Protein–RNA interactions for Protein: Q3U1J4

Ddb1, DNA damage-binding protein 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,140 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddb1Q3U1J4 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Dmrt1-201ENSMUST00000025755 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Ankrd39-202ENSMUST00000194894 664 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Nudt8-202ENSMUST00000025802 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Nme2-202ENSMUST00000072566 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Meis3-201ENSMUST00000002495 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Espn-208ENSMUST00000105654 1566 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Ezh2-204ENSMUST00000114618 2775 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Ezh2-201ENSMUST00000081721 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Snrnp70-201ENSMUST00000074575 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Lrrc73-201ENSMUST00000095262 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Gtf2a2-204ENSMUST00000119905 622 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Stard6-203ENSMUST00000168249 1167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Gm43799-201ENSMUST00000201845 579 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Gm5417-201ENSMUST00000079706 384 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
Ddb1Q3U1J4 Ghrhr-202ENSMUST00000203241 1328 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Rsrc1-202ENSMUST00000065047 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Slc10a3-201ENSMUST00000037967 2023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Gm26643-201ENSMUST00000180854 1274 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 4732471J01Rik-202ENSMUST00000205787 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Mrpl21-202ENSMUST00000025745 1138 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Ppm1m-203ENSMUST00000140761 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Cyp2r1-207ENSMUST00000211506 1887 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Smim14-202ENSMUST00000121661 1056 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Gm45337-201ENSMUST00000210537 1267 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 4933428G20Rik-201ENSMUST00000056955 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Vstm2b-203ENSMUST00000205845 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Ube2d-ps-204ENSMUST00000137510 1846 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Cnrip1-201ENSMUST00000058159 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Galnt16-204ENSMUST00000218943 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Snrnp35-202ENSMUST00000111453 1181 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Slc39a7-203ENSMUST00000169397 2107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Exosc3-201ENSMUST00000030003 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Metap1-201ENSMUST00000029804 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Srsf10-203ENSMUST00000102544 2225 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Qpct-201ENSMUST00000040789 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Psmd3-201ENSMUST00000017365 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Fev-202ENSMUST00000159232 928 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Pthlh-202ENSMUST00000204197 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Grhpr-201ENSMUST00000045078 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Prr22-201ENSMUST00000168666 1350 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Dennd6a-202ENSMUST00000203874 2677 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Pelo-201ENSMUST00000109226 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Sult4a1-201ENSMUST00000082365 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Casp6-201ENSMUST00000029626 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Smim1-205ENSMUST00000131325 842 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Gm11713-201ENSMUST00000139941 523 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Comtd1-204ENSMUST00000177527 714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Nfu1-201ENSMUST00000032060 948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Pcgf6-201ENSMUST00000026032 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Mrpl9-202ENSMUST00000196143 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Khdc3-201ENSMUST00000034737 1681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Stard3-201ENSMUST00000018311 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Spc25-202ENSMUST00000112320 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 K230015D01Rik-201ENSMUST00000211969 1516 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Rps5-202ENSMUST00000108539 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Gm42884-202ENSMUST00000202523 423 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Limd2-202ENSMUST00000064545 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Ddb1Q3U1J4 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Adgrv1-211ENSMUST00000146749 1592 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Clta-203ENSMUST00000107847 1121 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Tex30-212ENSMUST00000152239 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Hsbp1-201ENSMUST00000034300 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Avp-201ENSMUST00000046001 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Gm10549-201ENSMUST00000097634 450 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 A730015C16Rik-201ENSMUST00000164855 1221 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 AC140264.2-202ENSMUST00000218746 817 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Psmd4-202ENSMUST00000107237 1332 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Capg-202ENSMUST00000114071 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Catsper2-201ENSMUST00000038073 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Rhob-201ENSMUST00000067384 2349 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 0610010K14Rik-207ENSMUST00000108577 659 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Mrps10-204ENSMUST00000120737 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Qdpr-208ENSMUST00000197946 1206 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Cd37-209ENSMUST00000211373 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Sqstm1-202ENSMUST00000102774 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 E530011L22Rik-202ENSMUST00000216791 2007 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 H19-202ENSMUST00000136359 2286 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Cisd2-202ENSMUST00000120988 1363 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Aqp2-201ENSMUST00000023752 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Ndel1-203ENSMUST00000108672 1653 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Gm32699-201ENSMUST00000221728 1988 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Foxa2-201ENSMUST00000047315 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Kcnn4-201ENSMUST00000171904 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Ddb1Q3U1J4 Lpin2-213ENSMUST00000156570 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.1 ms