Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Gpn2-201ENSMUST00000030661 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Sphk1-203ENSMUST00000100201 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem263-201ENSMUST00000095383 3616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Gxylt1-201ENSMUST00000049484 6611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Rab3il1-201ENSMUST00000113161 2225 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Fam3c-203ENSMUST00000163963 1617 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Idnk-202ENSMUST00000109868 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Htatip2-202ENSMUST00000207895 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Rnpep-201ENSMUST00000074357 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Gm44210-201ENSMUST00000205253 713 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Fxyd1-215ENSMUST00000206474 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem42-202ENSMUST00000213514 631 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Astn2-202ENSMUST00000084496 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Supv3l1-201ENSMUST00000020273 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Man2c1os-201ENSMUST00000125333 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Arid3c-204ENSMUST00000171251 1751 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Rbfox3-202ENSMUST00000069343 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Sirt1-201ENSMUST00000020257 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Kcne1l-201ENSMUST00000134825 1543 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Fblim1-202ENSMUST00000105784 3036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Tcf7l1-201ENSMUST00000069536 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Rchy1-201ENSMUST00000031345 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Pou3f1-201ENSMUST00000053491 3849 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Rchy1-204ENSMUST00000169948 1417 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Hmx2-202ENSMUST00000183219 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Scn1b-203ENSMUST00000211945 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Clasp2-211ENSMUST00000216817 2234 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Sigmar1-201ENSMUST00000059354 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Gm46218-201ENSMUST00000215448 801 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Nrm-201ENSMUST00000074259 1466 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Adgrv1-211ENSMUST00000146749 1592 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Trim72-201ENSMUST00000081042 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Fmnl2-204ENSMUST00000127122 5508 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Gal3st3-201ENSMUST00000061169 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Crlf2-203ENSMUST00000200284 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Hyal2-207ENSMUST00000195752 2062 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp637-201ENSMUST00000112858 650 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp637-203ENSMUST00000112860 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Cldn3-201ENSMUST00000094245 1259 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Cracr2b-201ENSMUST00000053670 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Gm37352-201ENSMUST00000193908 2181 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Sptssa-201ENSMUST00000056228 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Ssbp2-202ENSMUST00000042122 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Krt24-201ENSMUST00000017255 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Cd24a-201ENSMUST00000058714 1816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Kndc1-202ENSMUST00000121839 2210 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Nol9-202ENSMUST00000103197 2271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 9430060I03Rik-201ENSMUST00000191563 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Cfap36-201ENSMUST00000020754 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 1700003N22Rik-201ENSMUST00000194834 808 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Cox4i1-201ENSMUST00000034276 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Rpl21-203ENSMUST00000099272 1067 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Kis2-201ENSMUST00000133214 1717 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Samd10-201ENSMUST00000060173 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Psen2-202ENSMUST00000111104 1475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 A930018P22Rik-201ENSMUST00000040374 822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Adap2-201ENSMUST00000021050 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Lhx2-203ENSMUST00000143783 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 H2afx-201ENSMUST00000052686 1384 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Nhlh1-201ENSMUST00000059794 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Stxbp3-202ENSMUST00000106596 553 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Gm13148-201ENSMUST00000118892 745 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 3110082J24Rik-201ENSMUST00000127749 327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 A230065N10Rik-201ENSMUST00000172178 1028 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 AC167978.1-201ENSMUST00000182488 456 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Uqcc2-201ENSMUST00000025045 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Tcap-201ENSMUST00000008021 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Eif3j2-201ENSMUST00000057110 2379 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Plekhh1-201ENSMUST00000039928 6439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 E4f1-201ENSMUST00000056032 2574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Spg7-211ENSMUST00000153285 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Mgat2-201ENSMUST00000060579 2614 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Gm43545-201ENSMUST00000196765 2779 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Cobll1-202ENSMUST00000102726 5031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Cobll1-203ENSMUST00000112429 5045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 AC131586.2-201ENSMUST00000228370 1512 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Sra1-201ENSMUST00000001415 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Clta-201ENSMUST00000107845 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26971-201ENSMUST00000182423 1072 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Spcs1-207ENSMUST00000228767 1008 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Ankrd37-201ENSMUST00000053558 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Slc35d3-201ENSMUST00000059805 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 D16Ertd472e-202ENSMUST00000114219 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Psmd3-201ENSMUST00000017365 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Ildr2-204ENSMUST00000192732 2263 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Sstr1-201ENSMUST00000044299 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Sec24b-201ENSMUST00000001079 5128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Nexmif-201ENSMUST00000056502 5211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Lgmn-202ENSMUST00000110020 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Trmt61a-202ENSMUST00000168338 2131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Capzb-203ENSMUST00000102507 1702 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 2610528J11Rik-202ENSMUST00000106367 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Rbm39-202ENSMUST00000109584 667 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Ptbp3-204ENSMUST00000140925 606 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 2300009A05Rik-201ENSMUST00000168665 595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Dvl3-203ENSMUST00000171572 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Hist1h2ap-201ENSMUST00000081342 482 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Ccdc39Q9D5Y1 Hoxa10-202ENSMUST00000125581 2565 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.2 ms