Protein–RNA interactions for Protein: P09027

Hoxd3, Homeobox protein Hox-D3, mousemouse

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Length 433 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd3P09027 Polg2-201ENSMUST00000021060 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Gjc2-201ENSMUST00000108790 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Cltb-202ENSMUST00000091609 2186 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Gnas-222ENSMUST00000180362 1645 ntTSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Sirt1-201ENSMUST00000020257 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Lsr-205ENSMUST00000205961 2021 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Sephs1-202ENSMUST00000115019 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Mpg-201ENSMUST00000020528 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Rab5c-201ENSMUST00000019317 1967 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Rell2-202ENSMUST00000091932 1995 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Ulk2-201ENSMUST00000004920 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 A630072M18Rik-201ENSMUST00000190567 5410 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Asph-217ENSMUST00000146441 2576 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Uba5-201ENSMUST00000035166 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Gm12216-203ENSMUST00000121435 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Zfp580-202ENSMUST00000208570 693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Snrpc-201ENSMUST00000071006 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Sohlh1-201ENSMUST00000076989 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Sys1-202ENSMUST00000109352 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Zfp105-201ENSMUST00000051667 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Ccng2-201ENSMUST00000031331 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Zswim8-208ENSMUST00000224751 5951 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 D830050J10Rik-202ENSMUST00000203858 1813 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Lemd3-201ENSMUST00000119093 4370 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Hnrnpf-202ENSMUST00000163168 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Tnrc6c-202ENSMUST00000106344 8847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Lmtk3-204ENSMUST00000209617 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Stx1a-201ENSMUST00000005509 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 C1qtnf12-201ENSMUST00000024338 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Cacna1a-202ENSMUST00000122053 7589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Hook2-203ENSMUST00000209764 2516 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Fam117b-201ENSMUST00000036540 5532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Hr-203ENSMUST00000161069 5607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Ankle2-201ENSMUST00000031474 5215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Nexmif-201ENSMUST00000056502 5211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Cradd-205ENSMUST00000220279 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Tmem203-201ENSMUST00000104998 854 ntAPPRIS P1 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Tsc22d4-205ENSMUST00000110985 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Gm45121-201ENSMUST00000205396 1153 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 5033430I15Rik-201ENSMUST00000038032 729 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Schip1-206ENSMUST00000182719 2156 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Map4k4-201ENSMUST00000163854 5782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Mtfr1l-201ENSMUST00000102550 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Sqstm1-202ENSMUST00000102774 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Alg1-201ENSMUST00000049207 1669 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Gm13830-204ENSMUST00000149609 1851 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Ythdf1-201ENSMUST00000037299 3184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Cyp4f15-201ENSMUST00000008801 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Kl-201ENSMUST00000078856 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Agfg1-206ENSMUST00000189220 8044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Fam105a-201ENSMUST00000100739 2867 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Hsp25-ps1-201ENSMUST00000109187 630 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Tgfbr3l-201ENSMUST00000110993 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Stmn4-203ENSMUST00000120229 1281 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Gm13534-201ENSMUST00000121169 513 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Rian-206ENSMUST00000182119 329 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Foxk1-202ENSMUST00000198422 687 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 C230062I16Rik-202ENSMUST00000207746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Gucd1-211ENSMUST00000219774 806 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Ptar1-201ENSMUST00000099560 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 E4f1-201ENSMUST00000056032 2574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Mael-201ENSMUST00000038782 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Uhmk1-202ENSMUST00000123399 7775 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Ccnd3-218ENSMUST00000183177 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Them6-201ENSMUST00000070923 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Vgll2-202ENSMUST00000163017 1650 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Nin-203ENSMUST00000095666 7183 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Gm42555-201ENSMUST00000199304 1039 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Qsox2-201ENSMUST00000036187 2559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 AB124611-202ENSMUST00000086361 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Zbed3-202ENSMUST00000221807 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Gm6420-201ENSMUST00000193885 723 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Gm42790-201ENSMUST00000201268 969 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Cetn3-201ENSMUST00000022009 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Ndufa5-201ENSMUST00000023851 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Cadm1-201ENSMUST00000034581 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Tmem145-201ENSMUST00000108409 2298 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Fpgs-201ENSMUST00000028148 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Atf5-202ENSMUST00000107893 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 AI846148-201ENSMUST00000025924 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Tatdn2-201ENSMUST00000089018 3096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Gpatch2-201ENSMUST00000044812 1639 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Wnt10b-201ENSMUST00000023732 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
Hoxd3P09027 Gm10655-201ENSMUST00000098658 1397 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
Hoxd3P09027 B930094E09Rik-201ENSMUST00000164667 1240 ntAPPRIS P1 BASIC14.64□□□□□ -0.07
Hoxd3P09027 Sco2-201ENSMUST00000167643 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Hoxd3P09027 Cox16-207ENSMUST00000169124 685 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
Hoxd3P09027 Mir5133-201ENSMUST00000174955 77 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
Hoxd3P09027 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Hoxd3P09027 Cachd1-201ENSMUST00000030257 5765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Hoxd3P09027 Mpz-201ENSMUST00000070758 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Hoxd3P09027 Rab7-202ENSMUST00000113596 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Hoxd3P09027 Gm28523-201ENSMUST00000190040 1588 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Hoxd3P09027 Gm32699-201ENSMUST00000221728 1988 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
Hoxd3P09027 Nrg3-203ENSMUST00000173780 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
Hoxd3P09027 P2ry2-202ENSMUST00000178340 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Hoxd3P09027 Tsen54-202ENSMUST00000106481 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Hoxd3P09027 Fgfr2-217ENSMUST00000124096 2425 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.2 ms