Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 1600012H06Rik-203ENSMUST00000174004 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Arl6ip4-202ENSMUST00000122394 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Smarcd3-208ENSMUST00000195943 1712 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Smarcd3-201ENSMUST00000030791 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Tead1-204ENSMUST00000106638 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Rxrb-201ENSMUST00000044858 2623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 AC165249.1-201ENSMUST00000220031 1599 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Etv4-201ENSMUST00000017868 2395 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Daxx-202ENSMUST00000170075 2673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Eefsec-206ENSMUST00000205179 2208 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Gm7075-201ENSMUST00000054760 425 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Gm13509-201ENSMUST00000119733 1308 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Ajap1-201ENSMUST00000105646 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Gprc5c-201ENSMUST00000021071 2200 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Irx2-201ENSMUST00000074372 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Fblim1-202ENSMUST00000105784 3036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Snapc2-201ENSMUST00000011981 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Gm16933-201ENSMUST00000141741 2169 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Gm16764-202ENSMUST00000148931 433 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Gm37856-201ENSMUST00000191634 999 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Mvb12a-201ENSMUST00000034272 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Rchy1-201ENSMUST00000031345 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Siah1b-201ENSMUST00000037928 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Krt24-201ENSMUST00000017255 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Cdkl3-204ENSMUST00000109077 2605 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.27
Col3a1P08121 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 a-202ENSMUST00000109697 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Gm15648-201ENSMUST00000149681 778 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 AC142113.1-201ENSMUST00000214931 801 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Cd37-209ENSMUST00000211373 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Fam105a-201ENSMUST00000100739 2867 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Kis2-201ENSMUST00000133214 1717 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Gm11627-202ENSMUST00000107081 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Mrps10-203ENSMUST00000119945 1018 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Olfr322-201ENSMUST00000072030 984 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Hist2h2aa2-201ENSMUST00000074976 528 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Hist2h2aa1-201ENSMUST00000078756 586 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Arrb2-203ENSMUST00000102563 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Cd82-201ENSMUST00000028644 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Pabpn1-205ENSMUST00000141446 912 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 1700101I19Rik-202ENSMUST00000186712 510 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Bex2-201ENSMUST00000049130 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Purg-201ENSMUST00000070340 1064 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 AI314180-201ENSMUST00000055822 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Gm37352-201ENSMUST00000193908 2181 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Cers1-203ENSMUST00000165819 2728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Gm3164-201ENSMUST00000168866 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Hyal2-207ENSMUST00000195752 2062 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Gm45890-201ENSMUST00000212043 1026 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Ppp1r36-201ENSMUST00000063977 1515 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Chpt1-202ENSMUST00000073783 852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Grsf1-201ENSMUST00000078945 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Ppp1r16a-201ENSMUST00000037551 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Cln5-201ENSMUST00000022721 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Arrb2-202ENSMUST00000084954 1732 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Rnf208-201ENSMUST00000060818 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Bola3-207ENSMUST00000136501 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Dmrt1-201ENSMUST00000025755 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Aifm2-204ENSMUST00000105455 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Tex264-203ENSMUST00000169068 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Gdf1-201ENSMUST00000207684 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Desi2-204ENSMUST00000161075 2590 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Gm11713-201ENSMUST00000139941 523 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Gm29458-201ENSMUST00000187093 354 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Zcchc13-201ENSMUST00000033692 1085 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Lgmn-202ENSMUST00000110020 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Gm5540-201ENSMUST00000131852 1848 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Ppm1m-203ENSMUST00000140761 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Npr3-205ENSMUST00000228603 2437 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Arfrp1-203ENSMUST00000127988 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Nat9-201ENSMUST00000103038 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Mrps18a-202ENSMUST00000123646 621 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Cmc1-201ENSMUST00000044220 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Gtf2h2-201ENSMUST00000066940 1065 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Sigmar1-201ENSMUST00000059354 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Dstn-201ENSMUST00000103172 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Donson-203ENSMUST00000117159 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Bag5-201ENSMUST00000054636 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Tesmin-204ENSMUST00000151341 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Pou2f2-210ENSMUST00000176408 1697 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Tradd-201ENSMUST00000034359 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Col3a1P08121 Smad6-201ENSMUST00000041029 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 Gm19094-201ENSMUST00000209791 1246 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 Pdlim5-202ENSMUST00000058626 873 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 Brsk2-205ENSMUST00000172652 2501 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 Srxn1-201ENSMUST00000041500 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 Map2k2-207ENSMUST00000143517 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 Flot2-203ENSMUST00000100784 2699 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 Mtus2-205ENSMUST00000110515 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 Gm16262-201ENSMUST00000162306 1751 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 Trim72-201ENSMUST00000081042 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 Sncb-201ENSMUST00000036825 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 Vstm2b-201ENSMUST00000044705 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 Kirrel3-202ENSMUST00000115148 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 Mrps16-201ENSMUST00000061444 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 2610035F20Rik-202ENSMUST00000177306 1149 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
Col3a1P08121 Tmem126a-201ENSMUST00000032844 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.6 ms