Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gm8909-202ENSMUST00000097335 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Hdhd2-206ENSMUST00000145634 1585 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Hnrnpf-202ENSMUST00000163168 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Olfm2-204ENSMUST00000217198 2005 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Otud1-201ENSMUST00000052168 2832 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Gm7102-201ENSMUST00000180168 1624 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Cnp-201ENSMUST00000103120 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Lypla2-202ENSMUST00000105852 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Dusp22-203ENSMUST00000110310 2319 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Edn2-201ENSMUST00000030384 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 AA543186-201ENSMUST00000180841 1696 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Cyp4f15-201ENSMUST00000008801 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Rilpl2-201ENSMUST00000031347 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Cldn23-201ENSMUST00000060128 1848 ntAPPRIS P1 BASIC20.85■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Gm16120-201ENSMUST00000127990 808 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Cracr2b-207ENSMUST00000170879 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Gm20403-201ENSMUST00000173803 372 ntAPPRIS P1 BASIC20.85■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Mrps12-201ENSMUST00000056078 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Smn1-202ENSMUST00000091321 223 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Derl2-207ENSMUST00000171041 1466 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Foxd1-201ENSMUST00000105098 5064 ntAPPRIS P1 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Arrb2-202ENSMUST00000084954 1732 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Pus1-203ENSMUST00000086643 1868 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Cacng6-201ENSMUST00000108647 868 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Calu-208ENSMUST00000173694 611 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 AC154649.1-201ENSMUST00000227392 384 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Prmt8-201ENSMUST00000032500 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Thegl-202ENSMUST00000117880 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Bag5-201ENSMUST00000054636 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Mark2-207ENSMUST00000165286 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Gja3-201ENSMUST00000061614 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Ccdc34-201ENSMUST00000028580 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Gart-202ENSMUST00000120450 1865 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 4930519A11Rik-201ENSMUST00000181381 1523 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Gm11769-201ENSMUST00000140273 1657 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Hhex-201ENSMUST00000025944 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Tmed3-201ENSMUST00000058488 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Rasgrp2-206ENSMUST00000113472 2124 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Slc25a51-203ENSMUST00000132815 1005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Gm44899-201ENSMUST00000207451 391 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Hspe1-201ENSMUST00000075242 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
Col6a1Q04857 Zbed3-201ENSMUST00000045909 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Psmd6-201ENSMUST00000022256 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 AC131586.2-201ENSMUST00000228370 1512 ntBASIC20.83■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Dxo-201ENSMUST00000046244 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Gm16505-202ENSMUST00000220976 1626 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Ssbp2-202ENSMUST00000042122 1633 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Pabpn1-205ENSMUST00000141446 912 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 4930519P11Rik-201ENSMUST00000181369 501 ntAPPRIS P1 BASIC20.82■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Esx1-202ENSMUST00000113066 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Cdc37l1-205ENSMUST00000224599 1769 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Sh3gl1-201ENSMUST00000003268 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Ache-209ENSMUST00000196208 1911 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Rpl36al-202ENSMUST00000110619 1276 ntAPPRIS P1 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Gm16141-201ENSMUST00000152073 790 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 9130019P16Rik-203ENSMUST00000185712 650 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Gm45121-201ENSMUST00000205396 1153 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Gm7075-201ENSMUST00000054760 425 ntAPPRIS P1 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Tbx3os2-201ENSMUST00000135385 1345 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Clta-202ENSMUST00000107846 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Siah2-201ENSMUST00000070368 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Slc9a7-201ENSMUST00000072451 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Prkar1b-201ENSMUST00000026973 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Kmt5b-216ENSMUST00000176926 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Gabra5-201ENSMUST00000068456 2671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Mroh6-201ENSMUST00000184858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Jkamp-202ENSMUST00000117449 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Csnk1a1-207ENSMUST00000166990 1860 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Fam49b-207ENSMUST00000228226 1896 ntAPPRIS P1 BASIC20.79■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Tedc1-201ENSMUST00000049271 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Gm15043-201ENSMUST00000118843 1543 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Aktip-202ENSMUST00000120213 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Cln5-201ENSMUST00000022721 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Cyp4f13-201ENSMUST00000075253 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Mknk2-205ENSMUST00000200082 3439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Cacna2d2-201ENSMUST00000010210 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Mylip-201ENSMUST00000038275 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Ssbp3-201ENSMUST00000030367 3195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Aire-203ENSMUST00000105396 1749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Aire-214ENSMUST00000154374 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Aire-215ENSMUST00000155021 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Shisa5-202ENSMUST00000112059 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Zbed3-202ENSMUST00000221807 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Agfg1-202ENSMUST00000113444 3142 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Gm12979-201ENSMUST00000145488 405 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Gm2559-201ENSMUST00000201323 363 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 AC153881.1-201ENSMUST00000214448 284 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Sys1-202ENSMUST00000109352 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
Col6a1Q04857 Matk-205ENSMUST00000121205 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18 ms