Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Vstm2b-203ENSMUST00000205845 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Auh-201ENSMUST00000021913 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 AC107452.1-201ENSMUST00000227963 481 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Cst3-201ENSMUST00000028938 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Scn4aQ9ER60 Slc35f4-201ENSMUST00000074368 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Psmg4-201ENSMUST00000124996 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 AC130711.1-201ENSMUST00000224277 906 ntAPPRIS P1 BASIC26.69■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Gm11927-201ENSMUST00000118472 759 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Gm16295-201ENSMUST00000139512 643 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Rpp25l-201ENSMUST00000038434 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Wnt10b-205ENSMUST00000226846 1204 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Lhx2-203ENSMUST00000143783 1696 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Sdccag3-204ENSMUST00000114102 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Gm16192-201ENSMUST00000148357 937 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 AC133598.3-202ENSMUST00000224219 531 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 AC154471.1-201ENSMUST00000224418 436 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Rhbdd3-201ENSMUST00000036320 1790 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Gm44771-201ENSMUST00000206975 626 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Prss27-201ENSMUST00000059482 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Rcor3-203ENSMUST00000192128 1578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Lmbr1-207ENSMUST00000200564 1598 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Whrn-204ENSMUST00000095037 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Tlcd2-202ENSMUST00000108435 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 AC130713.1-201ENSMUST00000228853 1096 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Larp1b-206ENSMUST00000191872 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Alg1-201ENSMUST00000049207 1669 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Gm1673-202ENSMUST00000114382 451 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Cacnb1-202ENSMUST00000092736 1880 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Grap-201ENSMUST00000004959 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Trip10-207ENSMUST00000224947 2016 ntAPPRIS P2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Gm14859-201ENSMUST00000117752 357 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Nkx2-6-201ENSMUST00000062437 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Snrnp70-201ENSMUST00000074575 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 A330009N23Rik-201ENSMUST00000180639 1392 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Nanp-201ENSMUST00000066640 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Lsm12-201ENSMUST00000021297 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Acy3-201ENSMUST00000054030 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
Scn4aQ9ER60 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Mcam-201ENSMUST00000034650 2989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Mrpl15-205ENSMUST00000146665 1569 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Hint1-201ENSMUST00000020504 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Pdpk1-205ENSMUST00000115411 1724 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Nit1-202ENSMUST00000111295 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Naa10-205ENSMUST00000114390 797 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Zfp524-203ENSMUST00000209030 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Mrpl21-201ENSMUST00000025743 802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 2310039H08Rik-201ENSMUST00000071430 773 ntAPPRIS P1 BASIC26.62■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 1700001C19Rik-201ENSMUST00000061885 1622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Smyd2-201ENSMUST00000027897 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Pcyox1-206ENSMUST00000204116 546 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Cldn24-201ENSMUST00000079639 663 ntAPPRIS P1 BASIC26.62■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Mycbp-202ENSMUST00000106202 1536 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Gm38399-201ENSMUST00000112103 1645 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Ngb-201ENSMUST00000021420 1616 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Ndel1-203ENSMUST00000108672 1653 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Gm31727-201ENSMUST00000210102 360 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Odf3b-204ENSMUST00000227834 930 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Tmem192-201ENSMUST00000026595 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Sh3gl1-201ENSMUST00000003268 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Zmynd10-201ENSMUST00000010188 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Htra2-203ENSMUST00000113963 1629 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Cers5-201ENSMUST00000023762 2096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Adad2-201ENSMUST00000098361 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Gm7284-201ENSMUST00000131667 944 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Gm36736-201ENSMUST00000206060 646 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 AC156016.1-201ENSMUST00000227190 1035 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Grcc10-201ENSMUST00000004389 863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 4430402I18Rik-201ENSMUST00000025872 2152 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Hrh3-202ENSMUST00000163215 1401 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Ramp2-204ENSMUST00000129680 1178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Trappc6a-201ENSMUST00000002112 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Fkbp1a-201ENSMUST00000044011 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Msx3-202ENSMUST00000172775 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Zfp710-204ENSMUST00000206039 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Gm3164-201ENSMUST00000168866 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Cldn18-203ENSMUST00000131922 860 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Nkx2-1-202ENSMUST00000178477 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Gm20387-201ENSMUST00000173609 1783 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Scn4aQ9ER60 Hilpda-202ENSMUST00000115289 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.84
Scn4aQ9ER60 Ssr2-207ENSMUST00000195014 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
Scn4aQ9ER60 Timm23-208ENSMUST00000226683 750 ntBASIC26.58■■□□□ 1.84
Scn4aQ9ER60 Gm10273-201ENSMUST00000092511 1126 ntAPPRIS P1 BASIC26.58■■□□□ 1.84
Scn4aQ9ER60 Acp4-203ENSMUST00000118216 1454 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
Scn4aQ9ER60 Fbxo27-203ENSMUST00000108281 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Scn4aQ9ER60 Slc35b2-201ENSMUST00000041353 2326 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Scn4aQ9ER60 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
Scn4aQ9ER60 Galnt16-204ENSMUST00000218943 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Scn4aQ9ER60 Stx4a-201ENSMUST00000033075 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 36 ms