Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 AC124581.1-201ENSMUST00000225416 1399 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Fbxl15-201ENSMUST00000026256 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Sdhaf1-201ENSMUST00000098586 2490 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Polr1d-202ENSMUST00000110557 1137 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Tpsg1-201ENSMUST00000024999 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Lysmd2-201ENSMUST00000034702 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Mpdu1-201ENSMUST00000018905 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Ube2d-ps-204ENSMUST00000137510 1846 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 AC134329.2-201ENSMUST00000217897 428 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Ube2b-201ENSMUST00000020657 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Mtfmt-201ENSMUST00000074792 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Rmdn2-208ENSMUST00000225357 2118 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Hck-203ENSMUST00000189688 2090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Lzic-201ENSMUST00000030842 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Rcl1-201ENSMUST00000064393 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Gm17661-201ENSMUST00000170317 270 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Igflr1-202ENSMUST00000172251 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Josd2-218ENSMUST00000206887 693 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Gm45560-201ENSMUST00000211492 1472 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Psmd3-201ENSMUST00000017365 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Espn-206ENSMUST00000103196 1323 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Zfp689-202ENSMUST00000106299 1417 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Gm19391-201ENSMUST00000196653 999 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Gm16475-201ENSMUST00000207306 512 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Dmwd-202ENSMUST00000108479 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Ing4-205ENSMUST00000140131 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Cdkn3-203ENSMUST00000227149 1952 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Rbm7-201ENSMUST00000170000 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Gm45623-201ENSMUST00000210744 1457 ntAPPRIS P1 BASIC26.27■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Blvrb-204ENSMUST00000133750 509 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Moap1-202ENSMUST00000178384 1284 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Eva1c-201ENSMUST00000037539 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Scn4aQ9ER60 Plpbp-202ENSMUST00000098851 1368 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Mras-202ENSMUST00000119472 1190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Gm19094-201ENSMUST00000209791 1246 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Tbpl1-201ENSMUST00000095794 1195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Hist1h2bh-201ENSMUST00000224359 1679 ntAPPRIS P1 BASIC26.26■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Khdc3-201ENSMUST00000034737 1681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Syt8-202ENSMUST00000105976 1289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Fam159b-201ENSMUST00000043061 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Gm15043-201ENSMUST00000118843 1543 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Ntng1-204ENSMUST00000106571 1446 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Uckl1os-201ENSMUST00000122831 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Phgr1-202ENSMUST00000130293 542 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Ntng1-210ENSMUST00000138953 1443 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Gmnn-201ENSMUST00000006898 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Gm17807-201ENSMUST00000186869 298 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Pacsin1-203ENSMUST00000114872 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Sost-201ENSMUST00000001534 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Pdcd2l-201ENSMUST00000002710 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Znhit1-202ENSMUST00000085941 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Laptm4a-201ENSMUST00000020909 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Has1-201ENSMUST00000003762 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Gm15375-201ENSMUST00000119510 849 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Gm26620-201ENSMUST00000180542 817 ntAPPRIS P1 BASIC26.23■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Rps12-206ENSMUST00000218221 460 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Mtnr1b-201ENSMUST00000057920 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Matr3-209ENSMUST00000188275 1951 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Ppm1m-203ENSMUST00000140761 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Lacc1-201ENSMUST00000062789 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Cyp4f41-ps-201ENSMUST00000126790 1077 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Ezh2-204ENSMUST00000114618 2775 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Ezh2-201ENSMUST00000081721 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Qpct-201ENSMUST00000040789 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Ttc39a-203ENSMUST00000106619 1778 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Lce1h-201ENSMUST00000051521 706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Baiap2-205ENSMUST00000106233 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Zfp444-203ENSMUST00000108566 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Ldb1-202ENSMUST00000056931 2295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Vpreb1-201ENSMUST00000075017 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Stbd1-201ENSMUST00000050952 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
Scn4aQ9ER60 Cdkn2c-201ENSMUST00000063531 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Ly6g6d-201ENSMUST00000007259 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Acvr1c-204ENSMUST00000112608 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Disc1-208ENSMUST00000122389 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Hoxb6-202ENSMUST00000173432 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Prr3-209ENSMUST00000174849 581 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Syngr1-202ENSMUST00000009728 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 H19-202ENSMUST00000136359 2286 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Gm12356-201ENSMUST00000122854 353 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 B230208B08Rik-201ENSMUST00000173049 404 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 1700022H01Rik-201ENSMUST00000219142 387 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Flot1-201ENSMUST00000001569 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Sdf4-204ENSMUST00000105579 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Dus1l-203ENSMUST00000106135 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Meg3-207ENSMUST00000143836 1896 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Mmp28-204ENSMUST00000119346 1517 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Sox17-208ENSMUST00000195555 1977 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Scn4aQ9ER60 Ubtf-207ENSMUST00000128016 1062 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.8 ms