Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3667-201ENSMUST00000171906 2053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.58
Ccdc88bQ4QRL3 Naxe-201ENSMUST00000029708 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Glrx5-201ENSMUST00000021522 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Sigmar1-201ENSMUST00000059354 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 D11Wsu47e-202ENSMUST00000106621 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Acot7-201ENSMUST00000030779 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Nkd1-203ENSMUST00000211113 1474 ntTSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Dtnb-210ENSMUST00000173199 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr718-ps1-204ENSMUST00000218872 963 ntAPPRIS ALT2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Pacsin3-215ENSMUST00000168916 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Pacsin3-201ENSMUST00000028694 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Mroh6-201ENSMUST00000184858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm19531-201ENSMUST00000216737 1377 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Siah1b-201ENSMUST00000037928 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Eml2-202ENSMUST00000117338 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.11■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 E4f1-205ENSMUST00000226941 2642 ntAPPRIS ALT2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Nfe2-210ENSMUST00000156927 1608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.11■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Stard6-203ENSMUST00000168249 1167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Fitm1-201ENSMUST00000022826 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Ddx39b-201ENSMUST00000068056 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Eid2b-201ENSMUST00000094651 1751 ntAPPRIS P1 BASIC31.1■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Mgarp-202ENSMUST00000108046 1409 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Krt79-201ENSMUST00000023799 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Tsen2-203ENSMUST00000130425 638 ntTSL 3 BASIC31.09■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6270-201ENSMUST00000132731 559 ntTSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Spata3-208ENSMUST00000149469 1110 ntTSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45822-201ENSMUST00000212231 259 ntTSL 3 BASIC31.09■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Smn1-202ENSMUST00000091321 223 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Slc26a10-201ENSMUST00000095270 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Sdf4-204ENSMUST00000105579 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Kirrel3-202ENSMUST00000115148 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Cd24a-201ENSMUST00000058714 1816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps16-201ENSMUST00000061444 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16432-201ENSMUST00000094273 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb7c-202ENSMUST00000167921 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Ahsa2-201ENSMUST00000020529 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Plekha1-211ENSMUST00000151119 2397 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Slc11a1-211ENSMUST00000187516 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gmpr-201ENSMUST00000000260 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Snca-201ENSMUST00000114268 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Cox8a-201ENSMUST00000039758 545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
Ccdc88bQ4QRL3 Rnpep-201ENSMUST00000074357 2171 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15441-202ENSMUST00000107095 1653 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Rab7-206ENSMUST00000203674 424 ntTSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44549-201ENSMUST00000208351 577 ntBASIC31.07■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Pacsin2-201ENSMUST00000056177 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 B4gat1-201ENSMUST00000053705 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl27-202ENSMUST00000107249 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.06■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Rwdd1-201ENSMUST00000019917 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 4833428L15Rik-202ENSMUST00000215652 641 ntTSL 3 BASIC31.06■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Fam50b-201ENSMUST00000039605 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Sept5-201ENSMUST00000096987 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Desi2-204ENSMUST00000161075 2590 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Cln5-201ENSMUST00000022721 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11249-201ENSMUST00000117071 859 ntBASIC31.05■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem239-201ENSMUST00000055421 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Vstm2b-201ENSMUST00000044705 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.05■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Snrnp70-201ENSMUST00000074575 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Esx1-202ENSMUST00000113066 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Brsk2-205ENSMUST00000172652 2501 ntTSL 5 BASIC31.04■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Slc39a5-201ENSMUST00000042666 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 C230037L18Rik-201ENSMUST00000136218 1886 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 AI480526-205ENSMUST00000160255 1095 ntTSL 5 BASIC31.04■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26674-201ENSMUST00000180770 1446 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Wbp1-202ENSMUST00000113936 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Nags-201ENSMUST00000055409 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Smpdl3a-201ENSMUST00000020022 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Hexa-201ENSMUST00000026262 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2559-201ENSMUST00000201323 363 ntBASIC31.03■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Iglon5-201ENSMUST00000107974 2622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Mreg-201ENSMUST00000048860 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13181-201ENSMUST00000120117 1069 ntBASIC31.02■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 A230083G16Rik-201ENSMUST00000069553 991 ntTSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Gnas-208ENSMUST00000109087 1716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.56
Ccdc88bQ4QRL3 Snx20-201ENSMUST00000034087 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Trim72-202ENSMUST00000106248 2134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Commd7-202ENSMUST00000109782 1343 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Plin1-201ENSMUST00000032762 1916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5643-201ENSMUST00000117081 966 ntBASIC31.01■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Cmc1-202ENSMUST00000215799 531 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Plin1-202ENSMUST00000178257 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Galk1-201ENSMUST00000021114 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Crybb1-201ENSMUST00000031286 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Bmpr1b-202ENSMUST00000098568 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr37-203ENSMUST00000164183 1780 ntTSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Prmt9-201ENSMUST00000056237 2781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkl3-204ENSMUST00000109077 2605 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.99■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Vrk1-202ENSMUST00000072040 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Selenos-201ENSMUST00000101801 1191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 AC140264.2-202ENSMUST00000218746 817 ntBASIC30.99■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Rps23-201ENSMUST00000051955 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10812-201ENSMUST00000099864 546 ntBASIC30.99■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Nab2-201ENSMUST00000026469 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Dgat1-201ENSMUST00000023214 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Serpinh1-202ENSMUST00000169437 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29241-201ENSMUST00000189260 1096 ntBASIC30.98■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Akip1-201ENSMUST00000033335 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Eb1-201ENSMUST00000074557 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
Ccdc88bQ4QRL3 Cops9-201ENSMUST00000097642 438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.9 ms