSMUST00000222331 1510 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Exoc3l2-202ENSMUST00000137613 4016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Smad6-201ENSMUST00000041029 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Ergic3-201ENSMUST00000006035 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Nfe2-210ENSMUST00000156927 1608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Gm14464-201ENSMUST00000119658 1254 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Gm15723-201ENSMUST00000139331 600 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Gm6345-202ENSMUST00000180900 204 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Bex3-201ENSMUST00000053540 930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Ksr1-201ENSMUST00000018478 5495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Esx1-201ENSMUST00000074698 1600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Ntmt1-201ENSMUST00000041830 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Cntln-204ENSMUST00000169371 5365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Cacna2d2-201ENSMUST00000010210 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Gm45560-201ENSMUST00000211492 1472 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Dtnb-210ENSMUST00000173199 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Gm5577-203ENSMUST00000153372 815 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Inmt-201ENSMUST00000003569 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Atxn2-201ENSMUST00000051950 4472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Matk-204ENSMUST00000120265 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Auh-201ENSMUST00000021913 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Lmbr1l-201ENSMUST00000023736 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Espn-211ENSMUST00000105657 1375 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Npr3-205ENSMUST00000228603 2437 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Ttc34-203ENSMUST00000207854 4733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Cers2-201ENSMUST00000015858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Mmp28-204ENSMUST00000119346 1517 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Rrs1-201ENSMUST00000072079 2048 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Rps12-206ENSMUST00000218221 460 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Eif1b-201ENSMUST00000007139 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Tnfsf11-201ENSMUST00000022592 2236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Cnn3-201ENSMUST00000029773 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Rad1-201ENSMUST00000022856 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col6a4A2AX52 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Ildr2-204ENSMUST00000192732 2263 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Raver2-202ENSMUST00000106955 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Gm14968-201ENSMUST00000155528 769 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Khdc3-204ENSMUST00000173734 1228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 1810026B05Rik-205ENSMUST00000184855 409 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Ndufa6-201ENSMUST00000023085 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Banf1-201ENSMUST00000025762 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Stoml1-201ENSMUST00000034883 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Uba5-201ENSMUST00000035166 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Map2k2-207ENSMUST00000143517 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Camta1-204ENSMUST00000105670 4961 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Igflr1-202ENSMUST00000172251 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Cers1-203ENSMUST00000165819 2728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Slc30a4-201ENSMUST00000005952 5458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Nanp-201ENSMUST00000066640 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Lmo4-203ENSMUST00000121796 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 D5Ertd579e-204ENSMUST00000140653 2014 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Gm19094-201ENSMUST00000209791 1246 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Depdc7-201ENSMUST00000028595 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 B4gat1-201ENSMUST00000053705 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Tollip-202ENSMUST00000055819 1100 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Dpf1-202ENSMUST00000065181 1574 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Jmy-201ENSMUST00000065537 8776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Fndc11-201ENSMUST00000050026 1387 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Espn-206ENSMUST00000103196 1323 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Naa10-205ENSMUST00000114390 797 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Rps2-ps2-201ENSMUST00000194305 881 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Plekhm2-202ENSMUST00000084203 4136 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Ahsa2-201ENSMUST00000020529 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Pcyt2-201ENSMUST00000026129 1881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Cav2-201ENSMUST00000000058 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Magi3-202ENSMUST00000121198 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Sra1-201ENSMUST00000001415 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Gsg1-201ENSMUST00000087729 1307 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Ccnd2-204ENSMUST00000201637 1006 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Gzmd-201ENSMUST00000082093 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Vstm4-201ENSMUST00000053175 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Col6a4A2AX52 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.2 ms