Protein–RNA interactions for Protein: O55187

Cbx4, E3 SUMO-protein ligase CBX4, mousemouse

Predictions only

Length 551 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cbx4O55187 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Cbx4O55187 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Cbx4O55187 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Cbx4O55187 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Cbx4O55187 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Cbx4O55187 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Cbx4O55187 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Cbx4O55187 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Cbx4O55187 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Cbx4O55187 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
Cbx4O55187 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Cbx4O55187 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Cbx4O55187 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Cbx4O55187 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Cbx4O55187 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Cbx4O55187 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Cbx4O55187 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Cbx4O55187 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Cbx4O55187 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Cbx4O55187 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Cbx4O55187 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Cbx4O55187 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
Cbx4O55187 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Cbx4O55187 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
Cbx4O55187 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
Cbx4O55187 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Cbx4O55187 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Cbx4O55187 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Cbx4O55187 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Cbx4O55187 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Cbx4O55187 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
Cbx4O55187 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Cbx4O55187 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Cbx4O55187 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Cbx4O55187 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Cbx4O55187 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Cbx4O55187 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Cbx4O55187 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Cbx4O55187 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Cbx4O55187 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Cbx4O55187 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Cbx4O55187 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Cbx4O55187 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Cbx4O55187 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Cbx4O55187 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Cbx4O55187 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
Cbx4O55187 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Cbx4O55187 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Cbx4O55187 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.8 ms