Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Tax1bp3-201ENSMUST00000040687 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col8a1Q00780 Has1-201ENSMUST00000003762 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col8a1Q00780 Ost4-201ENSMUST00000132034 576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col8a1Q00780 Tpgs1-201ENSMUST00000020552 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col8a1Q00780 Dtnb-210ENSMUST00000173199 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col8a1Q00780 Klf15-201ENSMUST00000032174 2373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col8a1Q00780 Gm45736-201ENSMUST00000210592 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col8a1Q00780 Lypla2-202ENSMUST00000105852 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col8a1Q00780 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Col8a1Q00780 Snx5-201ENSMUST00000028909 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col8a1Q00780 D830050J10Rik-202ENSMUST00000203858 1813 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
Col8a1Q00780 Mboat4-201ENSMUST00000095345 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Col8a1Q00780 Prrt1-201ENSMUST00000015620 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Gm20472-201ENSMUST00000174403 1240 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Ankrd39-202ENSMUST00000194894 664 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Coa6-201ENSMUST00000059093 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Odf1-201ENSMUST00000081966 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Tmem121b-201ENSMUST00000178687 4869 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Dxo-201ENSMUST00000046244 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Pard3-219ENSMUST00000162309 5659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Tmem45b-201ENSMUST00000048050 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Slc35f4-204ENSMUST00000138884 1810 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Astn2-202ENSMUST00000084496 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Cnp-201ENSMUST00000103120 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Phf12-202ENSMUST00000108360 3047 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Vav2-201ENSMUST00000056176 5221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Gm14321-201ENSMUST00000127441 632 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Plpp1-202ENSMUST00000070951 1272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Snx12-201ENSMUST00000077876 1002 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Chtop-207ENSMUST00000107346 1321 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Rchy1-204ENSMUST00000169948 1417 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Dio3-201ENSMUST00000097228 1449 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Hmx2-202ENSMUST00000183219 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Hoxa5-201ENSMUST00000048794 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Shisa5-202ENSMUST00000112059 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Adad2-201ENSMUST00000098361 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Notum-203ENSMUST00000106178 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Glipr2-201ENSMUST00000030202 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Kctd9-201ENSMUST00000078053 3157 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Dvl3-201ENSMUST00000003318 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Eif3j2-201ENSMUST00000057110 2379 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Cntfr-203ENSMUST00000102961 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Phb-204ENSMUST00000125172 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Vim-206ENSMUST00000193675 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Kmt5b-216ENSMUST00000176926 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Ccdc124-201ENSMUST00000007865 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Rpl27-202ENSMUST00000107249 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 0610010K14Rik-207ENSMUST00000108577 659 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Sec11c-201ENSMUST00000025394 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Retreg2-208ENSMUST00000190240 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 A230052G05Rik-201ENSMUST00000050921 2302 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Raph1-201ENSMUST00000027168 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Ttc32-202ENSMUST00000219470 1645 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Tmem260-209ENSMUST00000226422 6333 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Slc35b2-201ENSMUST00000041353 2326 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Adcy3-202ENSMUST00000124505 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Jag1-201ENSMUST00000028735 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Gmcl1-202ENSMUST00000113679 960 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Pigp-203ENSMUST00000113910 966 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 2900072N19Rik-201ENSMUST00000123840 806 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Fxyd5-208ENSMUST00000161805 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Tlx1os-201ENSMUST00000173437 620 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Aplf-201ENSMUST00000032130 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Cdc16-201ENSMUST00000043962 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Gm7102-201ENSMUST00000180168 1624 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 4430402I18Rik-201ENSMUST00000025872 2152 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 H2afx-201ENSMUST00000052686 1384 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Chn2-201ENSMUST00000046856 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Porcn-202ENSMUST00000082320 1883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Tfdp2-202ENSMUST00000165120 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 A630072M18Rik-201ENSMUST00000190567 5410 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Qdpr-208ENSMUST00000197946 1206 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 2310033P09Rik-201ENSMUST00000020719 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Gm45822-201ENSMUST00000212231 259 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Cnih2-201ENSMUST00000025805 1237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Espn-202ENSMUST00000049305 1142 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Psmd4-201ENSMUST00000071664 1276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Zbtb7a-204ENSMUST00000121840 1676 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Hpse-202ENSMUST00000112908 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Wtap-204ENSMUST00000159986 3187 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Nrn1-203ENSMUST00000223611 1443 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Unc50-201ENSMUST00000027285 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Krt79-201ENSMUST00000023799 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Sh3gl1-201ENSMUST00000003268 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Gm11249-201ENSMUST00000117071 859 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Yif1b-201ENSMUST00000032809 1111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Rab7-205ENSMUST00000113600 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Rhbdd3-201ENSMUST00000036320 1790 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Capzb-203ENSMUST00000102507 1702 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Col8a1Q00780 Rhov-201ENSMUST00000037360 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 48.4 ms