Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Bicdl1-203ENSMUST00000118576 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Plppr3-201ENSMUST00000092325 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Cnbp-208ENSMUST00000204653 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Cnbp-201ENSMUST00000032138 2178 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Cdkl3-206ENSMUST00000109079 2051 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Cdkl3-208ENSMUST00000109081 2063 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Chd3os-201ENSMUST00000129321 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Gabarap-201ENSMUST00000018711 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Selenos-201ENSMUST00000101801 1191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Rgs19-207ENSMUST00000108779 642 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Vps51-209ENSMUST00000160590 840 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Wnt10b-205ENSMUST00000226846 1204 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Cox8a-201ENSMUST00000039758 545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Gatad1-201ENSMUST00000007559 2545 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Cyp2u1-203ENSMUST00000200236 1716 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Mrpl9-202ENSMUST00000196143 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Cstf2-202ENSMUST00000113286 2717 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Mfsd10-201ENSMUST00000001109 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Trim28Q62318 Sstr1-202ENSMUST00000110671 1752 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Gfer-201ENSMUST00000046839 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Gm2399-201ENSMUST00000104944 225 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Gusb-202ENSMUST00000111307 932 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 1110065P20Rik-203ENSMUST00000137769 659 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Crb3-202ENSMUST00000097299 1206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Map4k3-202ENSMUST00000112389 4231 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Rrp9-201ENSMUST00000047721 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Tsks-202ENSMUST00000120929 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 B4galt4-205ENSMUST00000114712 2168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Agfg1-202ENSMUST00000113444 3142 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Hmga1-202ENSMUST00000117254 1328 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Nnat-205ENSMUST00000153739 1146 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Gm22325-201ENSMUST00000158904 308 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Nnat-206ENSMUST00000172487 404 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Rab7-206ENSMUST00000203674 424 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Rps2-ps3-201ENSMUST00000213102 832 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 2310022B05Rik-201ENSMUST00000034464 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 St3gal3-201ENSMUST00000030263 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 P2rx4-202ENSMUST00000081554 1887 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 AB041806-201ENSMUST00000062902 2105 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Naa50-202ENSMUST00000063542 2136 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Gm21596-201ENSMUST00000178049 1316 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Alad-202ENSMUST00000107444 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 4833428L15Rik-202ENSMUST00000215652 641 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Myl6-206ENSMUST00000218127 691 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 H2-Eb1-201ENSMUST00000074557 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Ube2s-201ENSMUST00000079496 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Gm15853-202ENSMUST00000195518 2041 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Akp3-201ENSMUST00000044878 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Hpca-202ENSMUST00000095807 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Actl6a-201ENSMUST00000029214 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 4931413I07Rik-201ENSMUST00000173637 764 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Nkx2-3-201ENSMUST00000057178 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Purg-201ENSMUST00000070340 1064 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Nsfl1c-203ENSMUST00000103160 1369 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Rnf146-203ENSMUST00000160372 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Gm6209-202ENSMUST00000194629 1506 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Mboat4-201ENSMUST00000095345 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Dnajc19-204ENSMUST00000120805 551 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Rps23-201ENSMUST00000051955 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 A230083G16Rik-201ENSMUST00000069553 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Dact3-201ENSMUST00000108493 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 6030445D17Rik-201ENSMUST00000084593 1728 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Pou2f2-210ENSMUST00000176408 1697 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Gm15847-201ENSMUST00000121417 1065 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Smim1-212ENSMUST00000146543 839 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Gpr137-202ENSMUST00000099774 1434 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 2700046G09Rik-201ENSMUST00000181612 1641 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
Trim28Q62318 Zfp467-209ENSMUST00000114566 543 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Ramp1-203ENSMUST00000188475 711 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Gm37805-201ENSMUST00000192612 1094 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Hsbp1-201ENSMUST00000034300 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Tmem79-203ENSMUST00000107553 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Gm4737-201ENSMUST00000059524 2093 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Slc25a10-201ENSMUST00000026899 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Rrs1-201ENSMUST00000072079 2048 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Gart-202ENSMUST00000120450 1865 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Icam2-201ENSMUST00000001055 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 AC163280.1-201ENSMUST00000228194 1100 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Grp-201ENSMUST00000025395 862 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Paqr3-201ENSMUST00000069453 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Slc35f4-202ENSMUST00000123534 2748 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Slc39a5-202ENSMUST00000167859 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Lrch3-208ENSMUST00000165616 1875 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Lamp1-201ENSMUST00000033824 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Rora-202ENSMUST00000113624 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 2700033N17Rik-201ENSMUST00000140185 721 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Lrg1-201ENSMUST00000041357 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Mob2-201ENSMUST00000084418 1490 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Cpne2-201ENSMUST00000048653 2342 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Cacfd1-202ENSMUST00000114004 2194 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Nkiras2-203ENSMUST00000107376 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Gm11927-201ENSMUST00000118472 759 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
Trim28Q62318 Rtl8a-201ENSMUST00000088779 1195 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 57.9 ms