Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Chd5-205ENSMUST00000164662 9375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Ccdc39Q9D5Y1 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Ccdc39Q9D5Y1 Henmt1-202ENSMUST00000098680 1466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Ccdc39Q9D5Y1 Esx1-201ENSMUST00000074698 1600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Myd88-201ENSMUST00000035092 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Nudt3-201ENSMUST00000025050 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 1700028E10Rik-201ENSMUST00000181114 2034 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 B4gat1-201ENSMUST00000053705 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Fgfr1-215ENSMUST00000179592 5041 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 2900042K21Rik-201ENSMUST00000194444 653 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem54-201ENSMUST00000030575 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Hist2h2aa2-201ENSMUST00000074976 528 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Hist2h2aa1-201ENSMUST00000078756 586 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Zdhhc14-201ENSMUST00000089185 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Gcgr-201ENSMUST00000026119 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Hr-203ENSMUST00000161069 5607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Galnt16-204ENSMUST00000218943 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Aifm2-204ENSMUST00000105455 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Oxct2a-201ENSMUST00000102640 1760 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Wdr37-203ENSMUST00000164183 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Mgarp-202ENSMUST00000108046 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Gm12527-201ENSMUST00000117967 564 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Gm17041-201ENSMUST00000163196 479 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Josd2-218ENSMUST00000206887 693 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 1110004E09Rik-201ENSMUST00000023694 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Gng10-201ENSMUST00000041160 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Med16-204ENSMUST00000165684 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 1810010K12Rik-201ENSMUST00000070378 1324 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Adcy3-202ENSMUST00000124505 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15751-201ENSMUST00000134552 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Snx20-201ENSMUST00000034087 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Gm11627-202ENSMUST00000107081 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Tsen2-203ENSMUST00000130425 638 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Timp4-202ENSMUST00000205131 945 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Rab3c-203ENSMUST00000224180 967 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Zcchc13-201ENSMUST00000033692 1085 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Purb-201ENSMUST00000179343 8319 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Cep170b-202ENSMUST00000101018 6641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Eif2b4-212ENSMUST00000202758 1767 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Lrp8-204ENSMUST00000106733 3332 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Prr22-201ENSMUST00000168666 1350 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Crhr1-201ENSMUST00000093925 2460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Xkr4-201ENSMUST00000070533 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Sdf4-204ENSMUST00000105579 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Vti1b-201ENSMUST00000055262 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Tmbim1-201ENSMUST00000016309 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Porcn-202ENSMUST00000082320 1883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Arl2bp-202ENSMUST00000109527 1133 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Nudt8-203ENSMUST00000122924 1082 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 AC124603.1-201ENSMUST00000223843 308 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Luc7l2-201ENSMUST00000057692 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Mdfi-201ENSMUST00000035375 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Impdh2-201ENSMUST00000081111 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Zfyve9-202ENSMUST00000106657 6459 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Cyb561-201ENSMUST00000019734 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 AI480526-205ENSMUST00000160255 1095 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Ube2i-213ENSMUST00000174031 824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Bex2-201ENSMUST00000049130 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Gm7075-201ENSMUST00000054760 425 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Gm43672-201ENSMUST00000199072 1731 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Coq10b-201ENSMUST00000027125 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Arrb2-202ENSMUST00000084954 1732 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Hrh3-201ENSMUST00000056480 2706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Meis3-205ENSMUST00000176506 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 4930518J20Rik-201ENSMUST00000195064 1478 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
Ccdc39Q9D5Y1 Syt7-203ENSMUST00000169121 6834 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 3830408C21Rik-206ENSMUST00000225489 1810 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Arl6ip4-202ENSMUST00000122394 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 2310068J16Rik-201ENSMUST00000188271 1124 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Gm20049-201ENSMUST00000219950 730 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Cst3-201ENSMUST00000028938 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 1700067K01Rik-201ENSMUST00000060357 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem55b-205ENSMUST00000160835 2755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 2200002D01Rik-201ENSMUST00000032808 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Wnk2-202ENSMUST00000049265 6738 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp668-202ENSMUST00000106261 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Gm16432-201ENSMUST00000094273 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Krt87-201ENSMUST00000081945 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Gm18688-201ENSMUST00000204695 1859 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Mast4-202ENSMUST00000164111 2350 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Speg-204ENSMUST00000113589 833 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Gng2-202ENSMUST00000159028 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp580-201ENSMUST00000069324 1096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Olfr322-201ENSMUST00000072030 984 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Tex264-203ENSMUST00000169068 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 AI314180-201ENSMUST00000055822 1478 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Rbmxl1-202ENSMUST00000211719 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem164-201ENSMUST00000087333 5149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Ubxn2a-201ENSMUST00000020962 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Svbp-203ENSMUST00000106345 684 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Slc35f4-202ENSMUST00000123534 2748 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Fgf2os-201ENSMUST00000153785 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Nfe2-210ENSMUST00000156927 1608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 5730507C01Rik-202ENSMUST00000177778 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp1r36-201ENSMUST00000063977 1515 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Chpt1-202ENSMUST00000073783 852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Fam117b-201ENSMUST00000036540 5532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 Foxp1-220ENSMUST00000176565 3727 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Ccdc39Q9D5Y1 5730507C01Rik-201ENSMUST00000063216 2431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.2 ms