Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Gm5112-201ENSMUST00000204407 2368 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Vav3-201ENSMUST00000046864 5019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Sos2-206ENSMUST00000183277 4512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Dnaja4-201ENSMUST00000070070 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Cers2-201ENSMUST00000015858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Cdk5r2-201ENSMUST00000160379 2799 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 5031439G07Rik-203ENSMUST00000165743 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Barx2-201ENSMUST00000116615 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Anapc5-205ENSMUST00000197074 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Anapc5-212ENSMUST00000199406 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Tal1-204ENSMUST00000162489 2894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Hist1h4c-201ENSMUST00000102967 820 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Speg-204ENSMUST00000113589 833 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Gm8520-201ENSMUST00000186517 868 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Anapc5-208ENSMUST00000197719 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Pde7a-202ENSMUST00000099195 6298 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Intu-201ENSMUST00000061590 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Sirt1-201ENSMUST00000020257 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Neurl4-213ENSMUST00000177476 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Cldn5-201ENSMUST00000043577 1414 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Kis2-201ENSMUST00000133214 1717 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Gm15648-201ENSMUST00000149681 778 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Foxj3-209ENSMUST00000162267 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Tex264-203ENSMUST00000169068 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Fblim1-202ENSMUST00000105784 3036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Slc35f4-202ENSMUST00000123534 2748 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Gdf1-201ENSMUST00000207684 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Mtus2-205ENSMUST00000110515 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Khdc3-201ENSMUST00000034737 1681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Gm19094-201ENSMUST00000209791 1246 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Rnf208-201ENSMUST00000060818 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Arrb2-202ENSMUST00000084954 1732 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Myef2-209ENSMUST00000152367 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Lbp-202ENSMUST00000109491 1322 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Tradd-201ENSMUST00000034359 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Kirrel-201ENSMUST00000041732 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Mrps10-203ENSMUST00000119945 1018 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Gm44672-201ENSMUST00000206944 1098 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Mfap2-201ENSMUST00000071977 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Hist2h2ac-201ENSMUST00000090782 520 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Smn1-202ENSMUST00000091321 223 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Dmrt1-201ENSMUST00000025755 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Podxl-201ENSMUST00000026698 5379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Baiap2l2-201ENSMUST00000165408 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Nkx2-3-201ENSMUST00000057178 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Gdf11-201ENSMUST00000026408 4062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Flot2-203ENSMUST00000100784 2699 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Plin1-202ENSMUST00000178257 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Cd24a-201ENSMUST00000058714 1816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Traf1P39428 1600012H06Rik-203ENSMUST00000174004 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Adamts18-201ENSMUST00000093113 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Gm11713-201ENSMUST00000139941 523 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Olfr718-ps1-204ENSMUST00000218872 963 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Olfr322-201ENSMUST00000072030 984 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Tmie-201ENSMUST00000050958 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Mrps23-203ENSMUST00000118784 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Fgf2os-201ENSMUST00000153785 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Traf1P39428 Tmem123-201ENSMUST00000052865 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Irx3-202ENSMUST00000175795 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Aifm2-204ENSMUST00000105455 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Daxx-202ENSMUST00000170075 2673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Gm13441-201ENSMUST00000140104 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Traf1P39428 1700067K01Rik-201ENSMUST00000060357 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Hspe1-201ENSMUST00000075242 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Traf1P39428 AC165249.1-201ENSMUST00000220031 1599 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Ascl1-201ENSMUST00000020243 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Rchy1-201ENSMUST00000031345 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Rad1-201ENSMUST00000022856 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Prr22-201ENSMUST00000168666 1350 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Traf1P39428 E4f1-205ENSMUST00000226941 2642 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Mark2-206ENSMUST00000164205 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Zfp629-207ENSMUST00000134446 670 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Traf1P39428 AC061963.1-203ENSMUST00000213473 453 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Dstn-201ENSMUST00000103172 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Ube4b-202ENSMUST00000103212 5626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Trim72-201ENSMUST00000081042 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Cd82-201ENSMUST00000028644 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Gm29430-202ENSMUST00000191453 2015 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Gpc3-202ENSMUST00000114857 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Mtg1-201ENSMUST00000036977 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Lefty1-201ENSMUST00000037361 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Snx12-204ENSMUST00000156473 1114 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 AI480526-205ENSMUST00000160255 1095 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Gm22240-201ENSMUST00000175225 82 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Gtf2h2-201ENSMUST00000066940 1065 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Chpt1-202ENSMUST00000073783 852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Nol7-201ENSMUST00000071926 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Mtmr9-201ENSMUST00000058679 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Kansl1-205ENSMUST00000106977 5510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 AI314180-201ENSMUST00000055822 1478 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Usf2-201ENSMUST00000058860 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Slc11a1-211ENSMUST00000187516 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Cox18-201ENSMUST00000048363 1333 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 6030419C18Rik-201ENSMUST00000085658 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Kl-201ENSMUST00000078856 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.1 ms