Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Wdr90-205ENSMUST00000176923 5666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Pacsin3-203ENSMUST00000111349 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Matn4-202ENSMUST00000103104 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Gm29514-202ENSMUST00000186665 2214 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Timm8a1-201ENSMUST00000054213 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Bmt2-201ENSMUST00000045235 4143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Il4i1-202ENSMUST00000118125 2275 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Rmnd1-201ENSMUST00000042251 3139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Fkbp1a-201ENSMUST00000044011 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Zc3h6-201ENSMUST00000110319 1484 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Kcnd3-202ENSMUST00000098761 7169 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Trim24-201ENSMUST00000031859 4042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Krt4-201ENSMUST00000023797 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Polr1d-201ENSMUST00000050970 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Irx4-202ENSMUST00000176684 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Trim68-201ENSMUST00000082175 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Rasgrp2-224ENSMUST00000167240 2192 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Mtcl1-201ENSMUST00000086693 7221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Slc22a3-201ENSMUST00000024595 3501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 5033417F24Rik-201ENSMUST00000181575 1787 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Fam172a-202ENSMUST00000099358 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Prkaca-201ENSMUST00000005606 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Ntn1-202ENSMUST00000108674 5874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Nfib-204ENSMUST00000107246 3075 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Krcc1-203ENSMUST00000204436 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Apbb1-209ENSMUST00000188368 1970 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Prdm6-203ENSMUST00000115399 2227 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Gm45244-201ENSMUST00000211328 2200 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Prmt6-201ENSMUST00000106567 2450 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Nbea-201ENSMUST00000029374 10986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Fgf4-201ENSMUST00000060336 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 A930017K11Rik-201ENSMUST00000162431 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Evi5l-209ENSMUST00000177053 1542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Srf-201ENSMUST00000015749 4093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Ube2k-201ENSMUST00000142407 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Rtkn-203ENSMUST00000121093 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Smim15-205ENSMUST00000225972 2097 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Apbb1-214ENSMUST00000189378 2878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Tial1-209ENSMUST00000141126 1344 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Lysmd4-209ENSMUST00000208998 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Eml1-203ENSMUST00000109860 4160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Gm32699-201ENSMUST00000221728 1988 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Nt5dc3-201ENSMUST00000099396 5952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Taf6l-211ENSMUST00000177056 2006 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Tnk1-202ENSMUST00000108626 1798 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Fcho2-208ENSMUST00000224992 2964 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Uhmk1-201ENSMUST00000027979 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Epn1-207ENSMUST00000208634 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Actl6b-205ENSMUST00000139395 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Eif2b5-201ENSMUST00000003320 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Gm10653-201ENSMUST00000132250 1232 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Gm10653-203ENSMUST00000156423 1232 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Sntg2-201ENSMUST00000021004 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Mroh5-201ENSMUST00000071419 2766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Tigd3-201ENSMUST00000055911 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Acss2-202ENSMUST00000065973 2876 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Map3k7-202ENSMUST00000080933 5669 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Nptxr-203ENSMUST00000175858 4948 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Rps6ka1-202ENSMUST00000105894 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Map2k2-202ENSMUST00000105331 1556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Sdc1P18828 Eva1b-202ENSMUST00000106150 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Atp5j-202ENSMUST00000114191 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Col15a1-202ENSMUST00000102917 5172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Ddit4-201ENSMUST00000020308 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Tpra1-201ENSMUST00000055022 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 A130048G24Rik-201ENSMUST00000193052 2750 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Pacsin1-204ENSMUST00000114873 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Zxdc-203ENSMUST00000113539 4864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Fam171a1-204ENSMUST00000115099 4149 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Etv6-201ENSMUST00000081028 5545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Sart1-201ENSMUST00000044207 5091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Sphk1-203ENSMUST00000100201 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Col17a1-202ENSMUST00000086923 5477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Ttc14-203ENSMUST00000117915 4913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Garem1-201ENSMUST00000049260 4923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Pick1-201ENSMUST00000018295 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Orai3-201ENSMUST00000061587 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Actl6a-201ENSMUST00000029214 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Adrb2-201ENSMUST00000053640 2143 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Metrnl-201ENSMUST00000036742 1401 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Msantd3-203ENSMUST00000107704 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Vapa-201ENSMUST00000024897 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Slc6a8-204ENSMUST00000114467 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Fam104a-201ENSMUST00000120194 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Uso1-204ENSMUST00000202155 3707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Icam5-201ENSMUST00000019616 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Nrxn1-217ENSMUST00000174337 3021 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Cpox-201ENSMUST00000060077 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Sdc1P18828 Ooep-201ENSMUST00000034900 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 40.6 ms