Protein–RNA interactions for Protein: O55187

Cbx4, E3 SUMO-protein ligase CBX4, mousemouse

Predictions only

Length 551 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cbx4O55187 Gm38205-201ENSMUST00000192243 258 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
Cbx4O55187 Arl6ip4-201ENSMUST00000031351 1192 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cbx4O55187 Cox7c-202ENSMUST00000078764 433 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cbx4O55187 Btnl9-202ENSMUST00000066531 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cbx4O55187 Hdhd5-201ENSMUST00000075303 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cbx4O55187 Minpp1-201ENSMUST00000025827 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cbx4O55187 9430060I03Rik-201ENSMUST00000191563 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cbx4O55187 Khdc3-201ENSMUST00000034737 1681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cbx4O55187 Dio3-202ENSMUST00000173014 2030 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cbx4O55187 Sox10-201ENSMUST00000040019 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cbx4O55187 A930001C03Rik-204ENSMUST00000154407 1402 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Cbx4O55187 Lgmn-202ENSMUST00000110020 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
Cbx4O55187 B3gnt9-201ENSMUST00000093217 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Tmem121-201ENSMUST00000058491 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Golga5-202ENSMUST00000179218 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Lrrc43-203ENSMUST00000196809 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gm4737-201ENSMUST00000059524 2093 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Cd37-204ENSMUST00000209779 2541 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Sumo2-205ENSMUST00000121185 911 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Cdk19os-202ENSMUST00000143103 1124 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gm9988-201ENSMUST00000069786 435 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Cebpa-201ENSMUST00000042985 2626 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Arhgef1-204ENSMUST00000117796 3508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Rncr4-201ENSMUST00000194541 2234 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Hoxd3-201ENSMUST00000047830 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Jmjd7-201ENSMUST00000044675 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Cd37-209ENSMUST00000211373 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Galnt3-201ENSMUST00000028378 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Zfp706-201ENSMUST00000078976 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Pno1-201ENSMUST00000020317 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Clcc1-203ENSMUST00000106613 3064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Pdzd3-201ENSMUST00000034618 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Dapk1-207ENSMUST00000226059 5009 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gm43231-201ENSMUST00000202960 2258 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Nfatc2-201ENSMUST00000029057 2310 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Smap2-201ENSMUST00000043200 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Fam105a-202ENSMUST00000226145 2950 ntAPPRIS P1 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gfra4-205ENSMUST00000110239 810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Apoe-205ENSMUST00000173739 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Apoe-209ENSMUST00000174355 1104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gnai2-203ENSMUST00000192837 421 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Serbp1-216ENSMUST00000205106 1288 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gm45168-202ENSMUST00000206461 1069 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gm11175-202ENSMUST00000211380 408 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gfra4-201ENSMUST00000028787 909 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Apoe-201ENSMUST00000003066 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Mfap4-201ENSMUST00000040522 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gm10306-201ENSMUST00000094969 533 ntAPPRIS P1 BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Pou2f2-206ENSMUST00000108418 1934 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Brsk2-201ENSMUST00000018971 4049 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Rhbdf1-201ENSMUST00000020524 2946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Ltbp4-205ENSMUST00000121175 5118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 C230096K16Rik-201ENSMUST00000198074 1722 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Slc17a7-202ENSMUST00000209634 1860 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Tnfsf11-201ENSMUST00000022592 2236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 H19-202ENSMUST00000136359 2286 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gm27032-201ENSMUST00000183124 1116 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Mrpl40-201ENSMUST00000023391 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Sptbn4-207ENSMUST00000172269 8737 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Ntn5-201ENSMUST00000107742 1574 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Zmynd10-201ENSMUST00000010188 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Klc3-203ENSMUST00000108458 1823 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Adamtsl5-201ENSMUST00000095446 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gp5-201ENSMUST00000061190 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Ankrd40-203ENSMUST00000107818 3487 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Ehmt2-203ENSMUST00000097342 3934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Pole4-204ENSMUST00000160281 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gm29430-202ENSMUST00000191453 2015 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gm5112-201ENSMUST00000204407 2368 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Wdsub1-201ENSMUST00000028368 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Stk11-201ENSMUST00000003152 2566 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Coq9-201ENSMUST00000034234 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Mdfi-201ENSMUST00000035375 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Tmem132d-201ENSMUST00000044441 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Zfp697-201ENSMUST00000056096 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Asap2-203ENSMUST00000090834 5097 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Tspan5-201ENSMUST00000029800 6653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Prdm8-201ENSMUST00000112959 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Cd248-201ENSMUST00000070630 2560 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Lrrc36-202ENSMUST00000109355 2411 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Hoxb3os-201ENSMUST00000131275 2315 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 D11Wsu47e-202ENSMUST00000106621 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Ulk2-201ENSMUST00000004920 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Tnrc18-201ENSMUST00000151477 6487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Rnf32-204ENSMUST00000160246 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gm21992-201ENSMUST00000172000 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gm21992-206ENSMUST00000179909 1435 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gm26995-201ENSMUST00000182216 1306 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gar1-201ENSMUST00000029643 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Rpl13-201ENSMUST00000000756 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Krtap5-3-201ENSMUST00000084414 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Zdhhc13-201ENSMUST00000118927 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Cyp4f15-204ENSMUST00000168171 2168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Psmd3-201ENSMUST00000017365 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Acvr1b-201ENSMUST00000000544 4413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Zfp579-206ENSMUST00000162731 2489 ntAPPRIS P1 BASIC18.34■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Nhlh1-201ENSMUST00000059794 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Gm11747-201ENSMUST00000142751 1648 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Cbx4O55187 Hs3st5-202ENSMUST00000167191 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 51.2 ms