Protein–RNA interactions for Protein: Q9ES63

Usp29, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 29, mousemouse

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Length 869 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp29Q9ES63 Tcp11-201ENSMUST00000042692 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Usp29Q9ES63 Plekha1-211ENSMUST00000151119 2397 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Usp29Q9ES63 Pou3f1-201ENSMUST00000053491 3849 ntAPPRIS P1 BASIC20.66■□□□□ 0.9
Usp29Q9ES63 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Usp29Q9ES63 Elavl1-201ENSMUST00000098950 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp29Q9ES63 Mylip-201ENSMUST00000038275 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp29Q9ES63 Fam49b-207ENSMUST00000228226 1896 ntAPPRIS P1 BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp29Q9ES63 Atf5-202ENSMUST00000107893 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp29Q9ES63 Jmjd7-201ENSMUST00000044675 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp29Q9ES63 E130218I03Rik-201ENSMUST00000122952 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Usp29Q9ES63 Tlcd1-201ENSMUST00000092880 2700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
Usp29Q9ES63 Ogfod2-202ENSMUST00000119269 1474 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Nrxn2-208ENSMUST00000137166 6314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Dusp14-202ENSMUST00000100705 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Il23a-201ENSMUST00000026449 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Smox-202ENSMUST00000110179 1320 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Gm37352-201ENSMUST00000193908 2181 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Gm7860-201ENSMUST00000121190 879 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Cwh43-202ENSMUST00000065543 2316 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Fezf2-201ENSMUST00000022262 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Chtf8-201ENSMUST00000169312 2730 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Hoxa10-202ENSMUST00000125581 2565 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Qpct-201ENSMUST00000040789 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Gm29394-202ENSMUST00000176935 1326 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Ak2-202ENSMUST00000102604 1781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Parp12-201ENSMUST00000038398 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Capzb-204ENSMUST00000102508 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Spsb3-203ENSMUST00000117890 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Matk-204ENSMUST00000120265 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Rnf32-204ENSMUST00000160246 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Ascl4-202ENSMUST00000170396 2016 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Otud1-201ENSMUST00000052168 2832 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Slc35f4-201ENSMUST00000074368 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 1810055G02Rik-201ENSMUST00000039048 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Whamm-201ENSMUST00000165460 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Plin1-202ENSMUST00000178257 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Tex30-212ENSMUST00000152239 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
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Usp29Q9ES63 AC157822.2-201ENSMUST00000200291 70 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Ap4s1-201ENSMUST00000021338 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
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Usp29Q9ES63 Pthlh-201ENSMUST00000052296 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Rasgef1a-201ENSMUST00000164960 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Ciapin1-201ENSMUST00000034233 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Cdc37l1-205ENSMUST00000224599 1769 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Reep4-203ENSMUST00000226563 1444 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Shq1-201ENSMUST00000089245 1638 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Numbl-201ENSMUST00000079258 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Sirt1-201ENSMUST00000020257 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Gar1-201ENSMUST00000029643 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Gm21992-201ENSMUST00000172000 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Gm21992-206ENSMUST00000179909 1435 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 D16Ertd472e-202ENSMUST00000114219 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Lhx1-204ENSMUST00000184646 1201 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
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Usp29Q9ES63 AC124603.1-201ENSMUST00000223843 308 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Grifin-201ENSMUST00000042993 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Tk2-201ENSMUST00000050211 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Slc25a4-201ENSMUST00000034049 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Gm15751-201ENSMUST00000134552 1862 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
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Usp29Q9ES63 Lefty1-201ENSMUST00000037361 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Suz12-201ENSMUST00000017692 4373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 C230096K16Rik-201ENSMUST00000198074 1722 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Sirpa-209ENSMUST00000160276 876 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Kctd17-206ENSMUST00000162517 901 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Kctd17-209ENSMUST00000166142 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Hoxc12-201ENSMUST00000055562 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Gm9725-202ENSMUST00000166229 2326 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Trim72-202ENSMUST00000106248 2134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Elf2-212ENSMUST00000194641 5919 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Qrich1-206ENSMUST00000193258 2291 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Cdk19os-202ENSMUST00000143103 1124 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 P4hb-203ENSMUST00000168360 770 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Usp29Q9ES63 Magi3-201ENSMUST00000064371 6640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Dnaja4-201ENSMUST00000070070 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Sept7-201ENSMUST00000115272 2533 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Wdr41-202ENSMUST00000159647 2289 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Wdr41-206ENSMUST00000167155 2289 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Hsd17b2-201ENSMUST00000034304 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Hrh3-201ENSMUST00000056480 2706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Gm13146-201ENSMUST00000118508 780 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Gm13234-201ENSMUST00000120010 747 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 E130116L18Rik-201ENSMUST00000066954 306 ntAPPRIS P1 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Hikeshi-201ENSMUST00000075010 715 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Slc35f4-202ENSMUST00000123534 2748 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Luc7l2-201ENSMUST00000057692 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 E4f1-201ENSMUST00000056032 2574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Pou2f2-210ENSMUST00000176408 1697 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Med16-204ENSMUST00000165684 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Usp29Q9ES63 Man1a-203ENSMUST00000105470 2847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.6 ms