Protein–RNA interactions for Protein: P28357

Hoxd9, Homeobox protein Hox-D9, mousemouse

Predictions only

Length 339 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd9P28357 Samd10-201ENSMUST00000060173 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Ppp1r21-201ENSMUST00000038551 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Col9a3-203ENSMUST00000132527 3046 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Hexa-201ENSMUST00000026262 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Pou2f2-210ENSMUST00000176408 1697 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Arl4d-201ENSMUST00000039388 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Tk2-201ENSMUST00000050211 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Phospho1-201ENSMUST00000054173 1910 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Gm7514-201ENSMUST00000209475 934 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 AC121965.1-201ENSMUST00000221422 861 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 E030030I06Rik-201ENSMUST00000069372 876 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Fcrlb-201ENSMUST00000094337 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Chtf8-201ENSMUST00000169312 2730 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Vgll2-202ENSMUST00000163017 1650 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Smyd2-201ENSMUST00000027897 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 D830050J10Rik-202ENSMUST00000203858 1813 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Clint1-202ENSMUST00000109261 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Sept7-202ENSMUST00000165594 2516 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Alg1-201ENSMUST00000049207 1669 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Neurog1-201ENSMUST00000058475 1686 ntAPPRIS P1 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Sqstm1-202ENSMUST00000102774 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Speg-206ENSMUST00000122266 917 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Gm9970-201ENSMUST00000068997 558 ntAPPRIS P1 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Daxx-202ENSMUST00000170075 2673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Cdk13-201ENSMUST00000042365 5202 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Cdk5r2-201ENSMUST00000160379 2799 ntAPPRIS P1 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Tsen54-202ENSMUST00000106481 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Gm13830-204ENSMUST00000149609 1851 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Eif2b4-203ENSMUST00000166769 1878 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Gm38342-201ENSMUST00000195710 2980 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Gm32699-201ENSMUST00000221728 1988 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Mprip-204ENSMUST00000116371 8766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Zmiz2-201ENSMUST00000012612 4199 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Tsc22d4-205ENSMUST00000110985 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Mpc1-208ENSMUST00000155364 958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Mpig6b-202ENSMUST00000174190 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 4930467K11Rik-201ENSMUST00000180831 723 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Areg-201ENSMUST00000031325 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Med30-201ENSMUST00000037115 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Wasl-202ENSMUST00000041737 1298 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Flot2-203ENSMUST00000100784 2699 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Hoxd9P28357 Sox12-202ENSMUST00000182625 4453 ntAPPRIS P1 BASIC17.77■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Cracr2b-201ENSMUST00000053670 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Maff-202ENSMUST00000163691 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Pcyt2-203ENSMUST00000106188 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Mlf2-201ENSMUST00000032214 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Schip1-206ENSMUST00000182719 2156 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Slc35f4-202ENSMUST00000123534 2748 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Tmem234-215ENSMUST00000173758 453 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Nudt14-202ENSMUST00000221397 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Hoxc12-201ENSMUST00000055562 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Matn4-203ENSMUST00000109358 2056 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 St3gal4-201ENSMUST00000034537 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Cd83-201ENSMUST00000015540 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Tssk2-201ENSMUST00000055374 1387 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Klc1-204ENSMUST00000122300 2268 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Gm28523-201ENSMUST00000190040 1588 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Tmem54-203ENSMUST00000106064 1066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Zfp444-202ENSMUST00000108565 849 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 4930413G21Rik-201ENSMUST00000205998 993 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Gm44899-202ENSMUST00000209433 511 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Jkamp-201ENSMUST00000057257 1292 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Tmem53-201ENSMUST00000062824 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Ralgps2-205ENSMUST00000185198 2229 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Otx2-204ENSMUST00000122009 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Wnt8a-201ENSMUST00000012426 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Map4k3-201ENSMUST00000025089 4225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Polg2-201ENSMUST00000021060 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Tmem123-201ENSMUST00000052865 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Stoml1-201ENSMUST00000034883 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Gm26708-203ENSMUST00000208236 1624 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Tgfbr3l-201ENSMUST00000110993 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Gm13534-201ENSMUST00000121169 513 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Rell2-204ENSMUST00000163591 1057 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Mrpl52-204ENSMUST00000199195 463 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 A730056A06Rik-202ENSMUST00000206959 526 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Gm44732-201ENSMUST00000208055 635 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 E4f1-205ENSMUST00000226941 2642 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Rab5a-201ENSMUST00000017975 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Them6-201ENSMUST00000070923 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Mcu-202ENSMUST00000020312 2872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 AI115009-201ENSMUST00000181093 1853 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Krt82-201ENSMUST00000023713 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Dnaja4-201ENSMUST00000070070 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Atf5-202ENSMUST00000107893 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Mtmr9-201ENSMUST00000058679 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Nfe2l3-203ENSMUST00000160133 1125 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 6430500D05Rik-201ENSMUST00000198286 1176 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Gm4881-201ENSMUST00000206705 1152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Fam228b-205ENSMUST00000218575 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Anapc5-205ENSMUST00000197074 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Anapc5-212ENSMUST00000199406 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Hoxd9P28357 Cyp4f13-201ENSMUST00000075253 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.5 ms