Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Ntmt1-201ENSMUST00000041830 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Ergic3-201ENSMUST00000006035 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Pcgf6-201ENSMUST00000026032 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Ell3-201ENSMUST00000028679 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Mpp6-201ENSMUST00000036225 1896 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Mtcp1-201ENSMUST00000033542 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Gng11-201ENSMUST00000031670 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Rfx8-202ENSMUST00000151913 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Atg3-201ENSMUST00000023343 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Gm12963-201ENSMUST00000131846 783 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Arpc4-204ENSMUST00000204802 794 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Ndufb8-201ENSMUST00000026222 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Pdlim5-211ENSMUST00000198381 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Ccdc92-201ENSMUST00000036206 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Hrh3-204ENSMUST00000165248 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Rpl39l-201ENSMUST00000044103 805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Dab2-208ENSMUST00000160134 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Uqcr11-201ENSMUST00000020372 445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 Dmap1-201ENSMUST00000102687 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 2900052L18Rik-201ENSMUST00000139014 1588 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Scn4aQ9ER60 A830052D11Rik-201ENSMUST00000181729 1130 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Gm26938-201ENSMUST00000182839 744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Fbxo22-204ENSMUST00000146201 2009 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Zfp821-206ENSMUST00000212964 2033 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Msx1-201ENSMUST00000063116 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Rasl2-9-201ENSMUST00000147835 1013 ntAPPRIS P1 BASIC26■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Cltb-201ENSMUST00000049575 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Cbln2-204ENSMUST00000169470 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Adgrv1-211ENSMUST00000146749 1592 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Gm27463-201ENSMUST00000183569 57 ntBASIC26■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Irak1bp1-201ENSMUST00000034783 1159 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Nhlh1-201ENSMUST00000059794 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Ogg1-201ENSMUST00000032406 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Gpsm3-201ENSMUST00000038244 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Tsfm-202ENSMUST00000120547 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Gm17349-201ENSMUST00000163472 300 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Gm20544-201ENSMUST00000174338 690 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Pagr1a-203ENSMUST00000206416 558 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Bpifa3-201ENSMUST00000028984 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Fkbp11-201ENSMUST00000003445 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Etfb-201ENSMUST00000004729 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Sqstm1-202ENSMUST00000102774 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Acvrl1-206ENSMUST00000121718 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Ercc6l2-208ENSMUST00000144763 1820 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Prr3-202ENSMUST00000165613 767 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 9530080O11Rik-201ENSMUST00000137239 1475 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Galk1-201ENSMUST00000021114 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Anp32e-201ENSMUST00000015893 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Lgmn-202ENSMUST00000110020 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Fgf8-205ENSMUST00000111927 843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Slbp-205ENSMUST00000139518 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Gm26644-201ENSMUST00000181365 958 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Gm42738-201ENSMUST00000201813 439 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 AC140264.2-201ENSMUST00000219668 289 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Sh3bp1-203ENSMUST00000089378 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Fam131c-201ENSMUST00000006380 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Rogdi-207ENSMUST00000202281 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Zmym3-202ENSMUST00000117637 1593 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Ppp1r1b-204ENSMUST00000137634 1343 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Cyp2u1-203ENSMUST00000200236 1716 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 AC164629.2-201ENSMUST00000217916 270 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Lce1a2-201ENSMUST00000029530 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Ap1ar-201ENSMUST00000051737 2662 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Gm32699-201ENSMUST00000221728 1988 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Crtap-201ENSMUST00000084881 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Aicda-202ENSMUST00000160685 1292 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Krt10-202ENSMUST00000211768 557 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Efcab11-207ENSMUST00000223114 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Ntpcr-201ENSMUST00000034313 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Krtap1-5-201ENSMUST00000054532 1041 ntAPPRIS P1 BASIC25.96■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Mau2-206ENSMUST00000212451 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Pemt-203ENSMUST00000102693 961 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Lhx1os-201ENSMUST00000126072 589 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Gm43353-201ENSMUST00000199224 1295 ntBASIC25.95■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Fam149b-216ENSMUST00000225942 2151 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
Scn4aQ9ER60 Ogfod2-207ENSMUST00000196627 532 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
Scn4aQ9ER60 Tomm22-201ENSMUST00000023062 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Scn4aQ9ER60 Gm8258-201ENSMUST00000055593 1449 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
Scn4aQ9ER60 Tead4-202ENSMUST00000112157 1909 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Scn4aQ9ER60 Gm24589-201ENSMUST00000116692 94 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
Scn4aQ9ER60 Hmbox1-204ENSMUST00000175905 1715 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
Scn4aQ9ER60 Lhx8-205ENSMUST00000205251 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
Scn4aQ9ER60 Ccdc59-201ENSMUST00000020049 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Scn4aQ9ER60 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.1 ms