Protein–RNA interactions for Protein: P11087

Col1a1, Collagen alpha-1(I) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,453 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col1a1P11087 Spock1-201ENSMUST00000172326 1320 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Pigp-202ENSMUST00000113906 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Stard6-203ENSMUST00000168249 1167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Klf13-204ENSMUST00000185175 487 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 2510002D24Rik-204ENSMUST00000191388 995 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 D930007J09Rik-201ENSMUST00000057911 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Lrg1-201ENSMUST00000041357 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Rcor3-203ENSMUST00000192128 1578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Dnajb11-201ENSMUST00000004574 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Psmd3-201ENSMUST00000017365 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Mob2-201ENSMUST00000084418 1490 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Ube2d-ps-204ENSMUST00000137510 1846 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Meis3-201ENSMUST00000002495 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Nkx2-1-202ENSMUST00000178477 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Tm7sf2-202ENSMUST00000113543 1498 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 AC163280.1-201ENSMUST00000228194 1100 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Gm2788-202ENSMUST00000147173 1390 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 D11Wsu47e-201ENSMUST00000042227 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Thegl-202ENSMUST00000117880 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 H2-K2-201ENSMUST00000174250 1049 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Cntfr-203ENSMUST00000102961 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Gm15847-201ENSMUST00000121417 1065 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Kcnn4-203ENSMUST00000205626 461 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Ewsr1-205ENSMUST00000102930 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Cd37-209ENSMUST00000211373 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Dusp22-203ENSMUST00000110310 2319 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Gm11713-201ENSMUST00000139941 523 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Them6-201ENSMUST00000070923 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Nsfl1c-203ENSMUST00000103160 1369 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Letm2-201ENSMUST00000079160 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Rab34-202ENSMUST00000056241 1558 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Rrp15-201ENSMUST00000001339 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Col1a1P11087 Gfer-201ENSMUST00000046839 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Wnt10b-201ENSMUST00000023732 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 CT010444.2-201ENSMUST00000217877 1629 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 2210408F21Rik-204ENSMUST00000136571 478 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 AC122465.1-201ENSMUST00000220813 1209 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Ppm1m-203ENSMUST00000140761 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Kcnn4-201ENSMUST00000171904 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Dmwd-202ENSMUST00000108479 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Zpbp2-205ENSMUST00000107513 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 2210408F21Rik-213ENSMUST00000153057 652 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Fau-203ENSMUST00000179142 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Exosc3-201ENSMUST00000030003 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Aqp5-201ENSMUST00000088200 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Stau2-201ENSMUST00000027052 2763 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Gpr137-202ENSMUST00000099774 1434 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Catsper2-201ENSMUST00000038073 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Khdc3-201ENSMUST00000034737 1681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Adgrv1-211ENSMUST00000146749 1592 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Mir5122-201ENSMUST00000175004 89 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Gm19094-201ENSMUST00000209791 1246 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Slc9a2-203ENSMUST00000192345 2507 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Gm3164-201ENSMUST00000168866 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 C230037L18Rik-201ENSMUST00000136218 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Foxa2-201ENSMUST00000047315 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Sqstm1-202ENSMUST00000102774 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Ntmt1-201ENSMUST00000041830 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Gm20695-202ENSMUST00000176233 1012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 AC140264.2-202ENSMUST00000218746 817 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Bmyc-201ENSMUST00000061483 983 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Psmd4-201ENSMUST00000071664 1276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Prrg2-201ENSMUST00000007981 1295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Gm32699-201ENSMUST00000221728 1988 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Vgll2-202ENSMUST00000163017 1650 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Dmrt1-201ENSMUST00000025755 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Nrn1-202ENSMUST00000122286 691 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Lamtor5-202ENSMUST00000199317 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 AC121577.1-201ENSMUST00000227302 707 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Celf6-201ENSMUST00000034840 2765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Ndel1-203ENSMUST00000108672 1653 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Gm10167-201ENSMUST00000150411 1479 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Gm7579-201ENSMUST00000097943 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Ghrhr-202ENSMUST00000203241 1328 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Scamp3-201ENSMUST00000029684 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Gm16759-201ENSMUST00000126238 1393 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col1a1P11087 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.8 ms